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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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Level 4 (黑子)

4051#
发表于 Post on 2024-12-17 16:23:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我是做过渡金属催化有机反应机理计算的,用的是Gaussian来优化,频率计算以及单点,最后的自由能=单点能+频率校正的Thermal Correction to Free Energy。但是审稿人问,在自由能估计期间,是否进行了任何改进来校正与频率计算中考虑的刚性转子谐振子(RRHO)近似相关的误差?我看老师在介绍Shermo的博文里说,Gaussian用的就是RROH模型,想问一下老师,这是不是相当于已经考虑了与RROH近似相关的误差?还是说再改进一下用RROH模型所带来的误差?这句话没有看懂

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Level 6 (一方通行)

4052#
发表于 Post on 2024-12-17 20:09:55 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-12-17 09:23
老师,您好,我是做过渡金属催化有机反应机理计算的,用的是Gaussian来优化,频率计算以及单点,最后的自由 ...

那叫RRHO,不叫RROH
这恰恰说明高斯没考虑RRHO近似的误差,因为高斯只用了RRHO近似而没做额外校正。
用Shermo把所有自由能校正量重新算一遍就行了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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4053#
发表于 Post on 2024-12-24 14:32:23 | 只看该作者 Only view this author

没有报错就停止计算

本帖最后由 1234567890===== 于 2024-12-24 14:33 编辑

这是输入文件
%chk=Ir.chk
%mem=8GB
%nprocshared=24
#p opt freq=noraman M062X/genecp

Title Card Required

1 3
N                  1.06825669    0.64253192   -1.25361284
C                  2.21547540    1.31509386   -1.09810833
C                  0.59010832    0.36690155   -2.46158000
C                  2.90607259    1.73716019   -2.19151768
H                  2.58744229    1.52075229   -0.11600756
C                  1.25771584    0.77701160   -3.61646492
C                 -0.59943731   -0.35006893   -2.46178299
C                  2.41648414    1.46327082   -3.48016950
H                  0.86359275    0.55408877   -4.58598497
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H                 -2.59170092   -1.51339236   -0.11625109
C                  2.28573434    0.11381782    2.28547980
C                  1.00475519    2.12644243    1.95565349
C                  3.10305588    0.79888635    3.20320526
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C                 -0.20883575    2.68174948    1.22610929
C                  2.86862423    2.16234770    3.47981424
C                 -0.67351210    3.99120392    1.37116596
H                  3.49847473    2.68429326    4.16950432
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H                 -0.16535977    4.68574640    2.00688529
C                 -1.92803866    2.12769507   -0.25333493
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C                 -2.27820408   -0.12205103    2.29414102
C                 -1.00211842   -2.13409426    1.94357143
C                 -3.09201265   -0.81229477    3.21103576
H                 -2.44920703    0.91369707    2.08720207
C                 -1.80187294   -2.84804837    2.83685347
C                  0.20761065   -2.68579448    1.20491410
C                 -2.85937221   -2.17844509    3.47601571
C                  0.66879019   -3.99780717    1.33675183
H                 -3.48706280   -2.70432064    4.16467374
C                  1.81190458   -4.37477192    0.62650813
H                  0.16044513   -4.69642298    1.96706331
C                  1.92511444   -2.12291555   -0.27373469
C                  2.44972459   -3.42382838   -0.18276847
H                  2.19434802   -5.37150828    0.69958227
H                  2.40947593   -1.39300571   -0.88810874
N                 -1.07422896   -0.63114615   -1.25386747
N                  0.81505985   -1.79769741    0.40659388
N                 -0.81615056    1.79921398    0.42223189
C                  1.24880299    0.80798704    1.65662150
C                 -1.24536780   -0.81331900    1.65558187
H                 -2.96782988   -1.76844527   -4.34487599
H                  2.95414047    1.79325055   -4.34421339
C                  4.22395186    2.51467896   -2.01573584
C                 -4.23465025   -2.49523139   -2.01621095
C                 -3.72729309    3.80765476   -0.93127374
C                  3.71797357   -3.80199416   -0.97021060
F                 -3.69083684    5.12263595   -1.23547995
F                 -4.81551339    3.55103236   -0.17503062
F                 -3.78939923    3.08398992   -2.06961603
F                  4.11465220    0.15075464    3.81933440
F                  1.56457291    4.13739374    3.11148194
F                  5.25720974    1.64648433   -1.98096121
F                  4.38548873    3.36585935   -3.05060091
F                  4.18411159    3.21333475   -0.86109079
F                 -4.40070663   -3.34166522   -3.05425432
F                 -4.19326324   -3.19857640   -0.86442004
F                 -5.26542346   -1.62482467   -1.97517829
F                  3.78044549   -3.06825917   -2.10187998
F                  3.67671754   -5.11407232   -1.28623108
F                  4.80798706   -3.55543169   -0.21318267
F                 -4.09836703   -0.16643903    3.83801628
F                 -1.56261111   -4.15361674    3.08439978
Ir                -0.00063655    0.00123305    0.26853486

-C -H -N -F 0
def2svp
****
-Ir 0
def2tzvpp
****

-Ir 0
def2tzvpp




E= -3298.58162499558     Delta-E=       -0.000000000056 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 2.14D-08 at cycle  15 NSaved=  15.











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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-24 15:17:05 | 只看该作者 Only view this author
1234567890===== 发表于 2024-12-24 14:32
这是输入文件
%chk=Ir.chk
%mem=8GB

甭写毫无意义的noraman,好好看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

M06-2X极其不适合算过渡金属配合物,好好看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

内存甭给得那么抠,好好看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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Level 2 能力者

4055#
发表于 Post on 2024-12-25 10:41:07 | 只看该作者 Only view this author

优化结构不收敛以及虚频多余1

高斯过渡态优化不收敛,出现震荡问题。求助具体的解决方法。前期已经尝试了降低步长上限,结果依旧无法收敛
输入文件内容:
%mem=200MW
%nprocshared=8
# opt=(calcfc,ts,noraman,noeigen,maxcycle=180) freq=noraman b3lyp/genecp em=gd3bj

(P-B-P)-TS1

0 1
Ir                 0.91358100   -0.02390600    0.02229100
P                  1.14629200    2.29895400    0.23186100
P                  0.92016900   -2.27870100   -0.60069200
N                 -2.05673800    1.07680200   -0.59573800
B                 -1.22754000    0.05132900   -0.01905600
N                 -2.12737000   -0.93490300    0.51550500
C                 -1.60856000    2.16549400   -1.43691800
H                 -2.35951500    2.38448700   -2.21266500
H                 -0.70092000    1.84997300   -1.97516400
C                 -1.31239200    3.46620400   -0.67388800
H                 -2.25585300    3.91766700   -0.32302700
H                 -0.86293600    4.18717900   -1.37945900
C                 -0.39138400    3.28908900    0.54025400
H                 -0.92097000    2.75234100    1.34253700
H                 -0.08978000    4.27313100    0.93604400
C                 -1.77400300   -2.12845300    1.24898500
H                 -2.54173400   -2.36070000    2.00451000
H                 -0.84993500   -1.94798300    1.81679500
C                 -1.57082200   -3.36886600    0.35886700
H                 -2.54859500   -3.74798800    0.01681900
H                 -1.12384000   -4.17025600    0.97330800
C                 -0.70720200   -3.11990000   -0.88483000
H                 -1.24247100   -2.46647000   -1.59079600
H                 -0.50324500   -4.07288100   -1.40104500
C                  1.79607500   -2.55324500   -2.19144700
H                  1.81399200   -3.62325600   -2.45087600
H                  1.28716700   -1.98192000   -2.98008000
H                  2.82181000   -2.17691500   -2.07382800
C                  1.83007500   -3.37693500    0.56046300
H                  1.82060800   -4.42148600    0.21253000
H                  2.86534800   -3.00874300    0.60957100
H                  1.38039400   -3.31751400    1.56168600
C                  1.96612500    3.10611400   -1.20016600
H                  1.39726900    2.90203000   -2.11666800
H                  2.04839100    4.19283500   -1.04280500
H                  2.96722500    2.66171100   -1.29103800
C                  2.23159800    2.78148700    1.63640200
H                  3.20482000    2.29337800    1.48596500
H                  2.36333000    3.87384200    1.67542500
H                  1.78880300    2.43011100    2.57961100
H                  0.75569200    0.24517100   -1.59328900
C                  1.00051700   -0.31315300    1.90884200
O                  1.02420400   -0.46995500    3.05602900
H                  2.62272800   -0.07174300   -0.28895400
C                 -3.51361500   -0.41715800    0.52721500
C                 -3.46719000    0.62754600   -0.65101800
C                 -4.56721600   -1.50953200    0.31439200
H                 -4.62080900   -2.17331200    1.19063900
H                 -5.56618500   -1.06284500    0.18741300
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C                 -3.77240200    0.26172500    1.88715100
H                 -4.80853000    0.61991300    1.98748800
H                 -3.59129500   -0.46057600    2.69825500
H                 -3.08796700    1.11012100    2.03153500
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C                 -4.46093200    1.77948100   -0.46755900
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H                 -5.48888200    1.39535600   -0.36907500
H                 -4.22916900    2.38356800    0.41924700
C                  4.17162400   -0.08432400   -0.36637400
O                  4.50140500    1.06145900   -0.25281500
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 10:52:58 | 只看该作者 Only view this author
没事甭写多余的noraman,好好看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

写了genecp居然连基组都没定义,毫无意义

优化过渡态最后严重震荡,8成是初猜结构太烂,仔细看结构变化;2成可能是数值问题(按下文解决)
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-12-25 10:58:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-25 10:52
没事甭写多余的noraman,好好看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298(http://b ...

多谢解答

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发表于 Post on 2024-12-25 11:01:18 | 只看该作者 Only view this author
抱歉啦,输入文件定义机组了,但没有粘贴
输入内容剩余部分内容:
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发表于 Post on 2024-12-25 14:32:11 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问在进行开壳层gimic2.0 的计算中生成XDENS和XMOL文件时 出现了这样的报错是什么原因导致的呢?

202412251431025695..png (117.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202412251431025695..png

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发表于 Post on 2024-12-25 15:53:32 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我是做金属有机配合物机理研究的,有几个过渡态跑用smd跑IRC就跑三个点,但是用PCM跑就能跑完整。但是审稿人要求我列出所有的TS的IRC,老师,想问一下这有啥办法能让用smd也把IRC跑全吗

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发表于 Post on 2024-12-25 17:41:30 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2024-12-25 07:32
老师您好,请问在进行开壳层gimic2.0 的计算中生成XDENS和XMOL文件时 出现了这样的报错是什么原因导致的呢 ...

在log文件里面搜索报错信息提到的"191.39464-209",看看前后几十行,分析一下哪里不正常
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 18:18:18 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2024-12-25 14:32
老师您好,请问在进行开壳层gimic2.0 的计算中生成XDENS和XMOL文件时 出现了这样的报错是什么原因导致的呢 ...

数值异常,检查计算流程,如果查不出问题就联系作者
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 18:18:53 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-12-25 15:53
老师,您好,我是做金属有机配合物机理研究的,有几个过渡态跑用smd跑IRC就跑三个点,但是用PCM跑就能跑完 ...

opt freq IRC这种任务没事甭用SMD,下文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2024-12-25 18:50:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-25 18:18
opt freq IRC这种任务没事甭用SMD,下文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
htt ...

那怎么办老师,所有的过渡态再重算吗,人家肯定会问我为啥重算的,咱这也解释不了啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 22:21:03 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-12-25 18:50
那怎么办老师,所有的过渡态再重算吗,人家肯定会问我为啥重算的,咱这也解释不了啊

如实解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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