简单量子化学问题答疑专帖

小翟w · 发表于 Post on 2023-1-19 20:19:03

老师们，想问一下，我用LMO-EDA方法算的，这是输入文件和输出文件，值很大，没有收敛。有一个老师说GKS-EDA这个方法好。但我们学校的系统里没有这个方法。还有什么方法可以用一下。打扰一下各位老师了

lurensan · 发表于 Post on 2023-1-21 13:17:17

各位老师，文献中这种催化剂，Ir的价态是怎么判断的呢？是不是闭壳层的呢，自旋多重度是多少呢？感谢各位老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-21 16:30:15

lurensan 发表于 2023-1-21 06:17
各位老师，文献中这种催化剂，Ir的价态是怎么判断的呢？是不是闭壳层的呢，自旋多重度是多少呢？感谢各位 ...

任何一本金属有机化学教材都会讲。建议自己去看教材，如果靠我们给你讲的话，虽然可以让你会判断这个体系，但是换个配体、换个金属、换个价态你又不会了

lurensan · 发表于 Post on 2023-1-21 17:53:43

wzkchem5 发表于 2023-1-21 16:30
任何一本金属有机化学教材都会讲。建议自己去看教材，如果靠我们给你讲的话，虽然可以让你会判断这个体系 ...

老师，我好像懂了。左边的化合物来自于[Ir(COD)Cl]2, 然后得到了是个离子化合物。就是一个配体的解离和配位。金属的价态没有改变，还是+1价。是我读文献不认真了，直接看的计算部分，误认为金属是0价。打扰老师了，抱歉抱歉

踏雪寻梅txxm · 发表于 Post on 2023-1-22 17:13:32

用Gaussian 09 计算羰基CO的单点能，用实验室远程服务器可以算出来，但是用Gaussian 09 拖进去就出现如图所示的界面，谢谢解答，最后的输出文件也放上来了，因为还不太会看哪里有问题。

chands · 发表于 Post on 2023-1-22 17:42:45

去掉%nproc=6。我记得用本子最多只能算%nproc=4。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-22 18:38:44

踏雪寻梅txxm 发表于 2023-1-22 17:13
用Gaussian 09 计算羰基CO的单点能，用实验室远程服务器可以算出来，但是用Gaussian 09 拖进去就出现如图所 ...

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

32bit版Gaussian在运行时对资源限制极大，并行核数最多只能设为4

11111111m · 发表于 Post on 2023-1-23 12:59:43

各位老师新年快乐！想问一下，g16手册standard orientation这里提到的largest principal moment of charge对应的主轴是什么意思，和分子对称性的那个主轴是一样的吗

498746012 · 发表于 Post on 2023-1-24 10:42:16

sobereva 发表于 2023-1-16 16:33
没必要让Gaussian输出，专门有个明尼苏达溶剂描述符数据库，直接查就完了

谢谢sob老师

498746012 · 发表于 Post on 2023-1-24 10:42:45

wzkchem5 发表于 2023-1-16 15:36
这些是拟合的，不是算出来的。不存在任何简单的关键词能算出这些参数里的任何一个。
至于怎么拟合的，去 ...

谢谢老师

498746012 · 发表于 Post on 2023-1-24 11:01:50

sob老师您好，哪里可以找到并下载SN2反应的BOMD的轨迹动图呀，我想给学生演示一下，自己不会算BOMD。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-25 08:51:43

498746012 发表于 2023-1-24 11:01
sob老师您好，哪里可以找到并下载SN2反应的BOMD的轨迹动图呀，我想给学生演示一下，自己不会算BOMD。

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498746012 · 发表于 Post on 2023-1-25 13:37:26

sobereva 发表于 2023-1-25 08:51
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谢谢sob老师，感恩。

498746012 · 发表于 Post on 2023-1-25 13:58:48

sob老师您好，一个催化体系溶剂是个混合溶剂乙腈和水体积比20：1，该如何处理呀？水的HBondAcidity，HBondBasicity，CarbonAromaticity，ElectronegativeHalogenicity明尼苏达数据库没有列出来，该如何定义混合溶剂呀？这种情况我单纯用乙腈算可以吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-25 18:31:50

498746012 发表于 2023-1-25 06:58
sob老师您好，一个催化体系溶剂是个混合溶剂乙腈和水体积比20：1，该如何处理呀？水的HBondAcidity，HBondB ...

水会和溶质直接形成氢键、配位键吗？
如果能的话，需要显式考虑水分子，也就是把水分子当作一个助催化剂，放在溶质旁边合适的位置（必须用构型搜索确定，除非极特殊情况否则不能手动摆）；如果不能的话，可以不显式考虑水分子。
在以上基础上，水对于溶剂效应的贡献可以认为是比较小了，换句话说，因为水的浓度才不到5% v/v，可以认为水是溶质而非溶剂了。所以我觉得溶剂模型可以直接用乙腈。
当然有人可能会说，如果把乙腈和水的介电常数（以及所有其他能查到参数值的参数）加权平均一下，会不会比用纯乙腈更可靠一点？这个我就不清楚了，我只能确定用纯乙腈是可以接受的，但未必是最好方法。这一点还请其他人补充，看看有没有benchmark文章系统地研究过混合溶剂的处理方法

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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