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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-2-13 16:56:59 | 只看该作者 Only view this author
tonganlhy 发表于 2025-2-13 16:12
检查一下设置有没有问题。按说不应该跑这么久。如果没有问题又有orca的话可以考虑联用加速。单点能可以用 ...

感谢回答

设置应该没问题

结构优化
#p b3lyp opt freq 6-31g(d,p) em=gd3bj
单点
#p b3lyp 6-311+g(d,p) guess=read geom=check scrf=(smd,solvent=Chlorobenzene) em=gd3bj

限制性优化
#p opt=modredundant 6-31g(d,p) b3lyp em=gd3bj
过渡态
#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp em=gd3bj 6-31g(d,p) guess=read geom=(check,NewRedundant)

目前主要是freq和新任务的重新精确计算一次Hessian矩阵会很费时间,orca之前没用过,我试试

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发表于 Post on 2025-2-13 17:37:35 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2025-2-13 08:09
大佬们,我算了一个碳纳米管之间的pi-pi堆叠,结合能高达-261 kcal/mol,感觉这个值很大,有可能吗?

按照http://sobereva.com/620的要求补全所有背景信息后,我们再回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-2-13 17:49:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-2-13 17:37
按照http://sobereva.com/620的要求补全所有背景信息后,我们再回答

谢谢老师。所计算的体系是两个碳纳米管之间的pi-pi堆叠,能量计算用的是B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP,结构如图所示。

屏幕截图 2025-02-13 174854.png (202.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-02-13 174854.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-13 22:31:55 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-2-13 14:04
各位老师好,我的体系是150上下的主族元素,在用学校的超算跑gaussian,但是还是得用很长时间(中间体几个 ...

非反应区域用更小的基组。要么就买/租更好的机子,这种大小的体系对目前主流双路服务器来说不难计算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-13 22:34:06 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2025-2-13 17:49
谢谢老师。所计算的体系是两个碳纳米管之间的pi-pi堆叠,能量计算用的是B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVP,结构如图 ...

此图没体现二聚体结构是什么样
但无论如何,两个这种碳纳米管片段的弱相互作用能不可能达到-261 kcal/mol的程度。肯定计算有硬伤
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发表于 Post on 2025-2-13 22:55:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2025-2-13 22:57 编辑
sobereva 发表于 2025-2-13 22:34
此图没体现二聚体结构是什么样
但无论如何,两个这种碳纳米管片段的弱相互作用能不可能达到-261 kcal/mo ...

老师,这是我优化的输出文件,麻烦您给看看计算有没有问题。我单点就是把优化的片段分别提出来进行计算的,应该没问题。

pi-pi.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-14 02:51:47 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2025-2-13 22:55
老师,这是我优化的输出文件,麻烦您给看看计算有没有问题。我单点就是把优化的片段分别提出来进行计算的 ...

倆碳纳米管摆得太近,优化完了都形成共价键了
除非你就是要算共价二聚体,否则一开始最近的C...C距离应当摆得明显更远,比如3.5挨左右
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-2-14 11:30:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-14 02:51
倆碳纳米管摆得太近,优化完了都形成共价键了
除非你就是要算共价二聚体,否则一开始最近的C...C距离应 ...

好的,谢谢老师,我重新去算

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发表于 Post on 2025-2-17 18:56:21 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,想请问老师们一个配位场理论的问题,例如在分析高价铁卟啉分子FeN4=O的轨道组成时候是否可以认为铁原子的dxz或dyz轨道在轴向上可以与卟啉的大Π键组成分子轨道,又可以与端基氧的px或py轨道形成分子轨道呢?如果可以的话,是否大Π键对Fe=O双键也具有一定的稳定作用呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-18 13:18:14 | 只看该作者 Only view this author
white-album 发表于 2025-2-17 18:56
老师们好,想请问老师们一个配位场理论的问题,例如在分析高价铁卟啉分子FeN4=O的轨道组成时候是否可以认为 ...

用Multiwfn做pi轨道的轨道成分分析便知
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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发表于 Post on 2025-2-18 14:34:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-18 13:18
用Multiwfn做pi轨道的轨道成分分析便知
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131

好的好的谢谢sob老师~

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发表于 Post on 2025-2-18 16:50:33 | 只看该作者 Only view this author
老师我尝试计算了下发现只有等值面取0.2的时候是联通的,这种情况下可以说明存在Fe=O Π键和平面大Π键的相互作用嘛?

202502181650263988..png (317 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202502181650263988..png

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发表于 Post on 2025-2-19 00:12:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我按照教程帖子http://sobereva.com/484计算分子的CDFT中的各种量,我按照教程设置了settings.ini中gaussian的路径为“gaupath= "D:\Programfiles\G16\G16W\g16.exe"”,在输入y以后Multiwfn报错如下:
Running: "D:\Programfiles\G16\G16W\g16.exe" "N.gjf" "N.out"
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
The task has failed! Please manually check N.gjf and N.out

Running: "D:\Programfiles\G16\G16W\g16.exe" "N+1.gjf" "N+1.out"
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
The task has failed! Please manually check N+1.gjf and N+1.out

Running: "D:\Programfiles\G16\G16W\g16.exe" "N-1.gjf" "N-1.out"
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is ""
: No such file or directory
The task has failed! Please manually check N-1.gjf and N-1.out

请问这是为何?该怎么解决?谢谢老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-19 08:47:37 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2025-2-19 00:12
sob老师您好,我按照教程帖子http://sobereva.com/484计算分子的CDFT中的各种量,我按照教程设置了settings ...

Multiwfn的使用问题发到1L说的Multiwfn的专门答疑专贴里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-19 08:48:19 | 只看该作者 Only view this author
white-album 发表于 2025-2-18 16:50
老师我尝试计算了下发现只有等值面取0.2的时候是联通的,这种情况下可以说明存在Fe=O Π键和平面大Π键的相 ...

每次提问时把问题准确描述清楚,认真看下文,谁确切知道你画的是什么函数的等值面
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html


简单的波函数分析问题发到1L说的Multiwfn的专门答疑专贴里
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