简单量子化学问题答疑专帖

white-album

sobereva 发表于 2025-2-19 08:48
每次提问时把问题准确描述清楚，认真看下文，谁确切知道你画的是什么函数的等值面
在网上求助计算化学问 ...

好的谢谢老师

for_you

老师，学生在Gaussian上做体系内含有 氟原子 的DFT计算时(体系大约100个原子，含有C、H、O、N、F、Fe原子，金属Fe使用lanl2dz基组，其他原子使用6-31G*基组)，发现结构优化、固定优化、过渡态优化等任务，只要是涉及到氟原子的分子片段，都会发生 原子结构乱跑 或 混乱地混杂在一起；但是在没有涉及到氟原子的体系里就没有这样的情况。请问老师，涉及氟原子的体系应该怎样避免结构优化出错呢？

snljty2

liustone 发表于 2025-2-19 00:12
sob老师您好，我按照教程帖子http://sobereva.com/484计算分子的CDFT中的各种量，我按照教程设置了settings ...

认真看你提到的链接里面第3.1节这句话：

注：让Multiwfn顺利调用Windows版Gaussian需要做额外的设置，见Multiwfn手册Appendix 1。

sobereva

for_you 发表于 2025-2-19 10:26
老师，学生在Gaussian上做体系内含有 氟原子 的DFT计算时(体系大约100个原子，含有C、H、O、N、F、Fe原子， ...

没恰当定义赝势，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

wwwwwt

sobereva 发表于 2025-2-12 22:20
opt freq任务最后一次输出的自然就是对应freq任务的情况

感谢老师

〇66

P1.gjf (4.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

2025-2-19 22:35 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

可以麻烦问一下，这个结尾是正常终止的，为什么文件打不开呢？错误在哪里？写写各位老师

zjxitcc

“打不开”需要展示打不开的报错/提示信息

sobereva

〇66 发表于 2025-2-19 22:37
可以麻烦问一下，这个结尾是正常终止的，为什么文件打不开呢？错误在哪里？写写各位老师

描述清楚什么叫打不开
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

for_you

sobereva 发表于 2025-2-19 10:29
没恰当定义赝势，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

感谢老师解惑

Solitude198

请问在irc后能否直接联用opt来进行结构优化

实测会读取irc终点的坐标，opt也没出问题，但又没有找到相关问题，所以特来一问

%oldchk=ts1_cat14_2a_1.chk
%chk=ts1_cat14_2a_1-irc-1.chk
#p irc=(reverse,rcfc,maxpoints=10,stepsize=10,lqa) m062x 6-31g(d,p) geom=check guess=read

Title

0 1

--link1--
%chk=ts1_cat14_2a_1-irc-1.chk
#p opt freq guess=read geom=check m062x 6-31g(d,p)

Title Card Required

0 1

--link1--
%chk=ts1_cat14_2a_1-irc-1.chk
#p guess=read geom=check m062x 6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=chloroform)

Title

0 1

sobereva

Solitude198 发表于 2025-2-21 14:51
请问在irc后能否直接联用opt来进行结构优化

实测会读取irc终点的坐标，opt也没出问题，但又没有找到相关 ...

可

liustone

snljty2 发表于 2025-2-19 10:28
认真看你提到的链接里面第3.1节这句话：

好的。谢谢

Solitude198

sobereva 发表于 2025-2-21 15:51
可

还有一问，使用rcfc时不会从oldchk读取，而是从chk读取

1.              ******** Start new reaction path calculation ********
   
2. RCFC Option Requested - Data Read From Chk File:
   
3. "ts1_cat14_2a_1-irc-1.chk"
   
4.    Energy From Chk =  -2683.8860703
   
5. 
   
6. Current Structure is TS -> form Hessian eigenvectors.
   
7.                             Recovering Hessian eigenvectors from chk file.

复制代码

这种从old读取的方法不可行，只能chk  还是别有他法

snljty2

Solitude198 发表于 2025-2-22 15:33
还有一问，使用rcfc时不会从oldchk读取，而是从chk读取

如果你用了%oldchk，输出文件里面会有一行类似

1. Copying data from "aaa.chk" to current chk file "bbb.chk"

复制代码

。我的理解是

1. %oldchk=aaa.chk
   
2. %chk=bbb.chk

复制代码

严格等价于

1. cp aaa.chk bbb.chk

复制代码

1. %chk=bbb.chk

复制代码

。

Solitude198

snljty2 发表于 2025-2-22 19:55
如果你用了%oldchk，输出文件里面会有一行类似 。我的理解是严格等价于。

那我这种应该是种罕见情况，的确在多数情况下都可以从copy出来的chk读取，这次可能是oldchk本身存在问题

首先是log报错，l123  +   GetHes: LRWHes < LHess!   常见报错 一文直言

成因：此错误较为罕见，未能获得更多的错误样本。仅有的一个例子中，经分析是由于 1.读取了前一步 opt=TS freq 的Hessian，2. 该Hessian无虚频（注意前面有“WARNING: NO IMAGINARY FREQUENCIES AT TS!”提示）。
解决：检查过渡态的频率是否正常、只有一个虚频。若虚频数不对、首先解决过渡态优化的问题再说；如果没有该问题可上传文件讨论。

1.           ******** Start new reaction path calculation ********
   
2. RCFC Option Requested - Data Read From Chk File:
   
3. "ts2_DEAD_H_stable-irc-1.chk"
   
4. LRWHes =            0  LHess  =        13203
   
5. GetHes: LRWHes < LHess!
   
6. Error termination via Lnk1e in /lustre/home/acct-ccezsy/ccezsy-user4/g16/l123.exe at Sat Feb 22 20:19:26 2025.
   
7. Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 36.9 seconds.
   
8. Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
   
9. File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=     69 Scr=      1

复制代码

原oldchk包含三个过程（请忽略里面的赝势lanl2dz，确实用得太烂了  ORz

1. %oldchk=ts2_DEAD_H.chk
   
2. %chk=ts2_DEAD_H_stable.chk
   
3. #p stable=opt temperature=323.15 m06/genecp geom=check guess=read
   
4. 
   
5. wl-Cu--ts2_DEAD_H--2024-01-08+16:20:26
   
6. 
   
7. 0 1
   
8. 
   
9. C H N O 0
   
10. 6-31g(d,p)
    
11. ****
    
12. Cu 0
    
13. lanl2dz
    
14. ****
    
15. 
    
16. Cu 0
    
17. lanl2dz
    
18. 
    
19. --link1--
    
20. %chk=ts2_DEAD_H_stable.chk
    
21. #p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq temperature=323.15 geom=check guess=read m06/genecp
    
22. 
    
23. wl-Cu--ts2_DEAD_H--2024-01-08+16:20:26
    
24. 
    
25. 0 1
    
26. 
    
27. C H N O 0
    
28. 6-31g(d,p)
    
29. ****
    
30. Cu 0
    
31. lanl2dz
    
32. ****
    
33. 
    
34. Cu 0
    
35. lanl2dz
    
36. 
    
37. --link1--
    
38. %chk=ts2_DEAD_H_stable.chk
    
39. #p stable temperature=323.15 geom=check guess=read m06/genecp
    
40. 
    
41. wl-Cu--ts2_DEAD_H--2024-01-08+16:20:26
    
42. 
    
43. 0 1
    
44. 
    
45. C H N O 0
    
46. 6-31g(d,p)
    
47. ****
    
48. Cu 0
    
49. lanl2dz
    
50. ****
    
51. 
    
52. Cu 0
    
53. lanl2dz

复制代码

可能检测稳定性过程造成了影响？或者其他什么原因 以下为fchk文件   ts2_DEAD_H_stable.zip (6.66 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2025-2-22 20:35 上传 Uploaded

点击下载
Click to download