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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-24 13:01:37 | 只看该作者 Only view this author
FelixLaw 发表于 2025-1-23 15:35
请教各位老师,小白刚开始接触ChemDraw, Chem3D等软件,现在想对下图这一荧光素分子做简单的MM2优化再放入 ...

此体系用MM2预优化完全多此一举
很多初学者随便效仿一些网上流传的或者实验室祖传的不当做法,以为什么时候都可以用MM2力场做预优化、用MM2力场做预优化有好处,这是大错特错。当前体系结构那么简单,直接DFT优化就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-1-26 03:40:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2877321934 于 2025-1-26 04:10 编辑

请问老师,用Gaussian计算三阶极化率能够平替Dalton算双光子吸收截面吗?从双光子吸收截面的公式看,双光子吸收截面与三阶极化率成正比, ,所以能否用Gaussian算出三阶极化率,然后自行算出双光子吸收截面呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-26 13:50:31 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-26 03:40
请问老师,用Gaussian计算三阶极化率能够平替Dalton算双光子吸收截面吗?从双光子吸收截面的公式看,双光子 ...

不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-26 20:41:41 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2025-1-27 01:00:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-24 13:01
此体系用MM2预优化完全多此一举
很多初学者随便效仿一些网上流传的或者实验室祖传的不当做法,以为什么 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-1-31 04:39:11 | 只看该作者 Only view this author
请教一下老师,我在参考http://sobereva.com/540博文使用簇模型做吸附计算,文中提到从晶胞扩展出来的结构需要先把边缘的原子固定再优化,倘若我这个体系不是从晶胞扩出来的,是自己搭出来的,可以先把单独的簇用DFT优化完,再固定边缘原子,再把吸附的分子加上去进行优化,这样做可以吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-1 15:52:40 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-31 04:39
请教一下老师,我在参考http://sobereva.com/540博文使用簇模型做吸附计算,文中提到从晶胞扩展出来的结构 ...

我不知道你说的是什么体系、什么簇,没法评论。如果实际体系本身就是个孤立的簇,不应该冻结
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发表于 Post on 2025-2-1 21:54:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-1 15:52
我不知道你说的是什么体系、什么簇,没法评论。如果实际体系本身就是个孤立的簇,不应该冻结

抱歉老师,我补充下信息,簇模型如图所示, ,在实验中这个材料是负载在电极表面的,所以需要冻结,但是这个簇是我自己搭的,不是从晶胞扩出来的。
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发表于 Post on 2025-2-2 15:59:01 | 只看该作者 Only view this author

结构优化2070错误求助

新手进行结构优化opt freq scrf=(pcm,solvent=2,2,2-trifluoroethanol) def2SVP empiricaldispersion=gd3 m06 temperature=333.15
出现2070错误,求各位大神帮忙




One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   27495 NPrTT=   92182 LenC2=   24959 LenP2D=   59791.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 8 Len=  415
NBasis=   494 RedAO= T EigKep=  5.39D-04  NBF=   494
NBsUse=   494 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   494
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Lowest energy guess from the checkpoint file:  "C:\Users\linqi\Desktop\ir new.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.999995    0.003019    0.000475   -0.000004 Ang=   0.35 deg.
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    1.000000   -0.000890    0.000052   -0.000091 Ang=  -0.10 deg.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Inv3:  Mode=1 IEnd=    31512243.
Iteration    1 A*A^-1 deviation from unit magnitude is 3.77D-15 for   2570.
Iteration    1 A*A^-1 deviation from orthogonality  is 3.15D-15 for   2577   1377.
Iteration    1 A^-1*A deviation from unit magnitude is 3.55D-15 for   2570.
Iteration    1 A^-1*A deviation from orthogonality  is 2.80D-15 for   2765   2749.
Error on total polarization charges =  0.01564
SCF Done:  E(RM06) =  -1061.93189047     A.U. after   13 cycles
            NFock= 13  Conv=0.45D-08     -V/T= 2.1617
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   27495 NPrTT=   92182 LenC2=   24959 LenP2D=   59791.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 9 Len=  602
D1PCM: PCM CHGder 1st derivatives, ID1Alg=3 FixD1E=F DoIter=F DoCFld=F I1PDM=0.
Calling FoFJK, ICntrl=      2127 FMM=F ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 0 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
***** Axes restored to original set *****
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
      1        6           0.001810036   -0.000529114    0.000261390
      2        6          -0.001046969   -0.000198637   -0.000645306
      3        6          -0.001267676    0.001265893    0.001130341
      4        6          -0.000966766   -0.000606852    0.001210587
      5        6          -0.002259289   -0.002014300   -0.002612022
      6        6           0.001135651    0.001697875    0.002809539
      7        6          -0.001932177    0.000561578    0.000523106
      8        6          -0.001153073    0.000815555   -0.000670069
      9        6          -0.002542405   -0.001992974   -0.001212255
     10        6          -0.007586810    0.002461483    0.001395084
     11        6           0.001329946    0.000425121   -0.001964080
     12        6          -0.000855467    0.001093140   -0.000801271
     13        6          -0.001250341   -0.000361137   -0.001869545
     14        6           0.007160932    0.002239142   -0.006402962
     15        6           0.000119648   -0.000018850    0.000529696
     16        6           0.000512493    0.001474661    0.000768241
     17        1          -0.000856759    0.000189690   -0.000269629
     18        1          -0.000732893    0.000682454   -0.001045613
     19        1          -0.000160541   -0.000016393    0.000139422
     20        1          -0.000438339   -0.000053588    0.000242420
     21        1          -0.000621138    0.000192926   -0.000271826
     22        1           0.000018830   -0.000455291   -0.000421041
     23        1          -0.000272233    0.000096774   -0.000287715
     24        1          -0.000518998   -0.000506423   -0.000943765
     25        1           0.000095090   -0.000234776   -0.000170319
     26        1           0.000072945   -0.000080230   -0.000666958
     27        1          -0.000547317   -0.000125254   -0.000187681
     28        1           0.000163437    0.000399108    0.000257615
     29        1           0.000620676    0.000551066    0.000314574
     30        1           0.004241828   -0.001124471    0.002908405
     31        1          -0.000173907    0.000308377   -0.000227980
     32        1           0.000235364   -0.000392467   -0.000569469
     33        1          -0.000764605    0.000777706    0.000448112
     34        1           0.000118212    0.000149246    0.000554193
     35        1          -0.000037324   -0.000076441   -0.000576790
     36        1          -0.003980566   -0.013911803    0.013569813
     37        1           0.000068511    0.000627768    0.000147313
     38        1          -0.000121034    0.000144523    0.000451289
     39        1          -0.000413435   -0.000211210    0.000129570
     40        1           0.000013746    0.000365501   -0.000235744
     41       77           0.015490097    0.011465907    0.003562244
     42       77           0.008705892   -0.003954819   -0.000770435
     43        8          -0.009583737   -0.012297357   -0.005519782
     44        8          -0.008261932    0.007806835   -0.001708517
     45        6          -0.014770559   -0.015507605    0.002720938
     46        1           0.023537066    0.021538492   -0.011784230
     47        1           0.001657369   -0.003142180    0.004713809
     48        1          -0.002245629   -0.000440427    0.001153406
     49        6          -0.002008702    0.000113690    0.002436249
     50        1          -0.000394705    0.000572249    0.000533088
     51        1           0.001166344    0.002422935    0.000646780
     52        1          -0.000508788   -0.002187098   -0.001722223
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max     0.023537066 RMS     0.004560196

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle    36 -    46 -    45
Tors failed for dihedral    14 -    36 -    46 -    45
Tors failed for dihedral    43 -    45 -    46 -    36
Tors failed for dihedral    47 -    45 -    46 -    36
Tors failed for dihedral    48 -    45 -    46 -    36
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in C:\G16W\l103.exe at Sun Feb 02 15:47:26 2025.
Job cpu time:       2 days  2 hours 14 minutes 54.0 seconds.
Elapsed time:       2 days  2 hours 13 minutes 59.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    339 Int=      0 D2E=      0 Chk=     23 Scr=      1


ir.gjf

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发表于 Post on 2025-2-2 17:47:58 | 只看该作者 Only view this author
要学会识别真正的报错信息。
具体到你这个例子,很容易发现真正的报错信息是“FormBX had a problem”,所以在这个论坛搜“FormBX had a problem”就会找到答案
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-2 17:49:28 | 只看该作者 Only view this author
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4167#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-2 17:55:49 | 只看该作者 Only view this author
linqifu 发表于 2025-2-2 15:59
新手进行结构优化opt freq scrf=(pcm,solvent=2,2,2-trifluoroethanol) def2SVP e ...

非常初级的程序使用问题别发到[量化理论]分类,看清楚本版块版头的分类说明什么样的话题才适合选择“量化理论”,以后注意!这种过于初级的问题不要单独发帖,应当在本帖里作为回帖问。

这种常见问题一律先把报错提示(凭常识就知道报错在哪)在论坛首页google框搜索再问,论坛里回答过无数次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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4168#
发表于 Post on 2025-2-6 08:02:11 | 只看该作者 Only view this author
想请教老师一个关于AIMD模拟体系的问题,AIMD能够得到统计学上的反应时间结论,反应时间由动力学特征即能垒决定,但我有一个疑惑,一个反应的热力学特征如反应的总的ΔG,能否从AIMD的过程中体现呢?比如说一个最简单的反应,ESIPT,AIMD跑出来能体现出反应的所需时间或能垒,跑着跑着发现质子又回迁回去了,这个回迁回去的所需时间能否体现出这个反应的ΔG或反应的自发进行程度呢?
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发表于 Post on 2025-2-6 17:32:59 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-2-6 01:02
想请教老师一个关于AIMD模拟体系的问题,AIMD能够得到统计学上的反应时间结论,反应时间由动力学特征即能垒 ...

跑metadynamics可以,具体参见Annu. Rev. Phys. Chem. 2016. 67:159–84
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-2-6 22:37:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-2-6 17:32
跑metadynamics可以,具体参见Annu. Rev. Phys. Chem. 2016. 67:159–84

谢谢老师,我仔细看看
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