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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-3-27 15:05:11 | 只看该作者 Only view this author
(1)应当展示h2o.log文件里的报错信息。(2)gjf文件里,坐标底下要放1行空行。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2025-3-27 15:13:30 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢 log文件如下 麻烦您帮忙找找问题所在

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发表于 Post on 2025-3-27 15:20:06 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2025-3-27 15:05
(1)应当展示h2o.log文件里的报错信息。(2)gjf文件里,坐标底下要放1行空行。

谢谢 大神 我加了一行 就没报错了 感谢

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发表于 Post on 2025-3-27 15:29:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jameslzy 于 2025-3-27 15:32 编辑
sobereva 发表于 2025-3-27 12:18
你的那种做法没有错误。只不过如果你想把溶剂环境下的自由能中的溶解自由能那部分算得更准点,单独在M05- ...

好的收到,感谢Sob老师解答。那在此基础上我还有一个问题,就是现在想通过G=nFE这个公式算一下电解液中溶剂分子的还原电势,这个时候计算自由能G是否也是两种方法都可以用,单独计算溶解自由能不是特别有必要?感谢Sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 20:06:49 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2025-3-27 15:29
好的收到,感谢Sob老师解答。那在此基础上我还有一个问题,就是现在想通过G=nFE这个公式算一下电解液中溶 ...


但是单独计算有个额外好处是可以用其它溶剂模型,比如下文说的,对于带电体系比SMD更好,而且有时候可能需要用显式溶剂模型算溶解自由能部分
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-3-28 11:50:54 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算紫外报错Route card not found

刚开始运行就报错,报错内容为:
%chk=3PYSeV-uv.chk
%nprocshared=56
Will use up to   56 processors via shared memory.
%mem=40GB
Route card not found.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09/l1.exe at Thu Mar 27 23:55:37 2025.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  2.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      0 Int=      0 D2E=      0 Chk=      0 Scr=      0
null


求各位大佬指点迷津。

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发表于 Post on 2025-3-28 12:05:53 | 只看该作者 Only view this author
Route card not found.

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... card%2Bnot%2Bfound.

把输入文件和运行环境也说下好确定错误

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-28 12:09:51 | 只看该作者 Only view this author
610372498 发表于 2025-3-28 11:50
刚开始运行就报错,报错内容为:
%chk=3PYSeV-uv.chk
%nprocshared=56

输入文件格式不对,诸如写了多余的空行之类
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-28 22:49:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-27 20:06

但是单独计算有个额外好处是可以用其它溶剂模型,比如下文说的,对于带电体系比SMD更好,而且有时候 ...

好的收到,感谢Sob老师解答

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发表于 Post on 2025-3-29 21:36:35 | 只看该作者 Only view this author
老师,想向您请教下,用高斯做Distortion-interaction analysis,分解反应式垒有什么适用范围么?还是都适用呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-29 23:09:49 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-3-29 21:36
老师,想向您请教下,用高斯做Distortion-interaction analysis,分解反应式垒有什么适用范围么?还是都适 ...

只要能有意义地划分成两个片段的情况,原理上都适用
Gaussian自己不直接支持这种分析,需要手动或者结合辅助程序做
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-30 15:02:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-29 23:09
只要能有意义地划分成两个片段的情况,原理上都适用
Gaussian自己不直接支持这种分析,需要手动或者结合 ...

老师 我手动用高斯做了Distortion-interaction analysis,将TS分成了反应物和催化剂两部分,计算的∆E值为7.8 kcal/mol,实际的能垒为24.6kcal/mol,这样的结果能说明我的TS不适合这个分析方式么。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-30 15:34:32 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-3-30 15:02
老师 我手动用高斯做了Distortion-interaction analysis,将TS分成了反应物和催化剂两部分,计算的∆ ...

TS处的片段的结构和独立的反应物下的结构完全不同,相差变形能,你的两个数据没有可比性
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发表于 Post on 2025-3-30 15:55:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2025-3-30 20:32 编辑
sobereva 发表于 2025-3-30 15:34
TS处的片段的结构和独立的反应物下的结构完全不同,相差变形能,你的两个数据没有可比性

老师 这个是我计算的相关结构,我感觉TS处片段的结构和独立的反应物下的结构有点类似,能麻烦您帮我看下么

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-30 19:38:48 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-3-30 15:55
老师 这个是我计算的相关结构,我感觉TS处片段的结构和独立的反应物下的结构有点类似,能麻烦您帮我看下 ...

最近太忙没法仔细看文件,应当根据基本逻辑去分析

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吴双 + 5 好哒 谢谢老师,麻烦您啦

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