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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-12-5 15:51:07 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2024-12-5 03:43
各位老师好 我在看论文的过程中发现 这篇论文IRI分析的横坐标(sign(I2)r)与Multiwfn说明里的IRI横坐标(sign ...

是不是文献本来该写lambda的,结果显示成小写L了
按理说没有叫做l2或I2、物理意义还和lambda2类似的量
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-12-5 16:56:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-5 15:51
是不是文献本来该写lambda的,结果显示成小写L了
按理说没有叫做l2或I2、物理意义还和lambda2类似的量

嗯嗯好的 谢谢老师 应该是生成或者显示错误了吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 19:59:51 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2024-12-5 10:43
各位老师好 我在看论文的过程中发现 这篇论文IRI分析的横坐标(sign(I2)r)与Multiwfn说明里的IRI横坐标(sign ...

明显是显示问题
和波函数分析有关的简单问题要发到1L提到的波函数分析答疑专贴里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-12-7 13:51:36 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian运算结果fchk打开没有一直不显示中间过程

各位老师我想问一下怎么看Gaussian运行优化了多少步呢?我最近在用Gaussian09的时候结构优化报错了,我在超算平台用formchk转换成fchk文件后下载到自己电脑发现点开会报错,然后我导入到电脑上的Multiwfn重新生成fchk可以打开,但是我打开的时候选择了查看全部中间过程,但是没有和之前一样出现中间过程这是什么原因呢?我还查看了一下log文件应该算了很多步,他报错步数达到上限了86步

5d839a23d62055ca5f4aa69eb701278.png (23.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

5d839a23d62055ca5f4aa69eb701278.png

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发表于 Post on 2024-12-7 14:42:20 | 只看该作者 Only view this author
你把输出文件(Linux下一般是.log,Win下一般是.out,与gjf文件同名)拉到本地电脑,用GaussView打开即可看到结构优化过程,包括结构、能量、受力和位移的变换情况。注意GaussView主面板左上角File->Open 对话框左下角Read Intermediate Geometries要勾选(若之前没勾选,这次勾选后应重启一下GaussView,该勾选日后一直生效)。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-8 03:28:23 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2024-12-7 13:51
各位老师我想问一下怎么看Gaussian运行优化了多少步呢?我最近在用Gaussian09的时候结构优化报错了,我在超 ...

参考北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)的ppt


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-9 09:04:15 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-12-7 14:42
你把输出文件(Linux下一般是.log,Win下一般是.out,与gjf文件同名)拉到本地电脑,用GaussView打开即可看 ...

好的老师,我之前一直以为只有chk文件可以看到中间过程,所以没试过log,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-12-9 09:04:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-8 03:28
参考北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)的ppt

学会了,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-12-9 21:17:50 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,我有个问题:我的一个分子,它结构中带有很多的N原子,我想通过计算不同位点N和Au原子结合能的方式去判断哪一个位置和Au原子结合的改率最大,该怎么去计算,怎么去计算结合能

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-10 02:35:28 | 只看该作者 Only view this author
niang 发表于 2024-12-9 21:17
大佬们,我有个问题:我的一个分子,它结构中带有很多的N原子,我想通过计算不同位点N和Au原子结合能的方式 ...

公社论坛首页google框搜 结合能 计算
这种极其常见的计算在论坛里都讨论过无数次了,如果看了还有不懂的再具体问、交代清楚哪不懂.

如果是处于量子化学计算几乎是零基础的阶段,直接看论坛里的讨论或许也仍不知道怎么具体用量子化学程序上手算、怎么运行和写关键词,那我建议通过北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)系统学一遍,很快就能算出结果了。
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发表于 Post on 2024-12-10 15:39:41 | 只看该作者 Only view this author
老师好!
文献链接:Helical Nanographenes Bearing Pentagon‐Heptagon Pairs by Stepwise Dehydrocyclization - Ju - 2024 - Angewandte Chemie International Edition - Wiley Online Library
相关原文:The isomerization process was evaluated by DFT calculations at the B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(d,p)-SMD(CH2Cl2)//B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d) level to study the chiral stability of compounds.
这里的这个计算等级的写法我有一些疑惑,是说在B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d)下优化结构,然后在B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(d,p)-SMD(CH2Cl2)下做单点能吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-11 02:34:02 | 只看该作者 Only view this author
yaonaite 发表于 2024-12-10 15:39
老师好!
文献链接:Helical Nanographenes Bearing Pentagon‐Heptagon Pairs by Stepwise Dehydrocycliz ...

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发表于 Post on 2024-12-11 08:57:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-10 02:35
公社论坛首页google框搜 结合能 计算
这种极其常见的计算在论坛里都讨论过无数次了,如果看了还有不懂的 ...

好的,谢谢老师,我在主页找到了

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发表于 Post on 2024-12-11 11:17:44 | 只看该作者 Only view this author
老师好,体系中含有两个过剩电子,在做T态反应路径B---C, 发现B结构的T态优化后再算单点的能量E(BT)   低于B的T态优化后的结构算CS态能量E(BCS) (添加了guess=mix, stable, 得到S**2=0),而E(BT)高于对B直接BS态优化得到另一个结构Y并算BS态单点的能量,请问这种情况下由于B直接单态优化结构已经变成了Y,所以认为B的T态是基态,对吗?

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发表于 Post on 2024-12-11 15:40:51 | 只看该作者 Only view this author

过渡态搜索报错

做过渡态搜索总是出现这样的问题,但是看结果也没有发生震荡:
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l9999.exe at Tue Dec 10 10:37:27 2024.
求各位大神指点
%chk=D:\G09W\di-cl\DI1.chk
#opt(cartesian,TS,calcfc,noeigen,gdiis,maxstep=5,notrust) b3lyp/6-311g* freq

Title Card Required

0 1
S                 -2.46835462    1.22196641    0.07567329
O                 -3.30029808    0.86501655    1.20889510
O                 -1.22414535    0.53044411   -0.20257842
Cl                -3.62780368    1.21970394   -1.62957489
O                 -2.21160762    2.83541341    0.07119329
H                 -1.52205650    3.08394586   -0.87893874
S                 -0.68677709    2.67499726    1.08842409
O                 -1.73603412    1.75936954    1.49391189
O                  0.71324495    2.38283170    1.32979805
Cl                -0.99051006    3.23265009   -1.32958534
O                 -1.03360777    4.17830325    1.62594610
H                 -0.96698423    4.16060957    2.59934394


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