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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-1-3 10:16:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fubingjie 于 2025-3-1 16:29 编辑

老师您好,我想请问一下我在计算一个自由基化合物的ELF-pi我需要将所得的FCHK文件进行轨道双正交化后再用biortho.fch文件查看分子的轨道,再对biortho.fch文件进行ELF-pi计算嘛?还是怎么处理呢?

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发表于 Post on 2025-1-3 15:36:09 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2025-1-3 03:16
老师您好,想提问一下对于开壳层体系芳香性的计算是使用gaussian好用还是ORCA软件好用呢?

按照http://sobereva.com/620的要求完善所有背景信息后,我们再回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-3 15:44:18 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2025-1-3 10:16
老师您好,想提问一下对于开壳层体系芳香性的计算是使用gaussian好用还是ORCA软件好用呢?

这两个程序没有直接算芳香性的功能
芳香性怎么分析看
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176

先说清楚用什么方法做分析再说。诸如Multiwfn没法和ORCA联用做ICSS分析,而多中心键级既可以Multiwfn结合Gaussian也可以结合ORCA
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-4 12:21:02 | 只看该作者 Only view this author
请问老师一个问题,在AIMD中,将模拟时间跟现实时间比较是有意义的吗?比如说我在温度340度下跑一个ESIPT的AIMD,模拟表明其在500fs时发生质子转移,在正常的现实反应时间尺度内(0.1-1 ps),是否能够支持我这个体系大部分能发生ESIPT呢。
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发表于 Post on 2025-1-4 16:19:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Solitude198 于 2025-1-4 16:25 编辑

想请问,在这个体系中发生光反应,最后出现了众多产物,能否通过计算反向说明 具体波长的光对产物的影响,还是说最终产物分布只取决于自由基的占比。

在这篇帖子中,也有提到波长与最后反应会不准,所以或许计算也意义不大?

反应物的UV-Vis 图是这样的,计算时使用  #p 6-31+g(d,p) TD(nstates=10) pbe1pbe

请各位老师指教,文章来自 https://doi.org/10.1002/anie.202415249






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发表于 Post on 2025-1-4 21:17:59 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-1-4 09:19
想请问,在这个体系中发生光反应,最后出现了众多产物,能否通过计算反向说明 具体波长的光对产物的影响, ...

能是能,可以跑非绝热动力学。但是工作量会很大
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-5 01:30:04 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-4 12:21
请问老师一个问题,在AIMD中,将模拟时间跟现实时间比较是有意义的吗?比如说我在温度340度下跑一个ESIPT的 ...

有。原理上应当跑多条轨迹,得到统计性的结论,避免偶然性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-5 17:15:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-5 01:30
有。原理上应当跑多条轨迹,得到统计性的结论,避免偶然性

好的 谢谢老师 此外请教一下动力学轨迹一般几条够用呢?文章分析的时候选取随便选取一条进行研究还是需要去平均值呢?比如说我跑了3条 每条的轨迹都相似,此时我在文章中能否说:由于跑的动力学轨迹相似,因此结论具有普遍性,本文选取其中一条轨线进行分析。
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发表于 Post on 2025-1-5 19:05:58 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-5 10:15
好的 谢谢老师 此外请教一下动力学轨迹一般几条够用呢?文章分析的时候选取随便选取一条进行研究还是需要 ...

3条绝对不够。有条件的话至少跑100条,至于小于100条够不够,看你们领域的文献,如果有不止一个先例,且发的期刊不算太差,那么可以考虑小于100条。
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发表于 Post on 2025-1-5 19:12:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-4 21:17
能是能,可以跑非绝热动力学。但是工作量会很大

请老师指教,我对绝热动力学就只有浅显的概念了解 ORz

工作量很大倒不是问题,这个不是很赶

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发表于 Post on 2025-1-5 19:56:27 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-1-5 12:12
请老师指教,我对绝热动力学就只有浅显的概念了解 ORz

工作量很大倒不是问题,这个不是很赶

参见https://doi.org/10.3390/molecules28041668的做法
此外刚注意到这个反应还涉及La,这个就更麻烦了,光是算出来La怎么和底物配位的,La上配几个溶剂,都很麻烦

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-1-5 20:34:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-5 19:05
3条绝对不够。有条件的话至少跑100条,至于小于100条够不够,看你们领域的文献,如果有不止一个先例,且 ...

谢谢老师的回答,我查了下文献,有篇JPCL跑了25条,有篇JPCA跑了30条,所以应该不需要跑到100条
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-5 21:23:39 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-5 17:15
好的 谢谢老师 此外请教一下动力学轨迹一般几条够用呢?文章分析的时候选取随便选取一条进行研究还是需要 ...

关键在于侧重点是什么。
如果要得到误差范围较小的出现质子转移平均时间,那需要跑很多条,并且原理上需要做结果随跑的轨迹数目的收敛性测试。或者获得质子转移时间的统计分布也需要跑几十次

如果只是证明在较短的时间尺度内就能发生感兴趣的现象,跑了好几次结论都一致,那就够说明了,能体现这没有偶然性
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发表于 Post on 2025-1-5 22:49:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-5 21:23
关键在于侧重点是什么。
如果要得到误差范围较小的出现质子转移平均时间,那需要跑很多条,并且原理上需 ...

谢谢老师的回答,由于我的分子是个双ESIPT分子,想了解下双质子的先后迁移顺序动力学,但还是侧重说明这两个ESIPT位点都能在较短的时间尺度内发生,所以看来,我还是需要跑几十次
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发表于 Post on 2025-1-6 23:28:03 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,过渡态搜索等计算任务完成之后,需要把过渡态或中间体的坐标(Cartesian Coordinates)整理到word中。是用GaussView将out文件打开保存最后一帧,再用文本打开将坐标复制出来吗?这样操作复制到word中格式比较乱,想请教各位老师是如何方便快捷地将坐标整理的?

本版积分规则 Credits rule

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