简单量子化学问题答疑专帖

498746012 · 发表于 Post on 4 day ago

老师您好，能不能举个双群double group的简单例子？网上说它和旋轨耦合有关，感觉很复杂

wzkchem5 · 发表于 Post on 4 day ago

498746012 发表于 2024-11-20 04:48
老师您好，能不能举个双群double group的简单例子？网上说它和旋轨耦合有关，感觉很复杂

看doi: 10.1002/qua.22078

498746012 · 发表于 Post on 4 day ago

wzkchem5 发表于 2024-11-20 13:10
看doi: 10.1002/qua.22078

谢谢老师

Solitude198 · 发表于 Post on 4 day ago

老师好，有没有办法可以让过渡态的振动模式修改为中心原子静止，例如在此动画中的将中心的C原子相对静止来振动，达到SN2文件中的效果，还是说制作这样的动画只能AE or blender

动画.zip (1.57 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)

SN2.zip (111.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 4 day ago

Solitude198 发表于 2024-11-20 16:24
老师好，有没有办法可以让过渡态的振动模式修改为中心原子静止，例如在此动画中的将中心的C原子相对静止来 ...

如果你的动画是基于多帧的xyz轨迹文件产生的，尝试载入VMD并利用VMD的RMSD trajectory tool，对指定的原子做align消除其整体运动，然后保存成新的xyz轨迹文件

wyq020128 · 发表于 Post on 4 day ago

各位大家好！我做个优化，输入文件如下：(原子我用A,B代替)
%chk=111.chk
%mem=4GB
%nprocshared=4
# opt 6-311+g(d) pop=full qcisd

AB

0 2
A             -0.91645200 1.38239300 -0.88983700
A             1.65631700 0.10249000 -0.88789800
A             0.69436500 1.39002000 1.51804800
A             0.85614900 -1.29630500 1.51812600
A             -1.55152500 -0.09191700 1.51784600
Al             -0.73980500 -1.48719700 -0.88625000
B                1.60809800 3.23156000 -0.77997900
B             1.99580400 -3.00759100 -0.78025900
B             -3.60261100 -0.22335200 -0.78063500

输出文件如下：**********************

DD1Dir will call FoFJK 1 times, MxPair=    320
NAB= 110 NAA= 55 NBB= 45 NumPrc=  4.
DE(Corr)= -0.49473981    E(CORR)=    -1937.5345387    Delta=-3.45D-08
NORM(A)= 0.13627613D+01
*************
*MAX. CYCLES*
*************
Dominant configurations:
***********************
Spin Case       I J A B       Value
AA          53       57          0.117961D+00
AA          54       58          0.117678D+00
BB          54       70          -0.135738D+00
Largest amplitude= 1.36D-01
Error termination via Lnk1e in /opt/Gaussian.Linda/g16/l913.exe at Wed Nov 20 18:30:07 2024.
Job cpu time:    0 days  3 hours 11 minutes 33.7 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours 53 minutes 55.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  10778 Int=    0 D2E=    0 Chk=    4 Scr=    1
希望各位大神指点一下，感谢！

Solitude198 · 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 Solitude198 于 2024-11-21 16:42 编辑

sobereva 发表于 2024-11-20 17:58
如果你的动画是基于多帧的xyz轨迹文件产生的，尝试载入VMD并利用VMD的RMSD trajectory tool，对指定的原 ...

确实是基于多帧xyz生成的。

我先用chatgpt写了py脚本来自动对齐想要的原子，但想用CYLview得到图片还是不行，它似乎不会从固定视角去看，会追踪分子总体

但是放入VMD确实能达到相对静止的效果，谢谢老师

xyz_file&png&py_script.zip (292.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

wyq020128 发表于 2024-11-20 20:06
各位大家好！我做个优化，输入文件如下：(原子我用A,B代替)
%chk=111.chk
%mem=4GB

如今没有任何理由用QCISD，别随便效仿过时的文献，CCSD是好多得到选择，耗时基本一样

这种基组给后HF用过于糟糕。若追求高精度，此体系的后HF优化一般应当用def2-TZVP

计算资源这么贫乏，用CCSD优化这玩意是绝对的下策。没有具体体系信息没法准确推荐泛函。

单纯说那个问题本身，参考北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）以下幻灯片

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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Error termination via Lnk1e in