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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-1-19 20:19:03 | 只看该作者 Only view this author
老师们,想问一下,我用LMO-EDA方法算的,这是输入文件和输出文件,值很大,没有收敛。有一个老师说GKS-EDA这个方法好。但我们学校的系统里没有这个方法。还有什么方法可以用一下。打扰一下各位老师了

MoF4O-C2H2-15.inp.bak

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MoF4O-C2H2-15.out

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发表于 Post on 2023-1-21 13:17:17 | 只看该作者 Only view this author

各位老师,文献中这种催化剂,Ir的价态是怎么判断的呢?是不是闭壳层的呢,自旋多重度是多少呢?感谢各位老师

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发表于 Post on 2023-1-21 16:30:15 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-1-21 06:17
各位老师,文献中这种催化剂,Ir的价态是怎么判断的呢?是不是闭壳层的呢,自旋多重度是多少呢?感谢各位 ...

任何一本金属有机化学教材都会讲。建议自己去看教材,如果靠我们给你讲的话,虽然可以让你会判断这个体系,但是换个配体、换个金属、换个价态你又不会了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-1-21 17:53:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-1-21 16:30
任何一本金属有机化学教材都会讲。建议自己去看教材,如果靠我们给你讲的话,虽然可以让你会判断这个体系 ...

老师,我好像懂了。左边的化合物来自于[Ir(COD)Cl]2, 然后得到了是个离子化合物。就是一个配体的解离和配位。金属的价态没有改变,还是+1价。是我读文献不认真了,直接看的计算部分,误认为金属是0价。打扰老师了,抱歉抱歉

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发表于 Post on 2023-1-22 17:13:32 | 只看该作者 Only view this author

请问出现这样的情况怎么办?

用Gaussian 09 计算羰基CO的单点能,用实验室远程服务器可以算出来,但是用Gaussian 09 拖进去就出现如图所示的界面,谢谢解答,最后的输出文件也放上来了,因为还不太会看哪里有问题。

5ee4964b7f9ff2a4ffd986f152695fa.png (301.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

这是刚刚拖进去不一会就显示的2070错误

这是刚刚拖进去不一会就显示的2070错误

7ee0805d8eb3e1ef8abaaefbb6eee98.png (243.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

这是后面一会又出现的错误

这是后面一会又出现的错误

CO.out

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2023-1-22 17:42:45 | 只看该作者 Only view this author
去掉%nproc=6。我记得用本子最多只能算%nproc=4。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-22 18:38:44 | 只看该作者 Only view this author
踏雪寻梅txxm 发表于 2023-1-22 17:13
用Gaussian 09 计算羰基CO的单点能,用实验室远程服务器可以算出来,但是用Gaussian 09 拖进去就出现如图所 ...

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
32bit版Gaussian在运行时对资源限制极大,并行核数最多只能设为4
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-1-23 12:59:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师新年快乐!想问一下,g16手册standard orientation这里提到的largest principal moment of charge对应的主轴是什么意思,和分子对称性的那个主轴是一样的吗

202301231255113277..png (138.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2023-1-24 10:42:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-16 16:33
没必要让Gaussian输出,专门有个明尼苏达溶剂描述符数据库,直接查就完了

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-1-24 10:42:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-1-16 15:36
这些是拟合的,不是算出来的。不存在任何简单的关键词能算出这些参数里的任何一个。
至于怎么拟合的,去 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2023-1-24 11:01:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,哪里可以找到并下载SN2反应的BOMD的轨迹动图呀,我想给学生演示一下,自己不会算BOMD。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-25 08:51:43 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-1-24 11:01
sob老师您好,哪里可以找到并下载SN2反应的BOMD的轨迹动图呀,我想给学生演示一下,自己不会算BOMD。
图片2.rar (294.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
更多的Google搜


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发表于 Post on 2023-1-25 13:37:26 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师,感恩。

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发表于 Post on 2023-1-25 13:58:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,一个催化体系溶剂是个混合溶剂乙腈和水体积比20:1,该如何处理呀?水的HBondAcidity,HBondBasicity,CarbonAromaticity,ElectronegativeHalogenicity明尼苏达数据库没有列出来,该如何定义混合溶剂呀?这种情况我单纯用乙腈算可以吗?

问题2.JPG (15.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

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发表于 Post on 2023-1-25 18:31:50 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-1-25 06:58
sob老师您好,一个催化体系溶剂是个混合溶剂乙腈和水体积比20:1,该如何处理呀?水的HBondAcidity,HBondB ...

水会和溶质直接形成氢键、配位键吗?
如果能的话,需要显式考虑水分子,也就是把水分子当作一个助催化剂,放在溶质旁边合适的位置(必须用构型搜索确定,除非极特殊情况否则不能手动摆);如果不能的话,可以不显式考虑水分子。
在以上基础上,水对于溶剂效应的贡献可以认为是比较小了,换句话说,因为水的浓度才不到5% v/v,可以认为水是溶质而非溶剂了。所以我觉得溶剂模型可以直接用乙腈。
当然有人可能会说,如果把乙腈和水的介电常数(以及所有其他能查到参数值的参数)加权平均一下,会不会比用纯乙腈更可靠一点?这个我就不清楚了,我只能确定用纯乙腈是可以接受的,但未必是最好方法。这一点还请其他人补充,看看有没有benchmark文章系统地研究过混合溶剂的处理方法
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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