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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-10-10 09:24:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-1 23:41
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557(http://bbs.kei ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-10-10 18:50:36 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在使用gaussian做过渡态时,在1和3自旋度可以找到,但是5却不能找到,但是目前的确是5的时候能量最低(初态等)。
除使用m06外也尝试过b3lyp-d3(bj), pbe0-d3(bj),也都无法找到。求老师赐教

上传了成功的3  和0 5的输入文件

ts1-acac3-05-c.gjf

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ts1-acac3-03.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-11 18:58:39 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2024-10-10 18:50
老师您好,在使用gaussian做过渡态时,在1和3自旋度可以找到,但是5却不能找到,但是目前的确是5的时候能量 ...

不同自旋多重度的中间体、过渡态结构都可能有很大差异,机理可能截然不同,五重态的情况没有必然性和1、3重态的结构类似。非要在五重态势能面上找,恰当结合柔性扫描等方式确定合适的过渡态初猜、判断有没有期望的过渡态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-10-11 23:20:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-11 18:58
不同自旋多重度的中间体、过渡态结构都可能有很大差异,机理可能截然不同,五重态的情况没有必然性和1、3 ...

老师您好,我在使用b3lyp时倒是找到了0  5的过渡态,但是在这个泛函下能量明显不合理
就试图读取他的波函数再在其他泛函下计算,但是也没有得到结果
柔性扫描的结果我放上来,您看看
ts1-acac3-05-d.zip (2.94 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-12 05:20:14 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2024-10-11 23:20
老师您好,我在使用b3lyp时倒是找到了0  5的过渡态,但是在这个泛函下能量明显不合理
就试图读取他的波 ...

柔性扫描上并没体现出有过渡态的可能
完全不需要考虑B3LYP。用PBE0-D3(BJ)就完了
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发表于 Post on 2024-10-12 13:37:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-12 05:20
柔性扫描上并没体现出有过渡态的可能
完全不需要考虑B3LYP。用PBE0-D3(BJ)就完了

好的,谢谢老师,有结果了我再请教您

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发表于 Post on 2024-10-14 17:57:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-10-14 18:31 编辑

各位老师好,请问想用ORCA 5.0.3(或之后的版本)采用“Adiabatic excited state molecular dynamics”(绝热激发态动力学)方法来搜索有机分子在S1态势能面上的极小点,请问应该如何做或者去哪里查阅呢?由于没有找到合适的关键词,我在ORCA手册里的搜索犹如大海捞针,一直没找到对应的教程。

我查阅的文献里只有写明“采用TD-PBE0-D3(BJ)/Def2-SV(P)的水平,在1fs步长和298K温度的条件下,进行了10000fs的模拟” ( https://doi.org/10.1002/anie.202305572, SI, page S4, para.2, line 10~13)


#更新:我找到了AIMD的方法来跑DFT的动力学,请问如果我想跑TD-DFT的动力学,是否加入例如“%TDDFT nroots 5 tda false end”即可,其他关键词的使用和跑DFT的动力学没有区别呢?(手册里没有给TD-DFT的例子)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-16 20:30:44 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-10-14 17:57
各位老师好,请问想用ORCA 5.0.3(或之后的版本)采用“Adiabatic excited state molecular dynamics”(绝 ...

常规AIMD任务加上常规的TDDFT计算设置就完了
没必要非得tda false,用默认的TDA近似计算速度还能快不少。对于S1态的动力学,算3个态就够了

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cokie + 5 感谢sob老师

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发表于 Post on 2024-10-17 09:54:35 | 只看该作者 Only view this author

计算静电势

各位老师好,我这个是计算这个阳离子的静电势,带两个正电荷,里面第一个是初始结构,第二个是计算后的结构,感觉不对,后面附带了计算静电势的设置和两个文件的压缩包,不知道是哪里有问题,还请各位老师帮忙看看

da7441eae0a36c57eb7f901b9bf3d51.png (25.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

da7441eae0a36c57eb7f901b9bf3d51.png

4a3477579591de3692bbfe8a34a1fb1.png (21.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

4a3477579591de3692bbfe8a34a1fb1.png

af8aad018ea71957f35d5de1a042dfe.png (25.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

af8aad018ea71957f35d5de1a042dfe.png

df1f65797501594cc7a6125550c9f9c.png (39.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

df1f65797501594cc7a6125550c9f9c.png

e1ca51efa48951f0d1b578f2f23e224.png (41.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

e1ca51efa48951f0d1b578f2f23e224.png

静电势.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-17 10:59:39 | 只看该作者 Only view this author
zzm666 发表于 2024-10-17 09:54
各位老师好,我这个是计算这个阳离子的静电势,带两个正电荷,里面第一个是初始结构,第二个是计算后的结构 ...

过于初级的问题别发到[量化理论]分类,并且仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html再发帖,不要用“计算静电势”这种不具体的帖子标题

不要贴GaussView的calculation setup的截图,正经做计算的没人用这个创建输入文件

Q:为什么强烈不建议用GaussView的Gaussian Calculation Setup界面产生输入文件?
A:这个界面纯粹是给外行人用的,非常弱,设计得也颇差。很多常用的理论方法如M06-2X、PBE0在里面都没法直接选,非常常用的def2系列基组在里面也没法用,用混合基组也很麻烦,Gaussian的大量功能靠这个界面根本用不了。纯粹靠利用此界面,至多只能使用Gaussian全部功能的1/4。而且Gaussian的关键词非常容易写,是所有量子化学程序里最简单的,用这个界面创建输入文件完全多此一举,远不如自己手写关键词快捷方便。内行人几乎没有用这个界面创建输入文件的,总是依赖于这个界面的初学者也永远不可能脱菜。正经的Gaussian用户都只是靠GaussView用来创建和编辑结构,之后保存成gjf文件,自己用文本编辑器打开并手写关键词,然后提交给Gaussian计算。适合使用Calculation setup界面产生输入文件的情况也就仅仅是用QST2、QST3方法找过渡态的情况,由于这类任务的输入文件格式稍微复杂、手写容易出错,所以才适合直接靠这个界面得到输入文件。PS:北京科音(www.keinsci.com)的量子化学培训里除了QST2、QST3外,都一律不用Calculation setup界面创建输入文件。我写的所有博文也一律不考虑读者用Calculation setup创建输入文件的情况。




不要用什么“感觉不对”这种描述,认真看下文重新提问
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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发表于 Post on 2024-10-17 11:37:58 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,用文本编辑器打开并手写关键词的教程您有嘛  这个我确实不太会

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发表于 Post on 2024-10-17 15:43:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 koc 于 2024-10-18 15:11 编辑

关于计算S1态原子电荷分布问题的求助
sob老师您好,我想要在背景电荷条件下计算S1态的CHELPG电荷分布情况,并输出S1态的波函数文件,想问下gjf文件中关键词这样写,最后out文件中得到的ESP电荷是第一激发态的电荷吗?输出的chk文件是第一激发态的波函数文件吗?谢谢sob老师

#p td=(singlet,nstates=10) B3LYP/6-31g(d,p)  density charge nosymm pop=CHELPG


还想再问一个问题,density关键词给出的电子密度是电子经过驰豫后达到稳定状态的密度,而不是激发态结构经过驰豫后达到能量最低点的密度是吗?因为想要得到特定构象下的电荷布居信息,不知道是否需要使用关键词density=rhoci

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发表于 Post on 2024-10-17 16:14:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想使用gromacs模拟溶剂溶解气体小分子溶质的过程,构建5×5×10nm的盒子,一半放液体溶剂,一般放气体溶质,请问老师该如何设置放置分子的个数。请问液体溶剂的分子数是按照分子量和密度计算的液体摩尔体积算吗?我的溶剂密度0.87,分子量190,算了一下能放26w个。气体是按照气体状态方程算吗?

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迷茫的本科生一枚

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发表于 Post on 2024-10-17 18:19:06 | 只看该作者 Only view this author
zzm666 发表于 2024-10-17 11:37
sob老师,用文本编辑器打开并手写关键词的教程您有嘛  这个我确实不太会

建议报个量化初级班
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发表于 Post on 2024-10-19 16:49:36 | 只看该作者 Only view this author
老师好,体系是一个笼分子A中有两个小分子B和C,预设的反应机理是第一步小分子B吸附到笼A内壁上,优化后的吸附产物高斯显示B和A已经成键,问题1:由于A笼中同时有C存在,如何计算B和A的吸附能呢?是否可以直接将吸附后的包合物的能量E (A-B结合,C在笼A中) 减去吸附前的包合物的能量E (A, B没有结合, C在笼A中)呢?         问题2:在这个包合物(笼A包着B,C) 中加入一个电子使用counterpoise=3算包合能,由于此电子在A,B,C上均有分布,每个片段的电荷和自旋多重度不好划分,这种情况如何设置计算包合能呢?

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