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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-3-19 08:57:10 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-16 17:45
以下说法是否正确?

1.已知Gaussian有opt、opt(ts)、opt(saddle=N)的关键词可以分别指定优化目标为势能 ...

2. 这种情况下TS'往往是二阶鞍点,此时一个良好的过渡态收敛算法应该能自动远离TS',但不是所有常见程序都能做到这一点。假如TS'真的是一阶鞍点,那估计一般程序做不到收敛到TS,因为(1)一般过渡态算法都是收敛到局部最优的过渡态,不是全局优化算法;(2)程序不知道你是不是本来就想收敛TS',因为用户可能已经把TS找到了,想再找到TS',用来画在reaction profile上和TS做个对比,所以程序不能自作主张认为用户一定是想要TS而非TS'。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 10:03:07 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-3-19 07:25
请问老师,我在用VMD分析AIMD模拟中两对原子距离的变化,我跑了30条轨线,我根据http://sobereva.com/576博 ...

自己写脚本
没有必然性用Python,用VMD tcl脚本更容易
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-19 16:06:51 | 只看该作者 Only view this author

ECD和NMR计算

有机小分子的一个N原子带一个正电荷,一个O原子带一个负电荷,总净电荷为0,这种分子的多重度是多少?和一般有机分子的ECD计算,NMR计算相比,有什么区别?

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发表于 Post on 2025-3-19 16:09:47 | 只看该作者 Only view this author
(1)是 自旋多重度,不是 多重度。
(2)根据您的描述无法确定体系的基态自旋多重度,要有三维结构才可以,至少也需要二维的键线式。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 16:31:14 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2025-3-19 16:06
有机小分子的一个N原子带一个正电荷,一个O原子带一个负电荷,总净电荷为0,这种分子的多重度是多少?和一 ...

电子数为偶数的有机小分子自旋多重度一般都为1。想得到更准确信息自觉给出来结构

实际当中不可能一个正电荷和一个负电荷正好分别在分子的两个原子上,甭被单一Lewis式误导

没有区别
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发表于 Post on 2025-3-19 17:57:45 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师和zjxitcc的解答,是这样的一个结构:

202503191756591841..png (2.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202503191756591841..png

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发表于 Post on 2025-3-19 18:39:27 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2025-3-19 17:57
谢谢sob老师和zjxitcc的解答,是这样的一个结构:

自己数电子,靠单电子数(注意不是电子数)判断。
有机体系但凡出现单电子,按惯例必然以自由基的形式把单电子画出来(也就是画一个点)。你的结构里没有自由基,因此没有单电子,因此自旋多重度必然是1
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-3-20 05:20:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 10:03
自己写脚本
没有必然性用Python,用VMD tcl脚本更容易

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2025-3-20 09:29:47 | 只看该作者 Only view this author

电离能的计算

想请教一下如何用gaussian计算电离能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 10:05:24 | 只看该作者 Only view this author
Carlo 发表于 2025-3-20 09:29
想请教一下如何用gaussian计算电离能?

过于初级、常见的问题先用论坛首页全文搜索框搜索,花五分钟找不到答案再问。置顶的社员必读贴明确说了。并且注意看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
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发表于 Post on 2025-3-20 10:07:51 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,TM=CH(Ph)与苯酚反应,计算的苯酚氧进攻卡宾碳过渡态能量更低而苯酚的碳进攻卡宾碳能量更高,我想从LMO进行解释,苯酚进行LMO而卡宾直接用正则MO,发现苯酚氧孤对电子的LMO能量与卡宾LUMO的能量非常接近,符合能量相近原则,但是如果我对苯酚和卡宾都进行LMO,发现碳的LMO能量与卡宾LMO能量很近,与计算结果不一致,不知道问题出在哪里了?

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发表于 Post on 2025-3-20 15:32:17 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请教一下各位老师,图中计算不同的分子构型状态下的极化强度,是怎么算的呀?
不同的分子结构是通过改变材料的角度吗?这个角度是不是要固定住呢?

1742454408055.jpg (373.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

1742454408055.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 16:20:23 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2025-3-20 15:32
老师们好,请教一下各位老师,图中计算不同的分子构型状态下的极化强度,是怎么算的呀?
不同的分子结构是 ...

此问题请发到第一性原理版块
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发表于 Post on 2025-3-20 19:06:13 | 只看该作者 Only view this author

求助:计算过渡金属MOF的激发态能量为负的,如何修改?

求助:计算的激发态能量为负的,如何修改?各位老师,计算资源不是很多,由于有过渡金属,我该用什么方法比较好?谢谢。

TDVE-631Gd.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 19:13:12 | 只看该作者 Only view this author
yyww123 发表于 2025-3-20 19:06
求助:计算的激发态能量为负的,如何修改?各位老师,计算资源不是很多,由于有过渡金属,我该用什么方法比 ...

老生常谈的问题
论坛首页全文搜索框搜“激发能 负值”,回答过无数回
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