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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-1 17:53:09 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-3-1 08:53
谢谢老师的回复,我又试了下CCSD(T)/cc-pVTZ,但是发现也不支持Ru,请问老师ORCA是否有精度相仿的后HF级 ...

cc-pVTZ-PP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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迷茫的本科生一枚

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发表于 Post on 2025-3-2 06:39:43 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师哈
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发表于 Post on 2025-3-2 15:56:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiaobai1 于 2025-3-2 16:47 编辑

Sob老师您好,请问对于这类可能存在3种反应路径的反应去,我用TS的方法搜索过渡态,出现了3个虚频,我看振动方向,有1个是合理的,两个看不出来,这种多路径的反应 是不是用QST2的方法更为合适一些?

能垒.png (22.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

能垒.png

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虚频.png

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发表于 Post on 2025-3-3 12:30:49 | 只看该作者 Only view this author
阴阳离子与有机溶剂间结合能计算过程中基组选取问题
Sob老师您好,我学习了您的几篇关于DFT计算中基组选取、弥散函数使用及BSSE校正的博文,但对我所研究的体系进行实际操作时仍有一些疑问,希望能得到您的解答
目标:使用ORCA软件,就Li+、BF4等多原子阴离子与EC等非质子极性有机溶剂之间的气态结合能进行计算,在真空环境下将单个离子与单个溶剂分子配对,简单定性比较相互作用强度,大致分析相互作用的构型与位点。
计划:在B3LYP D3/def2-TZVP级别下分别对A、B单体进行几何优化,将优化后的构型组成A+B复合体,再次进行几何优化;
在PWPB95 D4/def2-QZVPP级别下对A、B单体及A+B组合体进行单点能计算。
具体问题:
1. 关于弥散函数:
(1)在计算阴离子能量时原则上应当使用弥散函数,但在计算阴离子+溶剂复合体(低级别下几何优化或高级别下计算单点能)时是否需要使用弥散函数?
(2)使用弥散函数计算阴离子/复合体得到的单点能和未使用弥散函数计算中性单体溶剂所得单点能使用的基组严格来讲并不统一,那么这些数据是否具有可比性,能否同时用在公式中做差进行结合能计算?
2. BSSE:在我的这个体系中,计算单点能所使用的def2-QZVPP基组级别是否足够高,可以不使用counterpoise方式校正BSSE直接进行计算?
因为我在不使用校正时得到的Li+和单个EC之间的结合能已经达到-136.2kcal/mol,我理解这个时候的情况是否更贴近您在另外一篇博文中所提到的,计算化学键作用时不应使用counterpoise方式校正的情况(http://sobereva.com/381)

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发表于 Post on 2025-3-3 13:31:56 | 只看该作者 Only view this author
dstwyj 发表于 2025-3-3 12:30
阴阳离子与有机溶剂间结合能计算过程中基组选取问题
Sob老师您好,我学习了您的几篇关于DFT计算中基组选取 ...

关于弥散函数,参考参考sob老师这个回复
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 37&page=1#pid160241

另外如果你需要横向对比,基组不能变。

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发表于 Post on 2025-3-3 15:00:26 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2025-3-3 13:31
关于弥散函数,参考参考sob老师这个回复
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 37&page=1#pid160241

...

好的,谢谢回答,我用带弥散函数的基组再算一下中性溶剂分子比较一下结果

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发表于 Post on 2025-3-3 17:16:40 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想请问一下我在利用Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64计算一个自由基化合物的ELF-pi我需要将所得的FCHK文件进行轨道双正交化后再用biortho.fch文件查看分子的轨道,再对biortho.fch文件进行ELF-pi计算嘛?还是对原始计算文件的fchk里面的α轨道的pi和β轨道的pi分别进行计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-4 17:00:42 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2025-3-3 17:16
老师您好,我想请问一下我在利用Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64计算一个自由基化合物的ELF-pi我需要将所得的FC ...

发到1L提到的Multiwfn答疑专贴里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-4 17:01:30 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2025-3-2 15:56
Sob老师您好,请问对于这类可能存在3种反应路径的反应去,我用TS的方法搜索过渡态,出现了3个虚频,我看振 ...

用opt=TS没有任何问题,给出合理的过渡态初猜就完了
有多余的虚频消了即可
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发表于 Post on 2025-3-6 09:44:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Roonry 于 2025-3-6 09:46 编辑

各位老师好,想问一下gaussview可以显示这样的结构吗 这个好像是VESTA画的 但是我想能不能用gaussview画一下

202503060944457786..png (100.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202503060944457786..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-6 23:37:53 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2025-3-6 09:44
各位老师好,想问一下gaussview可以显示这样的结构吗 这个好像是VESTA画的 但是我想能不能用gaussview画一 ...

不能
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发表于 Post on 2025-3-7 08:49:24 | 只看该作者 Only view this author

好吧 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-3-7 17:09:59 | 只看该作者 Only view this author
各位老师大家好,我在学习使用Sob老师的Molclus团簇搜索程序过程中,对Sob老师的例题,四个水分子团簇构型搜索进行了复现,成功得到了排序后的cluster.xyz文件,之后我想用老师的xyz2QC程序将其转化为Gaussian的输入文件,我看Sob老师说,该程序支持将多帧的.xyz文件转化为多个.xyz,这样就可以避免部分分子不收敛导致的计算终止问题,请问应该如何编写模板文件才能实现这个操作?谢谢各位老师的指点。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-8 03:47:19 | 只看该作者 Only view this author
ReeseLee 发表于 2025-3-7 17:09
各位老师大家好,我在学习使用Sob老师的Molclus团簇搜索程序过程中,对Sob老师的例题,四个水分子团簇构型 ...

根本没必要用xyz2QC
本来molclus调用Gaussian计算过程中,某个结构不收敛并不会影响其它结构的计算
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发表于 Post on 2025-3-8 08:41:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2877321934 于 2025-3-8 08:47 编辑

请问老师,我在使用Gaussian优化某80个原子的金属催化体系,使用def2svp em=gd3bj pbe1pbe关键词优化,该过程涉及OH-,OOH-,因此算能量需要加弥散函数。我先前尝试仅把吸附的原子使用ma-SVP加上弥散函数,发现计算量增大挺显著的,甚至快赶上整个体系用def-TZVP优化的计算量了,能把基组提升一个档次肯定更好,所以我想问一下,如果整个体系的优化用上def-TZVP这样的3-zeta基组,此时能否不给阴离子部分加弥散函数优化呢?
放下

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