简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:12:07

2877321934 发表于 2024-12-29 10:58
试着跑了下苯环的单点，好像没什么问题，图一为输入文件，图二，三为输出

接下来可以检查一下你的报错是因为体系大，还是因为跑的是MD

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:16:15

本帖最后由 2877321934 于 2024-12-29 18:21 编辑

wzkchem5 发表于 2024-12-29 18:12
接下来可以检查一下你的报错是因为体系大，还是因为跑的是MD

谢谢老师的回复，已用def2-TZVPP/C RIJCOSX对70个原子的体系跑上单点

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:28:29

wzkchem5 发表于 2024-12-29 18:12
接下来可以检查一下你的报错是因为体系大，还是因为跑的是MD

老师，已经跑完了，计算顺利结束
输入文件设置为
! PWPB95 D3 def2-TZVPP def2/J def2-TZVPP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 4000
%pal nprocs 56 end

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:35:47

2877321934 发表于 2024-12-29 11:28
老师，已经跑完了，计算顺利结束
输入文件设置为
! PWPB95 D3 def2-TZVPP def2/J def2-TZVPP/C RIJCO ...

上传报错的MD任务的完整输出文件，以及所有相关的log文件

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:55:17

wzkchem5 发表于 2024-12-29 18:35
上传报错的MD任务的完整输出文件，以及所有相关的log文件

老师，这是所有的相关文件，不好意思为保护组内成果，将含有原子坐标的信息删除了，麻烦老师了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-29 19:27:18

2877321934 发表于 2024-12-29 11:55
老师，这是所有的相关文件，不好意思为保护组内成果，将含有原子坐标的信息删除了，麻烦老师了

是不是跑完第一遍以后没有把临时文件删干净，又跑了第二遍？

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-29 19:34:26

wzkchem5 发表于 2024-12-29 19:27
是不是跑完第一遍以后没有把临时文件删干净，又跑了第二遍？

老师，没有，我是新建了个文件夹然后把inp文件丢进去跑的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-29 21:31:20

2877321934 发表于 2024-12-29 12:34
老师，没有，我是新建了个文件夹然后把inp文件丢进去跑的

看了一下，应该是ORCA的bug，在一部分情况下，做TDDFT级别的MD会报错。我元旦以后会报给相关负责人。在此之前可以改用ORCA 5.0.4来做这个计算，刚测试发现ORCA 5.0.4没有这个问题。

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-29 21:53:44

wzkchem5 发表于 2024-12-29 21:31
看了一下，应该是ORCA的bug，在一部分情况下，做TDDFT级别的MD会报错。我元旦以后会报给相关负责人。在此 ...

好的，实在是辛苦老师了，感激不尽，感谢老师的耐心指导与帮助。

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-30 10:22:25

wzkchem5 发表于 2024-12-29 21:31
看了一下，应该是ORCA的bug，在一部分情况下，做TDDFT级别的MD会报错。我元旦以后会报给相关负责人。在此 ...

安装了ORCA 5.04，顺利运行计算任务且不会报错，说明确实是ORCA6的问题。此外亲测OpenMPI 4.1.6可以用于ORCA 5.04的并行，在此告知各位，

1234567890===== · 发表于 Post on 2024-12-30 10:44:31

各位老师，我目前在重复文献，想要请问在乙腈中的（U）M06-2X /[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]def 2-tzvpp水平计算的单点能量（Esol，在哈特里）该如何计算？
ε = 35.688要在输入文件中加上吗？

这是我的输入文件
%chk=Ir3js.chk
%mem=8GB
%nprocshared=24
#p M062X/def2svp SCRF=(SMD,read,solvent=Acetonitrile) scf=tight

sai77 · 发表于 Post on 2024-12-30 11:56:42

自带的溶剂不需要read，也不需要给介电常数

1234567890===== · 发表于 Post on 2024-12-30 12:08:56

好的老师

2877321934 · 发表于 Post on 2024-12-30 19:21:14

本帖最后由 2877321934 于 2024-12-30 19:39 编辑

请问老师，我google得到分子内氢键被破坏（比如丢到质子溶剂中）会导致吸收光谱蓝移，但是我没有查询到分子内氢键被破坏会导致发射光谱红移还是蓝移，但是我找到有文献例子分子内氢键被破坏导致发射光谱红移，请问是否存在这样一个规律或结论呢？目前解释实验上的现象要用，发现A分子丢到非质子和质子溶剂中不会导致发射光谱明显位移，但B分子丢到非质子中不会有发射光谱的明显位移，丢到质子溶剂中发射光谱红移8nm。想据此说明B分子的分子内氢键被破坏

z782393229 · 发表于 Post on 2024-12-31 10:06:12

各位大佬好，在使用pyscf基态计算中发现，UHF其也加入了一些自旋匹配使得自旋污染严重的分子变得并不严重，如何关闭其所有相关的自旋匹配达到真正的UHF？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

溶液中的单点能计算