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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 10:23:37 | 只看该作者 Only view this author
zzm666 发表于 2024-10-17 11:37
sob老师,用文本编辑器打开并手写关键词的教程您有嘛  这个我确实不太会

windows自带的记事本总会用吧

如果是不会写Gaussian的关键词,强烈建议通过北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)系统学一遍,手把手教,常见的计算一次性全会了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 10:26:32 | 只看该作者 Only view this author
koc 发表于 2024-10-17 15:43
关于计算S1态原子电荷分布问题的求助
sob老师您好,我想要在背景电荷条件下计算S1态的CHELPG电荷分布情况 ...

普通电子激发计算任务的基础上用density out=wfn,末尾空一行写产生wfn文件的路径,然后把wfn文件载入Multiwfn依次输入7、12、1就得到了对应于激发态弛豫密度的CHELPG电荷

几何结构的弛豫和电子分布的弛豫是两码事。看下文搞清楚弛豫和非弛豫电子分布的差别
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 10:26:58 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2024-10-17 16:14
sob老师您好,我想使用gromacs模拟溶剂溶解气体小分子溶质的过程,构建5×5×10nm的盒子,一半放液体溶剂, ...

此问题和量子化学无关,应当发到分子模拟版块
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 11:12:43 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-10-19 16:49
老师好,体系是一个笼分子A中有两个小分子B和C,预设的反应机理是第一步小分子B吸附到笼A内壁上,优化后的 ...

1 可以
2 不要把counterpoise当成算相互作用能的代名词,本来当基组够大因而BSSE足够小的时候就不需要counterpoise,而且用下文提到的gCP方式的BSSE校正的时候也没有片段划分的问题
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

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发表于 Post on 2024-10-20 17:13:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 koc 于 2024-10-21 18:50 编辑
sobereva 发表于 2024-10-20 10:26
普通电子激发计算任务的基础上用density out=wfn,末尾空一行写产生wfn文件的路径,然后把wfn文件载入Mul ...

谢谢sob老师!我还想问下out文件中输出的Esp电荷信息是什么呢?因为后续还需要提取电荷信息作下一轮迭代,直接用out文件中的信息方便写脚本



已在qq群中得到解答,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2024-10-21 10:27:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 10:23
windows自带的记事本总会用吧

如果是不会写Gaussian的关键词,强烈建议通过北京科音初级量子化学培训 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-10-21 11:59:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 11:12
1 可以
2 不要把counterpoise当成算相互作用能的代名词,本来当基组够大因而BSSE足够小的时候就不需要co ...

感谢sob老师,对于1 ,如上所述统一使用了吸附后的能量减去吸附前的能量初步说明吸附作用强弱,发现其中有种情况是B分子吸附到笼A上是不稳定的(优化B吸附到A上的初猜,B跑开了),这时如何得到吸附后的能量?或如何说明此时的吸附能呢?

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发表于 Post on 2024-10-21 17:30:11 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-10-21 04:59
感谢sob老师,对于1 ,如上所述统一使用了吸附后的能量减去吸附前的能量初步说明吸附作用强弱,发现其中 ...

本来就不是所有情况下的吸附能都是存在的。如果一种吸附情况无法得到稳定的吸附,那么这种情况下的吸附能就不存在,如果要列表或画图的话,相应情况下的值就空缺并且说明原因就行了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-10-21 17:57:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-10-21 17:30
本来就不是所有情况下的吸附能都是存在的。如果一种吸附情况无法得到稳定的吸附,那么这种情况下的吸附能 ...

明白了,感谢您的耐心回复!

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发表于 Post on 2024-10-23 20:55:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-10-23 20:57 编辑

有几个小问题想请教各位老师:
1. ADC2方法算激发能(ORCA6.0.0 版本)是否依然只能计算单重激发态?还是3重态也可以算呢?
2. EOM-CCSD算40个原子左右,含有4个I元素的分子算的动吗?(16核以内,200G内存)?
3. ADC2方法计算的结果,可以使用Multiwfn来读取并分析波函数,计算激发态之间的跃迁偶极矩吗?EOM-CCSD方法的结果呢?
4. ORCA可以使用RS-PBEP86/SOS-ADC(2)方法吗?我google这两个关键词没有搜到相关内容,手册里也没有找到

还望各位老师指教,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-24 12:48:46 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-10-23 20:55
有几个小问题想请教各位老师:
1. ADC2方法算激发能(ORCA6.0.0 版本)是否依然只能计算单重激发态?还是3 ...

1 只能算单重态激发态

2 没戏

3 都不能。ADC(2)高不成低不就,在我来看没什么价值,用这个还不如用w调控的范围分离泛函做TDDFT,Multiwfn还能给出激发态之间的跃迁偶极矩

4 不能。ADC(2)形式的双杂化TDDFT需要MRCC。而且MRCC据我所知是唯一能实现这个的程序

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cokie + 2 谢谢老师

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发表于 Post on 2024-10-24 20:33:39 | 只看该作者 Only view this author

g16不收敛

体系主要是CHO,一个Na,泛函B3LYP/6-311G*,奇怪的是我们使用def2-TZVP收敛了而使用6-311G*报错l502不收敛,想问一下该如何解决。

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发表于 Post on 2024-10-24 20:46:04 | 只看该作者 Only view this author
L502报不收敛就按社长博文操作呗
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 2024-10-24 21:13:42 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-10-24 20:46
L502报不收敛就按社长博文操作呗

好的,谢谢,我之前试过,但是多了一些新的报错,刚刚尝试好像发现原因了,scf不能大写

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发表于 Post on 2024-10-24 21:22:36 | 只看该作者 Only view this author
yixiansheng 发表于 2024-10-24 21:13
好的,谢谢,我之前试过,但是多了一些新的报错,刚刚尝试好像发现原因了,scf不能大写

什么地方SCF不能大写 我咋没听说过
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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