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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-2-7 10:59:24 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,ma-TZVP要引用哪几篇文章?

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发表于 Post on 2025-2-7 16:11:32 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在做一个反应路径相关计算。
实验表明该反应在313.15K时生成A产物,在353.15K时生成B产物。
目前我计算了两条反应路径的两种温度下的中间体和过渡态的结构,但计算的自由能结果并没有表明在313.15K时A产物路径更优,或353.15K时B产物路径更优。
这个思路是不对的吗?

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发表于 Post on 2025-2-7 23:00:22 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2025-2-7 09:11
老师好,我在做一个反应路径相关计算。
实验表明该反应在313.15K时生成A产物,在353.15K时生成B产物。
目 ...

需要考虑以下若干因素:
(1)353.15K时溶剂是否处于沸腾状态?如果是,可能沸腾导致体系隔绝空气,或者蒸出了副产物(共沸带水之类),进而改变反应选择性。
(2)两个温度下有没有某个物种的溶解度显著不同?
(3)是否考虑了计算误差?
(4)是否考虑到不同温度下产物的提纯难度不同,例如两个温度下都是既生成A又生成B,但因为产物提纯困难,其中一个温度下的反应混合物只能提纯出A,另一个温度的反应混合物只能提纯出B。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-2-8 14:53:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-2-7 23:00
需要考虑以下若干因素:
(1)353.15K时溶剂是否处于沸腾状态?如果是,可能沸腾导致体系隔绝空气,或者 ...

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-8 18:44:16 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2025-2-7 10:59
大佬们,ma-TZVP要引用哪几篇文章?

给Ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340http://bbs.keinsci.com/thread-3487-1-1.html
里面给了原文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-2-12 11:23:32 | 只看该作者 Only view this author

对opt优化的收敛情况判断存疑

请问各位老师,进行几何优化时,哪个可以作为最终的收敛情况分析呀?哪个是判断freq的收敛情况分析呢?
是以下这段作为opt收敛判断吗?(我疑惑的点在于这段在输出文件的最后,是否作为opt收敛判断)





还是以下这段作为opt收敛判断?



以下这段,是freq的收敛判断吗?


输出文件为 7opt1.gjf_%j.out (374.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)


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发表于 Post on 2025-2-12 11:45:51 | 只看该作者 Only view this author
一般要有4个yes

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-12 12:23:22 | 只看该作者 Only view this author
wwwwwt 发表于 2025-2-12 11:23
请问各位老师,进行几何优化时,哪个可以作为最终的收敛情况分析呀?哪个是判断freq的收敛情况分析呢?[/ba ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
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发表于 Post on 2025-2-12 16:54:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-12 12:23
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278(http://bbs.ke ...

老师,我看了您推荐的帖子,里面freq和几何优化的收敛标准的关键词没有差异,我的问题是不会判断.out文件中哪个属于freq收敛,哪个属于几何优化收敛。
当然,我目前也没解决freq中出现两个No的情况,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-12 22:20:13 | 只看该作者 Only view this author
wwwwwt 发表于 2025-2-12 16:54
老师,我看了您推荐的帖子,里面freq和几何优化的收敛标准的关键词没有差异,我的问题是不会判断.out文件 ...

opt freq任务最后一次输出的自然就是对应freq任务的情况
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发表于 Post on 2025-2-12 23:42:06 | 只看该作者 Only view this author
请问BHandHLYP是否存在类似B3LYP(VWN3\VWN5)的定义不明确问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-12 23:43:39 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2025-2-12 23:42
请问BHandHLYP是否存在类似B3LYP(VWN3\VWN5)的定义不明确问题。

没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-2-13 14:04:36 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我的体系是150上下的主族元素,在用学校的超算跑gaussian,但是还是得用很长时间(中间体几个小时倒还好,限制性优化动辄一天起步),所以不知有什么办法提高速度的同时也能得到不错的结果,

之前的一篇文章,体系很类似

目前是先在xtb跑一遍,然后结构优化用b3lyp-D3(BJ)/6-31G** 单点能基组换成6-311+G**,先跪为敬ORz

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发表于 Post on 2025-2-13 15:09:30 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,我算了一个碳纳米管之间的pi-pi堆叠,结合能高达-261 kcal/mol,感觉这个值很大,有可能吗?

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发表于 Post on 2025-2-13 16:12:38 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-2-13 14:04
各位老师好,我的体系是150上下的主族元素,在用学校的超算跑gaussian,但是还是得用很长时间(中间体几个 ...

检查一下设置有没有问题。按说不应该跑这么久。如果没有问题又有orca的话可以考虑联用加速。单点能可以用def2-tzvpp等更好的基组以及wb97XD或者M062X。

本版积分规则 Credits rule

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