简单量子化学问题答疑专帖

498746012 · 发表于 Post on 2023-1-26 19:34:17

本帖最后由 498746012 于 2023-1-26 19:35 编辑

wzkchem5 发表于 2023-1-25 18:31
水会和溶质直接形成氢键、配位键吗？
如果能的话，需要显式考虑水分子，也就是把水分子当作一个助催化剂 ...

会形成氢键。谢谢老师

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-1-28 18:02:37

本帖最后由 mfdsrax2 于 2023-1-28 18:05 编辑

很常规的计算，关键词是
#p opt=(calcfc,ts,recalc=5) b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj

刚一开始没多久计算就停了

#更新#我又重新算了一遍，问题依旧

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-28 20:18:26

mfdsrax2 发表于 2023-1-28 18:02
很常规的计算，关键词是
#p opt=(calcfc,ts,recalc=5) b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj

提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-1-30 11:03:29

请教一下老师，在计算如图所示的双自由基C-C断裂形成乙烯+甲醛的反应时，发现G（T）值过渡态低于反应物，但是高于产物，即G（T）值呈现出反应物＞TS＞产物的顺序，TS经过IRC验证；请问老师这说明什么呢？是无能垒反应还是过渡态不存在呢？谢谢老师

chands · 发表于 Post on 2023-1-30 13:24:15

糖糖糖豆9988 发表于 2023-1-30 11:03
请教一下老师，在计算如图所示的双自由基C-C断裂形成乙烯+甲醛的反应时，发现G（T）值过渡态低于反应物，但 ...

是无势垒反应，因为IRC是基于单点能的，如果TS的单点能只比反应物或产物高一点，可能TS的自由能比反应物或产物低。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-1-30 14:43:13

chands 发表于 2023-1-30 13:24
是无势垒反应，因为IRC是基于单点能的，如果TS的单点能只比反应物或产物高一点，可能TS的自由能比反应物 ...

谢谢老师，确实如您说的，单点能只高0.22 kcal/mol；老师，那么计算k是不是就要用变分过渡态理论了呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-30 16:04:22

糖糖糖豆9988 发表于 2023-1-30 07:43
谢谢老师，确实如您说的，单点能只高0.22 kcal/mol；老师，那么计算k是不是就要用变分过渡态理论了呢？

对，但是可能AIMD要更靠谱一些，因为能垒这么低的话，反应物的构象可能还没来得及平衡就发生后续反应了，所以最好从前一步反应的过渡态开始跑AIMD

kensonpan · 发表于 Post on 2023-1-30 20:42:00

老师您好，我想请教一个问题，其他人Gaussview中的编号在元素前，但默认的是元素在编号前，请问老师知道怎么修改吗，我在view里面没有找到选项。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-30 23:43:53

kensonpan 发表于 2023-1-30 20:42
老师您好，我想请教一个问题，其他人Gaussview中的编号在元素前，但默认的是元素在编号前，请问老师知道怎 ...

改不了

sai77 · 发表于 Post on 2023-1-31 08:48:47

最近在找一个β-H消除的过渡态，其中一个异构体的过渡态成功找到，但是另一个异构体算了俩月也没搞定，请教一下是哪里出了问题？
TS-S是成功的过渡态，TS-R-freq是初猜结构的freq，振动方向符合预期，但是以这个结构即使用(calcall,maxstep=2,loose)也无法找到正确的过渡态，收敛的结构无虚频，感觉像是滑向了产物。
附件是相关的输出文件，请问下是怎么回事？如何解决？非常感谢！

kensonpan · 发表于 Post on 2023-1-31 09:39:14

sobereva 发表于 2023-1-30 23:43
改不了

谢谢sob老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-31 16:11:50

sai77 发表于 2023-1-31 01:48
最近在找一个β-H消除的过渡态，其中一个异构体的过渡态成功找到，但是另一个异构体算了俩月也没搞定，请教 ...

确定这个反应不是无垒反应吗？

sai77 · 发表于 Post on 2023-1-31 16:21:20

wzkchem5 发表于 2023-1-31 16:11
确定这个反应不是无垒反应吗？

确定不是，因为手性就在这一步产生，而且另外一个异构体的过渡态已经找到，这两个过渡态的差别就是生成的双键顺反不一样。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-1-31 17:25:32

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-1 15:33 编辑

请教各位老师，乙烯和甲醛都是在6-311g(d,p) m062x水平优化，之后再使用表格1里所示的两种方法分别计算单点能；计算的G(T)结果表现出两种方法较大的差异，但是乙烯和甲醛都是多参考态不明显的分子，为什么会有这么大的差异呢？麻烦老师们解答，谢谢老师。（补充问题：表格二是整个反应过程的G(T)值，这样是不是也有了相对能量，两种方法计算出的相对能量仍然有3 kcal/mol的差异，同样对于乙烯和甲醛这两个多参考态不明显的分子，为什么会有这么大的差异呢？）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-31 17:49:42

糖糖糖豆9988 发表于 2023-1-31 10:25
请教各位老师，乙烯和甲醛都是在6-311g(d,p) m062x水平优化，之后再使用表格里所示的两种方法分别计算单点 ...

不能拿相对能量的精度标准去要求绝对能量。相对能量误差6kcal/mol很大，但绝对能量误差6kcal/mol是很小的。

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

高斯计算突然被L9999停止