简单量子化学问题答疑专帖

Peng14

各位老师好，我使用Gaussian16对一个过渡金属有机螯合物进行结构优化（使用TPSSh泛函和Def2TZVP基组，64核CPU，128GB内存），在第22步时达到几何优化收敛，并输出了“Normal termination of Gaussian”，但程序没能正常自动结束，进行执行了下一步，并卡在了这一步的cycle 1上不再进行，且无明显报错。保留该任务一个多小时后仍没有变化，在此期间CPU始终被“l1110.exe”所占用。附件为任务的输入和输出文件。

想向各位老师请教：
1. 在这种情况下手动终止（Ctrl + C）该任务是否合理？如果不合理，应当如何操作？
2. 依照各位老师的经验，这种情况可能是由于什么原因造成的？如果我想避免这种情况再次发生，有哪些方面可以进一步排查？

由于发现自己没有权限在本版块发帖，因此在答疑帖中发表回复，恳请各位老师赐教。

sobereva

Peng14 发表于 2024-11-1 01:18
各位老师好，我使用Gaussian16对一个过渡金属有机螯合物进行结构优化（使用TPSSh泛函和Def2TZVP基组，64核C ...

正在做freq任务，对大体系本来耗时就高，极为正常

Solitude198

没事了，过渡态找错了.jpg

cokie

老师们好，我在升级Windows版ORCA时出现了如下问题：

之前在使用5.0.3版本，今天打算升级到6.0.1，在503存在的情况下，我安装了601（另一个路径），在运行601时出现了并行报错“Calling Command: mpiexec -np 6  C:\ORCA_6.0.1\orca_startup_mpi.exe D-gCP.int.tmp D-gCP”，但如果使用503版本来运行则可以顺利结束。后续我把503版本删除后（包括环境变量），依然存在并行报错的情况。

请问在这种升级ORCA版本的情境下，即使删除了旧版本的ORCA，也要对msmpi做一些处理才可以使得新版本ORCA正常运行吗？

wzkchem5

cokie 发表于 2024-11-7 10:05
老师们好，我在升级Windows版ORCA时出现了如下问题：

之前在使用5.0.3版本，今天打算升级到6.0.1，在503 ...

检查MPI的版本是否满足ORCA 6.0.1的要求

cokie

wzkchem5 发表于 2024-11-7 20:07
检查MPI的版本是否满足ORCA 6.0.1的要求

下载的是最新的版本，10.1.3 (10.1.12498.52)
在问完问题之后，我还尝试了如下手段：
1. 卸载msmpi后，再次安装ORCA_6.0.1，之后再安装msmpi最新版本（即先安装ORCA，再安装msmpi）
2. 卸载ORCA6.0.1后重新安装（即先安装msmpi，再安装ORCA_6.0.1）
均在并行时报错，我的处理器是7950X，调用6核应该不存调用核心超过物理核心数的问题。

并且我在上述操作结束后，又重新解压了ORCA_5.0.3版本尝试并行，依旧没有问题，只有6.0.1版本并行报错。请问我还可以做哪些尝试呢？

（还有个支线问题，我在安装了ORCA_6.0.1之后，在用户变量中自动生成一个名为ORCADIR的变量，路径是C:\ORCA_6.0.1，请问老师了解这个变量的作用是什么么？）

wzkchem5

cokie 发表于 2024-11-7 13:25
下载的是最新的版本，10.1.3 (10.1.12498.52)
在问完问题之后，我还尝试了如下手段：
1. 卸载msmpi后， ...

如果有条件的话可以试一下openmpi，和ORCA的兼容性比msmpi好一些。如果还不行，可以在ORCA论坛的Installation版面问一下
ORCADIR这个变量我不知道是否有用，但是即使没用，留着应该也不碍事

cokie

wzkchem5 发表于 2024-11-7 21:16
如果有条件的话可以试一下openmpi，和ORCA的兼容性比msmpi好一些。如果还不行，可以在ORCA论坛的Installa ...

感谢老师的建议，我去了ORCA论坛installation版块进行查找。对6.0.0及之后的windows版本，并行似乎是一个通病（已经有不少人反馈），目前大致知道的方向是：我的安装没有问题，会如此报错是因为任务判断我所给的内存不够。

对于ORCA_6_0_1
我之前所用的关键字是wb97m-v def2-tzvp def2/j def2-tzvp/c，370原子，6核/9000MB，并行报错。
之后我将关键词改为   B3LYP  Def2-svp def2/j  370原子，8核/7500MB，程序顺利进行。

对于ORCA_5.0.3
前些日子做过计算，所用的关键字是wb97m-v def2-tzvp def2/j def2-tzvp/c，370原子，6核/9000MB，任务成功运行并结束。

总结来说，对于win版6.0.0以上的ORCA版本，似乎变成了一个更可怕的内存怪兽：
1. 同级别任务对内存的需求比5系版本要求更大；
2. 如果分配内存不够，不同于原来直到某一步调用内存失败才报错，现在似乎多出一步预估步骤，如果预估认为内存分配不足，则直接从一开始就shut down了。

ORCA什么时候可以给内存不太大的机器一条活路

2877321934

请问老师，柔性扫描如何同时扫描键长和键角，即二者同步变化，我只知道同时扫描两个键长的操作，但是网上搜了一圈没得到如何同时扫描键长和键角的方法，

Solitude198

2877321934 发表于 2024-11-7 23:19
请问老师，柔性扫描如何同时扫描键长和键角，即二者同步变化，我只知道同时扫描两个键长的操作，但是网上搜 ...

http://sobereva.com/474

5 用Gaussian做柔性扫描的方法和实例
5.1 基本用法
……柔性扫描也是可以同时扫多个，只要写多行这种设定即可，对于二维柔性扫描也是可以用GaussView显示出曲面图。……

2877321934

Solitude198 发表于 2024-11-8 10:51
http://sobereva.com/474

5 用Gaussian做柔性扫描的方法和实例

谢谢回答 但我的意思是两者同步变化 而不是绘制出二维势能面 比如说
RCH(NSteps=20,StepSize=-0.10)=R(34,35)
ROR=R(36,20)
F(Frozen)=2.0*RCH-ROR
上面的写法就是同步变化CH和OR键，最终的扫描曲线还是一维，但是同步变化键长和键角我不知道怎么写

Solitude198

2877321934 发表于 2024-11-8 10:56
谢谢回答 但我的意思是两者同步变化 而不是绘制出二维势能面 比如说
RCH(NSteps=20,StepSize=-0.10)=R(3 ...

那要这样利用GIC https://gaussian.com/gic/
对于你的键角

scan(StepSize=-10.0,NSteps=13)=D(6,4,1)

同时开始键角和结束键角必然是已知的，比如 180 和 50
那么假设你的键长 R(2,5) 想要同时从 3.0 到 1.7 就可以固定

rcons(freeze)=R(2,5)-D(6,4,1)/100

这样他们的差会被固定在1.2
当然如果这两个没法相互计算的话就没办法了

wzkchem5

cokie 发表于 2024-11-7 15:49
感谢老师的建议，我去了ORCA论坛installation版块进行查找。对6.0.0及之后的windows版本，并行似乎是一个 ...

可以考虑降核数、增加maxcore。ORCA 6相比5有加速，即使因为内存问题不得不降核数，也未必会比ORCA 5慢

davi

像图片这种相互作用能(结合能)是如何计算的呢，翻看帖子没找到合适的，有没有什么思路呢

2877321934

Solitude198 发表于 2024-11-8 11:27
那要这样利用GIC https://gaussian.com/gic/
对于你的键角

ok 谢谢解惑