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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-4-9 19:23:47 | 只看该作者 Only view this author
tonganlhy 发表于 2025-4-9 18:27
指明赝势的时候前面要空一行。

嗷嗷,我说呢 ,谢谢啦

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发表于 Post on 2025-4-10 09:43:41 | 只看该作者 Only view this author

L502新手求助

大佬们,帮我看看是啥问题,找了很多办法都不行

S-H.log

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S-H.gjf

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发表于 Post on 2025-4-10 09:51:44 | 只看该作者 Only view this author
老师 关于构象搜索的物理意义和实际应用的问题:
我清楚构象搜索是在找一个或者一批具有代表性的构象,global minima
但比如我实际跑动力学的时候,会跑出大量偏离他们的构象,如果我用pca做free energy landscpae,得到的数个谷底原则上就应该对应各个构象
我的问题是,搜出来的构象很难全面代表柔性分子在溶液中的行为,那么他们除了用于加权算一些溶液中物质的性质,比如RESP,CD之外
纯粹的结构有什么对这个物质的本质的认识的指导意义吗? 除了作为global minima

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 10:17:19 | 只看该作者 Only view this author
yyybbbxxx 发表于 2025-4-10 09:43
大佬们,帮我看看是啥问题,找了很多办法都不行

认真看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

并且结构莫名其妙,Ni的配位不饱和,C9在那悬着不符合常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 10:20:53 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-4-10 09:51
老师 关于构象搜索的物理意义和实际应用的问题:
我清楚构象搜索是在找一个或者一批具有代表性的构象,glo ...

构象搜索得到的自由能最低的构象正是(无限长时间)动力学过程中出现概率最大的平均结构(对应于自由能面最低处的结构)。当然前提是溶剂效应考虑理想、计算方式足够理想。
构象搜索和跑动力学本来的侧重点就不一样。后者除了对势能面采样/探索势能面外,还对结构、性质的含时变化感兴趣,这不是前者关注的。
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发表于 Post on 2025-4-10 10:50:27 | 只看该作者 Only view this author
要的,我再看看

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发表于 Post on 2025-4-11 08:55:10 | 只看该作者 Only view this author

已经输出文件最后空三行 为什么还有301报错?

本帖最后由 哈哈哈哈哈aaa 于 2025-4-11 10:04 编辑

参考常见报错那篇帖子,已经在输入文件的最后多加了三行,怎么再一次运行,还是显示这个报错呢?

无标题.gif (82.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

无标题.gif

ningmengsuan-Zr.gjf

3.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

ningmengsuan-Zr .out

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发表于 Post on 2025-4-11 09:00:09 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想问一下ORCA 6.0-manual中6.18.4. Intersystem Crossing Rates (unpublished)的unpublished是目前还不能用还是说可以用但是没发布?

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发表于 Post on 2025-4-11 10:02:51 | 只看该作者 Only view this author
Pascal2023 发表于 2025-4-11 09:00
各位老师好,我想问一下ORCA 6.0-manual中6.18.4. Intersystem Crossing Rates (unpublished)的unpublished ...

能用,我们写了一篇介绍理论以及benchmark的文章,但还没发表。这里unpublished仅指这篇文章,不是指代码或程序
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-4-11 10:05:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-4-11 10:02
能用,我们写了一篇介绍理论以及benchmark的文章,但还没发表。这里unpublished仅指这篇文章,不是指代码 ...

好的,谢谢您的回复!

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发表于 Post on 2025-4-11 10:49:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-4-11 10:50 编辑

(1)上传的输入、输出文件应严格对应,必须是在一次计算中使用和产生的,且没有经过手动修改。您当前上传的gjf与out文件不严格对应。例如您是提交计算任务到Linux服务器上,out文件显示%chk=ningmengsuan-Zr.chk,而您的gjf文件却显示%chk=C:\Users\shaji\Desktop\ningmengsuan-Zr.chk。同理,我们无法判断您在Winddows本地的gjf文件,与上传到Linux服务器上的有何其他区别,因此无法分析报错的原因。如果您使用了某种脚本处理了gjf文件,也应当说明之。

(2)说报错时不应当说Lxxx报错,这几乎没有什么用。强烈建议阅读
Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2025-4-13 16:12:48 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,Gaussian程序由于停电中止的话,重新开机之后应该如何续上呢,打开log文件保存最后一帧为gjf再算吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-14 01:39:39 | 只看该作者 Only view this author
Fencros7y 发表于 2025-4-13 16:12
请问各位老师,Gaussian程序由于停电中止的话,重新开机之后应该如何续上呢,打开log文件保存最后一帧为gjf ...

说清楚之前计算的具体关键词
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发表于 Post on 2025-4-14 22:31:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-14 01:39
说清楚之前计算的具体关键词

抱歉sob老师,没有说清楚,关键词是 # opt freq b3lyp/6-31g(d,p)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-15 04:16:55 | 只看该作者 Only view this author
Fencros7y 发表于 2025-4-14 22:31
抱歉sob老师,没有说清楚,关键词是 # opt freq b3lyp/6-31g(d,p)

参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)的幻灯片:

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