计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

43

eV
积分
50

Level 2 能力者

4216#
发表于 Post on 2025-2-23 15:04:44 | 只看该作者 Only view this author

输入文件混合雁势基组 轻原子6-31G*, 重原子SDD 色散校正(GD3BJ)报错

求助几何优化的时候时,轻原子C H P 使用方法:B31YP,基组:6-31G*,重原子Cu Pd I 使用方法:SDD,基组:SDD。同时使用了THF作为溶剂模型,想结合色散校正(GD3BJ),结果一直报错,显示: A syntax error was detected in the input line.


输入文件:
%chk=component13_0220.chk
%mem=80gb
%nprocshared=40
# opt B31YP/genecp  em=GD3BJ IOp(3/174=1000000,3/175=2238200,3/177=452900,3/178=4655000) scrf=(SMD,solvent=THF)
[空行]
component13
[空行]
0 1
I                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
Pd                 0.00000000    0.00000000    2.68342886
P                  2.42795877    0.00000000    2.56833000
P                  0.09449122    1.40923233    4.54782581
...
H                 -4.24062390   -2.91133003    7.66093529
H                 -4.29592568   -1.52117679    9.71519820
[空行]
C H P 0
6-31G*
****
Cu Pd I 0
SDD
****
[空行]
Cu Pd I 0
SDD

报错信息:

# opt B31YP/genecp em=GD3BJ IOp(3/174=1000000,3/175=2238200,3/177=4529
00,3/178=4655000) scrf=(SMD,solvent=THF)
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt B31YP/genecp em=GD3BJ IOp(3/174=10
       '
Last state= "GCL"
TCursr=      3918 LCursr=         6
Error termination via Lnk1e in C:\G16W\l1.exe at Sun Feb 23 14:39:25 2025.


这样的问题在我使用TPSSh-D3/def2svP就不会出现报错,但是算的时间实在是太久了就换成了上面那个方法及基组进行计算。TPSSh-D3/def2svp的文件如下:

%chk=component13_0220.chk
%mem=10gb
%nprocshared=20
# TPSSh/def2SVP opt em=GD3BJ IOp(3/174=1000000,3/175=2238200,3/177=452900,3/178=4655000) scrf=(SMD,solvent=THF)
[空行]
component13vertical_minim

[空行]
0 1
I                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
Pd                 0.00000000    0.00000000    2.68342886
P                  2.42795877    0.00000000    2.56833000
P                  0.09449122    1.40923233    4.54782581
C                  3.05079320    0.35153652    0.89071578
C                 -1.37877718    1.17908192    5.63428614
C                  2.25045221    1.15554793    0.05396529
H                  1.31552902    1.56539363    0.41470656
C                  4.26307672   -0.18314947    0.38993023
H                  4.87713891   -0.81343412    1.03339050
C                 -0.09619220    3.20110106    4.02026619
C                  3.15005618    1.34430625    3.60705104
C                  3.13879762   -1.65068388    3.00370588
C                  2.12594170    2.15162243    6.29982898

...

41

帖子

0

威望

1352

eV
积分
1393

Level 4 (黑子)

4217#
发表于 Post on 2025-2-23 15:15:53 | 只看该作者 Only view this author
B31YP是什么泛函。。自己先好好检查检查再提问啊

7

帖子

0

威望

43

eV
积分
50

Level 2 能力者

4218#
发表于 Post on 2025-2-23 15:23:27 | 只看该作者 Only view this author
玉米猫 发表于 2025-2-23 15:15
B31YP是什么泛函。。自己先好好检查检查再提问啊

改成B3LYP就可以了,感谢纠正低级错误!

72

帖子

0

威望

633

eV
积分
705

Level 4 (黑子)

4219#
发表于 Post on 2025-2-24 00:18:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Solitude198 于 2025-2-24 16:22 编辑

在以下这篇文章的体系中,唯有TS1是开壳单重态(已确认stable,并比较了几种自旋多重态下的能量),中间体与后续过渡态都是闭壳单重态,请问我应该如何理解和解释这种情况,是由于“共价键被拉长的均裂状态"吗?  或是其他情况?   fch文件超大小了……



6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

4220#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-24 00:52:11 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-2-24 00:18
在以下这篇文章的体系中,唯有TS1是开壳单重态(已确认stable,并比较了几种自旋多重态下的能量),中间体 ...

首先想到看自旋密度图试图判断情况

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
Solitude198 + 5 受教,sob老师再看看?

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

72

帖子

0

威望

633

eV
积分
705

Level 4 (黑子)

4221#
发表于 Post on 2025-2-24 16:19:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-24 00:52
首先想到看自旋密度图试图判断情况

感谢sob老师
附上gaussview里的轨道图,能看到α β能量是不匹配的

利用
自旋密度图,能看到主要是在Cu、与之相连的AQ上的两个N处有β电子主导,在侧链的两个C上有α电子主导,可能是氢转移的过程也造成了Cu的价态变化?

3

帖子

0

威望

87

eV
积分
90

Level 2 能力者

4222#
发表于 Post on 2025-2-25 10:41:44 | 只看该作者 Only view this author
molpro新手,我有一个基组大小写方面的疑问,比如我写入aug-cc-pVtz和aug-cc-pvtz这种,我忘记在哪看到过大写V包含虚拟轨道极化函数,小写v没有。这大小写在molpro中代表一个基组吗,我检查输出文件里面都是大写的。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

4223#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-25 12:03:06 | 只看该作者 Only view this author
sxg 发表于 2025-2-25 10:41
molpro新手,我有一个基组大小写方面的疑问,比如我写入aug-cc-pVtz和aug-cc-pvtz这种,我忘记在哪看到过大 ...

我很久不用molpro了,但应该不会有这种差别,实际找个体系测试便能确认
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

4224#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-25 12:04:17 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-2-24 16:19
感谢sob老师
附上gaussview里的轨道图,能看到α β能量是不匹配的

某个键如果远超平衡键长,可能导致出现自旋极化单重态

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
Solitude198 + 5 ok,已经看了相关文章

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

581

帖子

0

威望

1680

eV
积分
2261

Level 5 (御坂)

4225#
发表于 Post on 2025-2-25 18:28:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-18 17:24
只能数一下有多少个手性中心,多少根手性轴

谢谢老师

160

帖子

0

威望

606

eV
积分
766

Level 4 (黑子)

4226#
发表于 Post on 2025-2-28 17:48:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,想问一下,那个shermo引用的页码是什么,用endnotes插完后没有显示从第几页到第几页,看了一眼原文也没有看见

432

帖子

0

威望

1273

eV
积分
1705

Level 5 (御坂)

迷茫的本科生一枚

4227#
发表于 Post on 2025-3-1 04:32:43 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师,我正在用ORCA的CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12 with RI级别做含Ru,C,N,Cl,O,H的体系的高精度能量计算,但是该基组对Ru没有定义,所以决定用混合基组处理Ru,想询问一下ORCA是否有跟该基组相同级别的支持Ru的基组呢?
放下

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

4228#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-1 06:00:14 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2025-2-28 17:48
老师,想问一下,那个shermo引用的页码是什么,用endnotes插完后没有显示从第几页到第几页,看了一眼原文也 ...

如今很多期刊的文章只有编号,没有页码范围一说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

4229#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-1 06:01:54 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-3-1 04:32
请教一下各位老师,我正在用ORCA的CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12 with RI级别做含Ru,C,N,Cl,O,H的体系的高 ...

专门没有合适的。此时不建议用F12
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

432

帖子

0

威望

1273

eV
积分
1705

Level 5 (御坂)

迷茫的本科生一枚

4230#
发表于 Post on 2025-3-1 08:53:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-1 06:01
专门没有合适的。此时不建议用F12

谢谢老师的回复,我又试了下CCSD(T)/cc-pVTZ,但是发现也不支持Ru,请问老师ORCA是否有精度相仿的后HF级别能拿来计算含Ru体系呢?
放下

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 20:09 , Processed in 0.437092 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list