简单量子化学问题答疑专帖

zyd

请问一下各位老师，我在计算的时候出现了这样的问题，输入文件（电荷 自选多重度为0 2（这是按照系统来默认的））以及输出文件已上传。请问我这里是SCF不收敛吗。还是自选多重度的设置问题

wzkchem5

按http://sobereva.com/61的方法依次尝试

pcw94121

zyd 发表于 2024-11-11 19:34
请问一下各位老师，我在计算的时候出现了这样的问题，输入文件（电荷 自选多重度为0 2（这是按照系统来默认 ...

请问你解决了吗

lll123

想问下各位老师。这种图怎么在gview里画出来。是单点能计算得到的chk文件吗？

wzkchem5

先把背景信息给全。这是表面静电势吗，还是其他种类的势？

sobereva

lll123 发表于 2024-11-13 12:39
想问下各位老师。这种图怎么在gview里画出来。是单点能计算得到的chk文件吗？

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

HanLuyao

Gaussian g16执行几何优化 ，为酶和ZN离子的复合物
报错l502，具体的错误提示为：
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -4739.41628488     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.19D-04     -V/T= 2.0041
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/disk02/project_md/software/gaussian/g16/l502.exe at Sat Nov 16 16:26:23 2024.
Job cpu time:       1 days 13 hours 58 minutes 27.3 seconds.
Elapsed time:       0 days  1 hours 16 minutes 56.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    205 Int=      0 D2E=      0 Chk=     31 Scr=      1

然后尝试将输入文件的电荷数从5改为4（因为目前结构文件包含2个ZN离子），
%Chk=7p85_small_opt.chk
%Mem=50000MB
%NProcShared=30
# B3LYP/Def2SVP Geom=PrintInputOrient Integral=(Grid=UltraFine) Opt=(TS, CalcFC, NoEigenTest) SCF=novaracc guess=INDO

CLR

5  1
H           8.821  -35.601   -4.121
C           9.216  -36.491   -3.632

报错l301，具体的错误提示为：
Rotational constants (GHZ):           0.1844229           0.0610820           0.0495381
Standard basis: def2SVP (5D, 7F)
The combination of multiplicity 1 and   253 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in /home/disk02/project_md/software/gaussian/g16/l301.exe at Mon Nov 18 10:42:38 2024.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 24.6 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=     34 Scr=      1

sobereva

当前结构完全离谱

HanLuyao

sobereva 发表于 2024-11-18 13:12
当前结构完全离谱

老师，想问一下这个结构怎么看的？

498746012

老师您好，对于反应A+B→C，用高斯分别计算出A,B, C的Gibbs自由能，这个反应的热力学G(C)-G(A)-G(B),这个过程有没有考虑反应的混合熵呀？计算反应的热力学需要考虑混合熵吗？

wzkchem5

HanLuyao 发表于 2024-11-18 07:21
老师，想问一下这个结构怎么看的？

建议自己重新学一下His什么时候要质子化，什么时候不能质子化
His是否质子化远不是只由pH决定的

wzkchem5

498746012 发表于 2024-11-18 09:06
老师您好，对于反应A+B→C，用高斯分别计算出A,B, C的Gibbs自由能，这个反应的热力学G(C)-G(A)-G(B),这个过 ...

如果你算的是标准Gibbs自由能，那么不存在混合熵的概念

498746012

wzkchem5 发表于 2024-11-18 17:31
如果你算的是标准Gibbs自由能，那么不存在混合熵的概念

老师您好，什么时候考虑混合熵呀？

wzkchem5

498746012 发表于 2024-11-18 10:50
老师您好，什么时候考虑混合熵呀？

混合熵指的是你把两个纯物质A和B混合，变成A和B的混合溶液，所引起的熵变。
所以首先，A(溶液)+B(溶液)→C(溶液)这个过程不涉及混合熵，因为不涉及纯物质。
如果你要算A(纯物质)+B(纯物质)→C(溶液)，那会涉及混合熵，但是一般是把这个拆成两步考虑：（1）A(纯物质)+B(纯物质)→A(溶液)+B(溶液)；（2）A(溶液)+B(溶液)→C(溶液)。前一步只是混合，不涉及化学反应，后一步是化学反应但不涉及混合熵。一般算标准Gibbs自由能只考虑（2）而不考虑（1）
如果你要算A(溶液)+B(纯物质)→C(溶液)，也就是B是溶剂，A和C都是溶在B里面，那对B做浓度校正就行了，这个浓度校正只是因为B的标况不是1mol/L，也和混合熵无关

sobereva

HanLuyao 发表于 2024-11-18 14:21
老师，想问一下这个结构怎么看的？

gview看
脑子里要有原子半径、化学键键长的基本概念
这些都不懂的话去看看结构化学书，弥补基本结构化学常识，没这些知识纯粹是胡算瞎算