简单量子化学问题答疑专帖

cokie

各位老师好，请问对某罗丹明衍生物计算其Kr和Kic，得到结果Kr约5E+8，而Kic在5E+11量级，请问在对S0和S1优化/振动分析/单点能计算无原则错误的前提下，单看这个结果是否可以得出：“该材料的量子产率≤1%”或者“该材料发光极弱”这个结论呢？
（该体系我选用M06-2X-D3/6-31G**/IEFPCM-H2O做的优化，体系内只有C, H, O, N）

wzkchem5

cokie 发表于 2024-10-25 08:57
各位老师好，请问对某罗丹明衍生物计算其Kr和Kic，得到结果Kr约5E+8，而Kic在5E+11量级，请问在对S0和S1优 ...

如果计算结果准确的话，是的。保险起见，最好用一个已知量子产率的罗丹明衍生物，也用你的方法算一遍，看看能否重复出实验结果

ReeseLee

各位老师大家好，学生是量化计算的小白，想使用sobereva教授的Multiwfn结合VMD进行分子间相互作用的AIM分析，在使用Gaussian将.chk文件转化为.fchk的过程中，出现了以下错误：fname=E:\SPT\N2222ACMeOH\N2222ACMeOH.chk fd = -1

fname=E:\SPT\N2222ACMeOH\N2222ACMeOH.chk fd = -1

open-new-file
open-new-file: Permission denied

D:\G16W\Scratch> 目前在网上查询了多种方法，比如使用管理员身份运行Gaussian、检查路径有无空格等方法后仍然无法解决问题，特向各位老师请教如何处理这种情况，学生感恩不尽，谢谢！

wzkchem5

ReeseLee 发表于 2024-10-25 11:57
各位老师大家好，学生是量化计算的小白，想使用sobereva教授的Multiwfn结合VMD进行分子间相互作用的AIM分析 ...

贴出你的详细操作流程，具体到每一步的完整命令。并且上传操作过程涉及的所有文件

sobereva

ReeseLee 发表于 2024-10-25 18:57
各位老师大家好，学生是量化计算的小白，想使用sobereva教授的Multiwfn结合VMD进行分子间相互作用的AIM分析 ...

chk转成fchk用的是formchk命令，和“使用管理员身份运行Gaussian”毫无关系
说具体怎么“转化”的

ReeseLee

sobereva 发表于 2024-10-25 23:30
chk转成fchk用的是formchk命令，和“使用管理员身份运行Gaussian”毫无关系
说具体怎么“转化”的

尊敬的Sobereva教授，您好！学生研究的是使用离子液体（以tetraethylammonium acetate, [N2222][Ac]为例）作为萃取剂分离甲醇（MeOH）和甲基乙基酮（MeK）共沸物的机理，学生首先在Gaussian View中构建阳离子[N2222]和阴离子[Ac]，然后进行能量与结果的优化并计算频率保证无虚频（学生使用的Route section均为：# b3lyp/6-311g(d,p) opt freq），之后根据输出的.out文件，在Gaussian View中按照文献https://doi.org/10.1016/j.ces.2023.119314中离子液体的构型进行阳离子和阴离子的配型，并再次进行能量优化与频率计算。最后采用同样的方法，模仿文献，在Gaussian View中分别完成了离子液体与MeOH/MeK的配型，并进行了能量和频率计算，Gaussian显示优化完成并输出了.chk文件和.out文件，随后我根据您http://sobereva.com/379中的方法，启动Gaussian的图形界面，点击Utilities - FormChk，然后选择chk文件，但是出现了以下内容，显示我无权限：
fname=E:\SPT\N2222ACMeOH\N2222ACMeOH.chk fd = -1
fname=E:\SPT\N2222ACMeOH\N2222ACMeOH.chk fd = -1
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open-new-file: Permission denied
请问Sobereva教授，是否我的流程出现了错误？应该如何解决？感谢Sobereva教授百忙之中能够回复我，学生感激不尽，谢谢！

ReeseLee

wzkchem5 发表于 2024-10-25 22:09
贴出你的详细操作流程，具体到每一步的完整命令。并且上传操作过程涉及的所有文件

尊敬的老师，您好！回复好像无法上传模拟文件，特此详细介绍一下我的模拟步骤：学生研究的是使用离子液体（以tetraethylammonium acetate, [N2222][Ac]为例）作为萃取剂分离甲醇（MeOH）和甲基乙基酮（MeK）共沸物的机理，学生首先在Gaussian View中构建阳离子[N2222]和阴离子[Ac]，然后进行能量与结果的优化并计算频率保证无虚频（学生使用的Route section均为：# b3lyp/6-311g(d,p) opt freq），之后根据输出的.out文件，在Gaussian View中按照文献https://doi.org/10.1016/j.ces.2023.119314中离子液体的构型进行阳离子和阴离子的配型，并再次进行能量优化与频率计算。最后采用同样的方法，模仿文献，在Gaussian View中分别完成了离子液体与MeOH/MeK的配型，并进行了能量和频率计算，Gaussian显示优化完成并输出了.chk文件和.out文件，随后我根据您http://sobereva.com/379中的方法，启动Gaussian的图形界面，点击Utilities - FormChk，然后选择chk文件，但是出现了以下内容，显示我无权限：
fname=E:\SPT\N2222ACMeOH\N2222ACMeOH.chk fd = -1
fname=E:\SPT\N2222ACMeOH\N2222ACMeOH.chk fd = -1
open-new-file
open-new-file: Permission denied
请问老师，是否我的流程出现了错误？应该如何解决？感谢老师百忙之中能够回复我，学生感激不尽，谢谢！

yiwei

请问如下图所示的电子状态在高斯计算中自旋多重度是多少？

sobereva

yiwei 发表于 2024-10-26 13:44
请问如下图所示的电子状态在高斯计算中自旋多重度是多少？

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sobereva

ReeseLee 发表于 2024-10-26 09:57
尊敬的Sobereva教授，您好！学生研究的是使用离子液体（以tetraethylammonium acetate, [N2222][Ac]为例 ...

那叫GaussView

把chk放到其它目录下再试，或者换台机子再试。

yiwei

sobereva 发表于 2024-10-27 00:01
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谢谢sob老师，我在高斯计算中直接写td，计算出来看到的MO图电子依然是成对的。这种情况应该怎么在G16中写关键词呀？

sobereva

yiwei 发表于 2024-10-27 21:42
谢谢sob老师，我在高斯计算中直接写td，计算出来看到的MO图电子依然是成对的。这种情况应该怎么在G16中写 ...

搞清楚TDDFT（至少是更简单的CIS）的计算原理、什么叫单激发组态函数、参考态，自然就知道了。根本没法表示成你想的那样

ziyoudianzi

请问使用ORCA计算有机小分子的自旋轨道耦合时如何选取合适的基组及泛函（新手求助）

任务描述：2个不带电荷的纯有机小分子组成的二聚体，分子间存在相互作用，发光机制为电荷转移发光（TADF）。二聚体包含128个原子，除2个碘原子外，其余为C、H、B、N原子


计算设备：Flex X240M5   含2颗 Intel E5-2680v3 CPU（2.5Ghz 12核心）    内存=128GB  120GB SSD盘
计算目标如下图所示：使用ORCA 5.0.4 计算S1及多个T能级的能量，以及S1和Tn之间的自旋轨道耦合值

wzkchem5

ziyoudianzi 发表于 2024-10-28 12:56
请问使用ORCA计算有机小分子的自旋轨道耦合时如何选取合适的基组及泛函（新手求助）

任务描述：2个不带 ...

算准SOC不太难，比较难的是算准S-T gap，可以考虑双杂化泛函搭配def2-TZVP(-f)。SOC用的泛函可以找一个和双杂化泛函的激发能比较相符的范围分离泛函。注意必须显式描述相对论效应，把碘的相对论效应描述准，建议用ORCA 6.0.0（或等一两周用ORCA 6.0.1）的X2C方法考虑相对论效应

wzkchem5

yiwei 发表于 2024-10-27 14:42
谢谢sob老师，我在高斯计算中直接写td，计算出来看到的MO图电子依然是成对的。这种情况应该怎么在G16中写 ...

因为你看到的是参考态的电子排布，不是激发态的电子排布