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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 06:01:05 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2024-11-8 16:48
像图片这种相互作用能(结合能)是如何计算的呢,翻看帖子没找到合适的,有没有什么思路呢

整体能量减两个片段能量
毫无特殊性
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发表于 Post on 2024-11-9 09:28:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 davi 于 2024-11-8 20:16 编辑
sobereva 发表于 2024-11-8 15:01
整体能量减两个片段能量
毫无特殊性

是啥意思呢,老师,感觉不是我理解的放在一起优化减去单个分子的,对吧。老师,可以用SobEDA来实现吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 18:07:18 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2024-11-9 09:28
是啥意思呢,老师,感觉不是我理解的放在一起优化减去单个分子的,对吧。老师,可以用SobEDA来实现吗

先分清楚相互作用能和结合能的区别,前者不优化每个单体片段,后者优化
能量计算都是E(AB)-E(A)-E(B)的形式
如果你需要计算相互作用能并且想顺带得到能量的物理成份,可以用sobEDA
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发表于 Post on 2024-11-9 20:09:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 03:07
先分清楚相互作用能和结合能的区别,前者不优化每个单体片段,后者优化
能量计算都是E(AB)-E(A)-E(B)的 ...

老师,我需要算的是结合能,我对A分子,B分子以及A和B分子都进行了相同的结构优化和单点能计算,但如果用E(AB)-E(A)-E(B)是不是不太对啊,感觉这是算的分子的结合能,不是分子上某一个片段的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 22:26:30 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2024-11-9 20:09
老师,我需要算的是结合能,我对A分子,B分子以及A和B分子都进行了相同的结构优化和单点能计算,但如果用 ...

提问时候明确交代清楚你所谓的片段指的是什么,不要有任何歧义、令别人存在误解

认真看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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发表于 Post on 2024-11-9 22:34:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 07:26
提问时候明确交代清楚你所谓的片段指的是什么,不要有任何歧义、令别人存在误解

认真看此文

不好意思,老师,比如我要计算下图中的结合能,我采用的是将单个分子结构优化完计算单点能,并将两者组合进行结构优化计算单点能,然后采用后者减去前者,但是我感觉这样不太对。然后也不知道应该怎么做是正确的

屏幕截图 2024-11-09 223510.jpg (19.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 22:38:08 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2024-11-9 22:34
不好意思,老师,比如我要计算下图中的结合能,我采用的是将单个分子结构优化完计算单点能,并将两者组合 ...

说清楚谁和谁的结合能,直接在图上圈出来两个部分

并且说清楚“我感觉这样不太对”指什么,别人不知道你怎么“感觉”的
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发表于 Post on 2024-11-9 22:42:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 07:38
说清楚谁和谁的结合能,直接在图上圈出来两个部分

并且说清楚“我感觉这样不太对”指什么,别人不知道 ...

老师,就是图PC分子3个H与CPME分子O的结合能

屏幕截图 2024-11-09 224410.jpg (19.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 22:42:49 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2024-11-9 22:42
老师,就是图PC分子3个H与CPME分子O的结合能

结合能是对于片段间来说的,没法对体系中某几个单独的原子来说

倘若你要想得到三个氢键各自的作用能,用Multiwfn做AIM拓扑分析,看下文我提出的氢键键能估计公式
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

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发表于 Post on 2024-11-9 22:50:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-9 07:42
结合能是对于片段间来说的,没法对体系中某几个单独的原子来说

倘若你要想得到三个氢键各自的作用能, ...

老师,我放下文献的描述,是我理解的不对吗,他这不是在计算结合能吗

屏幕截图 2024-11-09 225243.jpg (160.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-10 02:13:23 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2024-11-9 22:50
老师,我放下文献的描述,是我理解的不对吗,他这不是在计算结合能吗

光凭这点信息,我不知道文献算的什么东西,PC、CPME指什么都没体现。
大概率文中的结合能就是指的分子间结合能,再加上文中描述不准确,被你误解成什么原子间结合能

关于此问题我的回答到此为止,该说的都说了
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发表于 Post on 2024-11-10 17:59:07 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我使用Gaussian16对一个有机分子进行结构优化(使用TPSSh泛函和混合基组,SDM溶剂模型,64核CPU,128GB内存),结构优化收敛成功。但在进行频率计算任务时,程序报错终止,查询论坛中李老师写的Gaussian 常见报错及解决方法,没能找到对应的模块。附件为任务的输入和输出文件,以下是输出文件的末尾部分内容截图,恳请各位老师指点赐教。


Gaussian_out.zip (1.07 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-10 18:11:13 | 只看该作者 Only view this author
Peng14 发表于 2024-11-10 17:59
各位老师好,我使用Gaussian16对一个有机分子进行结构优化(使用TPSSh泛函和混合基组,SDM溶剂模型,64核CP ...

少给点核,多给点内存,重新跑振动分析试试。还不行的话,SMD改成默认的IEFPCM再试。本来我就很不推荐opt freq过程用SMD,下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

另外,此体系牵扯明显的分子内弱相互作用,TPSSh不带D3容易挨批
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发表于 Post on 2024-11-10 18:53:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-10 18:11
少给点核,多给点内存,重新跑振动分析试试。还不行的话,SMD改成默认的IEFPCM再试。本来我就很不推荐opt ...

谢谢老师百忙之中的回复,我按照老师说的试试!也去认真阅读学习一下老师提到的文章。
同时也十分感谢老师对于分子内弱相互作用的提醒,我后续都加上D3校正。

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发表于 Post on 2024-11-11 19:34:03 | 只看该作者 Only view this author

报错请求

请问一下各位老师,我在计算的时候出现了这样的问题,输入文件(电荷 自选多重度为0 2(这是按照系统来默认的))以及输出文件已上传。请问我这里是SCF不收敛吗。还是自选多重度的设置问题

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