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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-1-6 23:43:26 | 只看该作者 Only view this author
751960653 发表于 2025-1-6 16:28
请教各位老师,过渡态搜索等计算任务完成之后,需要把过渡态或中间体的坐标(Cartesian Coordinates)整理 ...

如果字体设置得当的话(选择那些空格、数字和半角符号所占宽度完全相同的字体),应该不会乱
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-7 01:22:27 | 只看该作者 Only view this author
751960653 发表于 2025-1-6 23:28
请教各位老师,过渡态搜索等计算任务完成之后,需要把过渡态或中间体的坐标(Cartesian Coordinates)整理 ...

从新保存的gjf里复制出来就完了
没有什么格式乱的问题。如果你用的不是等宽字体,改成Consolas等等宽字体显示。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-1-7 19:56:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lesliewoohoo 于 2025-1-7 19:59 编辑

老师们好, 想请教的问题是:
用molpro计算频率的输出文件里没有输出每个mode的约化质量, 网上搜索答案时在http://qchem.pw/faq/molpro.html中发现图片所示回答.
但我不清楚: 约化质量是简正坐标因子的平方和的倒数, 还是归一化因子平方和的倒数. 如果是后者, 请问归一化因子如何计算.
入门小白非常感谢老师们答疑

Snipaste_2025-01-07_19-46-15.png (14.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-1-7 22:19:40 | 只看该作者 Only view this author
lesliewoohoo 发表于 2025-1-7 12:56
老师们好, 想请教的问题是:
用molpro计算频率的输出文件里没有输出每个mode的约化质量, 网上搜索答案时在h ...

【归一化因子】等于【简正坐标因子的平方和的倒数的平方根】
所以,【归一化因子的平方】等于【简正坐标因子的平方和的倒数】

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lesliewoohoo + 5 谢谢老师解答!

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2025-1-7 22:26:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-6 23:43
如果字体设置得当的话(选择那些空格、数字和半角符号所占宽度完全相同的字体),应该不会乱

谢谢您的解答

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发表于 Post on 2025-1-7 22:34:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-7 01:22
从新保存的gjf里复制出来就完了
没有什么格式乱的问题。如果你用的不是等宽字体,改成Consolas等等宽字 ...

谢谢您的解答。再请教一下,从gjf里复制出来的坐标数值小数点后面有8位,最后两位均为0,请问哪里可以设置坐标数值的小数点位数(想只显示6位)?我在GaussView的设置里没有找到可修改的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-8 03:16:15 | 只看该作者 Only view this author
751960653 发表于 2025-1-7 22:34
谢谢您的解答。再请教一下,从gjf里复制出来的坐标数值小数点后面有8位,最后两位均为0,请问哪里可以设 ...

改这个毫无意义
非要去掉就自己用列模式删
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-8 21:13:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2877321934 于 2025-1-8 21:16 编辑

请问老师,计算荧光问题的时候,计算出来Excited State 1的振子强度为0.2114,Excited State 2的振子强度为0,此时是否能够说明其符合Kasha's rule,且可以忽略内转换,仅考虑Excited State 1的振子强度,来解释实验上观察到的荧光光谱呢?
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发表于 Post on 2025-1-8 22:16:56 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-8 14:13
请问老师,计算荧光问题的时候,计算出来Excited State 1的振子强度为0.2114,Excited State 2的振子强度为 ...

说明大概率符合Kasha规则,但不要把话说死,严格的证明还是需要把所有相关的速率常数都算出来
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-1-9 00:30:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-8 22:16
说明大概率符合Kasha规则,但不要把话说死,严格的证明还是需要把所有相关的速率常数都算出来

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2025-1-9 13:20:20 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,三年前有人问过 DDEC6 电荷的问题 ,最近的一篇文章在使用机器学习进行 喹啉及衍生物 反应点位预测的时候,对于键级和电荷使用了 DDEC6,不知道在今天他是否有所改变

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发表于 Post on 2025-1-9 20:05:35 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我有一个有机分子C₆₄H₆₄N₄O₂S₈,结构式如图,想要添加背景电荷计算并反复迭代以体现极化效应,最后计算激发态性质,泛函选择的是wb97xd,文献里使用的基组是def2SVP,由于我看帖子里说g16中6-31g**计算精度与def2SVP接近,但实际计算时6-31g**耗时更少,所以我想请问下可以用6-31g**代替def2SVP吗,会在考虑极化效应上有不足之处吗?

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发表于 Post on 2025-1-9 20:39:51 | 只看该作者 Only view this author
koc 发表于 2025-1-9 13:05
请问各位老师,我有一个有机分子C₆₄H₆₄N₄O₂S₈,结构式如图,想 ...

可以,这两个基组基本在任何情况下都可以互相替代,用计算较快的那个就可以。高斯里6-31G**往往算得更快,ORCA里def2-SVP可能快一点
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-1-9 21:08:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-9 20:39
可以,这两个基组基本在任何情况下都可以互相替代,用计算较快的那个就可以。高斯里6-31G**往往算得更快 ...

好的好的,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 00:26:50 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-1-9 13:20
请问各位老师,三年前有人问过 DDEC6 电荷的问题 ,最近的一篇文章在使用机器学习进行 喹啉及衍生物 反应点 ...

这个电荷没什么用处,原理含糊不清、经验性过强,从结果上也不比如今Multiwfn支持的MBIS更好。
多数情况下ADCH比这俩电荷都更好,参看下文的对比
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html

算键级在Multiwfn里有的是方法,看下文。如今还支持了基于较严格的Hirshfeld-I和MBIS原子空间算模糊键级
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html


波函数分析问题以后请发到1L提到的专门答疑专贴里

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Solitude198 + 5 收到(立正

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