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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-3-20 19:39:46 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2025-3-20 10:07
各位老师好,TM=CH(Ph)与苯酚反应,计算的苯酚氧进攻卡宾碳过渡态能量更低而苯酚的碳进攻卡宾碳能量更高, ...

可以考虑从软硬酸碱理论、结构重组能等角度解释
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2025-3-20 23:04:40 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我想要按照这篇JCC文章中(http://sobereva.com/513)的方法,用带电氢键复合物体系的BCP处的电子密度带入公式估算氢键键能。现在想要使用Sob老师的Molclus筛选硫辛酸钠(有机酸钠盐)和水分子的氢键二聚体的构型再用Multiwfn计算,阅读了Molclus文章中生成初始结构的方法(gentor、genmer、gromacs等),不清楚哪一种方法能适用于有机酸盐这一带电体系,恳请各位老师指明。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-21 06:04:21 | 只看该作者 Only view this author
Eianghuan 发表于 2025-3-20 23:04
请问各位老师,我想要按照这篇JCC文章中(http://sobereva.com/513)的方法,用带电氢键复合物体系的BCP处 ...

跟带不带电完全没关系,取决于体系结构、柔性特征。当前用genmer没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-3-21 08:22:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-21 06:04
跟带不带电完全没关系,取决于体系结构、柔性特征。当前用genmer没问题

谢谢Sob老师的解答,请问我使用genmer产生团簇结构时,需要提供的分子的xyz结构文件,那对于有机酸盐这种局部显著带电的体系,有必要先对酸根结构加弥散函数算单点之后再转化成xyz格式提供给genmer吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-21 08:29:17 | 只看该作者 Only view this author
Eianghuan 发表于 2025-3-21 08:22
谢谢Sob老师的解答,请问我使用genmer产生团簇结构时,需要提供的分子的xyz结构文件,那对于有机酸盐这种 ...

算单点有什么意义
xyz文件只含结构信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-21 08:38:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-21 08:29
算单点有什么意义
xyz文件只含结构信息

好的我明白了,谢谢Sob老师,红豆泥阿里嘎多

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发表于 Post on 2025-3-24 12:33:20 | 只看该作者 Only view this author
请问老师们,图中优化和单点能计算含Ni配合物的计算方法,换成:m06-d3/def2tzvp/SMD//tpss-d3bj/def2svp/SMD会不会更合理一些?我主要是想计算Ni(acac)(L)这样的体系。

202503241228329642..png (272.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2025-3-24 16:23:04 | 只看该作者 Only view this author
X射线衍射测得的电子密度出发解析原子位置常用独立原子模型(IAM),感觉和Multiwfn有些分析涉及的从原子坐标出发构建准分子密度(promolecular density)的过程很像一对互逆的操作。后者需要球对称化的原子孤立状态下的电子密度,那前者也如此么?对晶体学无序的情况,IAM是如何给出某坐标处原子分数占据的呢?

这个问题是看了http://sobereva.com/569产生的,但看目录那篇博文没有对应的论坛讨论帖,不单开一帖问的话似乎也就这里合适了。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-3-24 18:13:15 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-24 16:23
X射线衍射测得的电子密度出发解析原子位置常用独立原子模型(IAM),感觉和Multiwfn有些分析涉及的从原子坐 ...

前者传统的做法是用球对称的原子的电子密度,但近年也有考虑了电子密度变形的方法,比如NoSpherA
分数占据应该是通过数电子发现的,例如一个地方用碳的电子密度的形状来拟合,结果很好,但需要把碳的密度除以2才行,那就说明有50%分数占据的一个碳原子

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Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-25 00:06:21 | 只看该作者 Only view this author
Roderick07 发表于 2025-3-24 12:33
请问老师们,图中优化和单点能计算含Ni配合物的计算方法,换成:m06-d3/def2tzvp/SMD//tpss-d3bj/def2svp/S ...

M06-D3比B3LYP-D3算这个大概率更强,但依然不是什么上佳选择。参考下文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

对于Gaussian用户,推荐PBE0-D3(BJ)/def2tzvp/SMD//PBE0-D3(BJ)/Ni(SDD)&6-311G*(配体)/IEFPCM
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发表于 Post on 2025-3-25 09:17:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-25 00:06
M06-D3比B3LYP-D3算这个大概率更强,但依然不是什么上佳选择。参考下文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选 ...

谢谢sob老师的解答

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发表于 Post on 2025-3-26 10:16:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-3-20 19:39
可以考虑从软硬酸碱理论、结构重组能等角度解释

谢谢老师

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发表于 Post on 2025-3-27 10:04:05 | 只看该作者 Only view this author
想请教一下各位老师,一般什么情况下需要计算和考虑溶解自由能。我做的课题一般是有机反应机理计算,计算反应势能面的时候也会考虑溶剂化效应。一般计算的流程是用较低的级别在隐式溶剂模型下做构型优化,然后再用较高的级别在隐式溶剂模型下做单点计算,用单点计算的能量加上构型优化中热力学校正值作为相应结构的吉布斯自由能,在势能面上进行讨论。
最近读了Sob老师的隐式溶剂模型计算博文,发现如果要考虑溶剂环境下溶质自由能实际上是需要计算溶解自由能的。这种情况下想要计算一个结构的自由能流程就变为用较低的级别在隐式溶剂模型下做构型优化,然后再用较高的级别在气相下做单点计算,再用M052X/6-31G*级别分别在气相和溶剂模型下做单点计算,最后用这四个计算得到的值来算一个结构的自由能。
想问下各位老师的看法,在一般计算有机反应势能面的时候是否确实需要考虑溶解自由能,因为一般前一种直接用隐式溶剂模型下的高级别单点能加上较低级别的热力学校正值作为相应结构的吉布斯自由能的做法使用的也很广泛。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 12:18:34 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2025-3-27 10:04
想请教一下各位老师,一般什么情况下需要计算和考虑溶解自由能。我做的课题一般是有机反应机理计算,计算反 ...

你的那种做法没有错误。只不过如果你想把溶剂环境下的自由能中的溶解自由能那部分算得更准点,单独在M05-2X/6-31G*下结合SMD算溶解自由能部分,原理上精度会更好一些,但这在实际中由于误差抵消等各种因素,其实额外好处倒也不那么明显。所以下文算溶剂中的自由能的过程中也没有单独做这一步
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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发表于 Post on 2025-3-27 14:59:32 | 只看该作者 Only view this author

在ubuntu系统运行高斯计算H2O分子结构优化,显示错误

求助大神,在ubuntu系统运行高斯计算H2O分子结构优化,显示错误,请问是什么问题呀

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