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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-10-28 20:45:46 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2024-10-27 14:42
谢谢sob老师,我在高斯计算中直接写td,计算出来看到的MO图电子依然是成对的。这种情况应该怎么在G16中写 ...

因为你看到的是参考态的电子排布,不是激发态的电子排布
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-10-28 20:51:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-10-28 20:45
算准SOC不太难,比较难的是算准S-T gap,可以考虑双杂化泛函搭配def2-TZVP(-f)。SOC用的泛函可以找一个和 ...

感谢老师的回复,我尝试进行一下相关的计算

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发表于 Post on 2024-10-29 16:25:18 | 只看该作者 Only view this author

高斯中怎么显示出电荷分布

gaussview6 中怎么显示出电荷分布信息啊,我按照手册上说的来定义原子坐标内容,可是保存成 .gjf文件后,Result-Charge Distribution部分仍然显示不了
%chk=Cu_MOF_H2O.chk
%nprocshared=24
%mem=48000MB
#p opt hf/6-31+g(d) iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) pop=mk

Cu_MOF_H2O

0 16
O-O1--0.6143094839               -1.926763    1.218911  -11.807017  
O-O1--0.7645100478               -1.163021    0.749474   -9.141746  
O-O1--0.7357870301               -2.782739   -0.042838   -7.889172  
C-C1-0.1266790197                -4.716264    1.239127   -9.384205  
C-C1-1.0552788729                -2.385391    0.550175   -8.927803  
C-C1-0.4589983464                -3.134849    1.407849  -11.219045  
C-C1--0.4262965149               -3.436375    1.055248   -9.881554  
Cu-Cu1-1.0133033884               -0.264788    1.336339  -10.755828   
O-O1--0.6236222931               -1.687714    1.218877   -5.552884  
O-O1--0.7862664257               -0.923972    0.749440   -2.887613  
O-O1--0.7382190966               -2.543690   -0.042873   -1.635038  
C-C1-0.1046742541                -4.477216    1.239093   -3.130072  
C-C1-1.0773549918                -2.146342    0.550140   -2.673670

........

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-29 21:29:54 | 只看该作者 Only view this author
learn-GAUSSIAN 发表于 2024-10-29 16:25
gaussview6 中怎么显示出电荷分布信息啊,我按照手册上说的来定义原子坐标内容,可是保存成 .gjf文件后,Re ...

量子化学程序的问题不要发到分子模拟版块,这次给你移动了,以后注意

甭用HF那么烂的方法做优化

那叫显示原子电荷,描述要准确。任务计算完了打开out文件,再选那个选项

当前是量子化学计算,gjf里给原子设原子电荷毫无意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-10-30 13:14:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-10-28 20:45
因为你看到的是参考态的电子排布,不是激发态的电子排布

请问在高斯输出文件中(Population analysis using the SCF density.)读到的HOMO/LUMO能量是激发态的结果吗?

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发表于 Post on 2024-10-30 14:31:43 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2024-10-30 06:14
请问在高斯输出文件中(Population analysis using the SCF density.)读到的HOMO/LUMO能量是激发态的结 ...

不是。只要知道SCF是什么意思,就知道为什么不是。
当然如果你是用DeltaSCF而非TDDFT算的激发态,那另说
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-10-30 14:55:08 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian优化大分子聚合物-药物偶联物报错

这是输入文件



报错信息

优化的是一个含有聚赖氨酸、PEG-2000、小分子药物Dex-SA的复合结构

202410301453281026..png (361.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202410301453281026..png

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发表于 Post on 2024-10-30 15:03:55 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-10-31 14:53:56 | 只看该作者 Only view this author

计算C-H键氧化加成过渡态shi虚频只有-126,除了断键的三个原子,其他原子也在震动

各位大佬好,如题,在计算C-H键对Ir氧化加成的过渡态时,正常算完,但是得到的虚频只有-126.打开其对应的震动,发现除了C H Ir三个原子在震动外,不参与成键的其他原子,如底物和配体上的原子也都在震动,请问这个情况是怎么回事?如何解决?谢谢

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发表于 Post on 2024-10-31 16:03:53 | 只看该作者 Only view this author
有可能找到的不是真正的过渡态,可以先走个IRC看看
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-31 16:45:06 | 只看该作者 Only view this author
qhdx_sunx 发表于 2024-10-31 14:53
各位大佬好,如题,在计算C-H键对Ir氧化加成的过渡态时,正常算完,但是得到的虚频只有-126.打开其对应的震 ...

别在帖子标题里用汉语拼音
说清楚计算程序,尽量给出截图
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发表于 Post on 2024-10-31 16:51:29 | 只看该作者 Only view this author
老师,想问一下,我在做NCI分析的时候,在gaussview里显示的是73个原子,然后到VMD里就只有68个原子了,而且成键方式也对不上,直接过渡金属原子和配体都没有了,想问一下老师这该咋让消失的原子显示出来?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-31 16:57:59 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-10-31 16:51
老师,想问一下,我在做NCI分析的时候,在gaussview里显示的是73个原子,然后到VMD里就只有68个原子了,而 ...

没具体文件没法说
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发表于 Post on 2024-10-31 17:10:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 化小白 于 2024-10-31 18:44 编辑

老师,那是需要什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-31 17:21:06 | 只看该作者 Only view this author

解决SCF不收敛问题的方法
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