简单量子化学问题答疑专帖

Roonry · 发表于 Post on 2023-2-1 09:05:16

各位老师好，我想问一个关于异裂的问题
纤维素热解异裂分解成两部分a和b，a和b的自旋和电荷分别设置为-1 1 1 1
然后进行opt+freq吗，还是说异裂分解的两部分不需要结构优化

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-1 15:32:45

wzkchem5 发表于 2023-1-31 17:49
不能拿相对能量的精度标准去要求绝对能量。相对能量误差6kcal/mol很大，但绝对能量误差6kcal/mol是很小的 ...

谢谢老师，表格2是 “氧杂环丁烷—TS—乙烯+甲醛整个” 反应过程的G(T)值，这样是不是就有了老师您提到的相对能量，两种方法计算出的相对能量仍然有3 kcal/mol的差异，同样对于乙烯和甲醛这两个多参考态不明显的分子，为什么会有这么大的差异呢？）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-1 17:04:46

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-1 08:32
谢谢老师，表格2是 “氧杂环丁烷—TS—乙烯+甲醛整个” 反应过程的G(T)值，这样是不是就有了老师您提到的 ...

CASPT2和CCSD(T)的差异不止是参考态的差异，还有动态相关的差异。CASPT2的动态相关和MP2在一个水平，而MP2和CCSD(T)差3kcal/mol显然是很正常的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-1 17:05:58

Roonry 发表于 2023-2-1 02:05
各位老师好，我想问一个关于异裂的问题
纤维素热解异裂分解成两部分a和b，a和b的自旋和电荷分别设置为-1 1 ...

纤维素热解异裂不是断这根键。先好好查文献搞清楚是怎么断键的，有没有水分子等参与催化，再做计算。
需要结构优化，除非你在做能量分解分析

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-1 20:01:14

wzkchem5 发表于 2023-2-1 17:04
CASPT2和CCSD(T)的差异不止是参考态的差异，还有动态相关的差异。CASPT2的动态相关和MP2在一个水平，而MP ...

谢谢老师，因为其他反应路径涉及双自由基，所以都采取多参考方法计算做了比较；请问对于这种简单分子，您认为哪种方法的计算结果更准确一些呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-1 21:44:23

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-1 13:01
谢谢老师，因为其他反应路径涉及双自由基，所以都采取多参考方法计算做了比较；请问对于这种简单分子，您 ...

CCSD(T)可靠的可能性大一些，毕竟就像你说的，反应物产物都是单参考态，静态相关不如动态相关重要。
但是如果要严格确认，建议还是用一个比两者都要准的方法再算一下，例如CCSDT（triples做变分处理而不是微扰处理），或者用DMRG、QMC、selected CI等方法做一个近似的full CI计算看看。

Roonry · 发表于 Post on 2023-2-2 09:45:45

wzkchem5 发表于 2023-2-1 17:05
纤维素热解异裂不是断这根键。先好好查文献搞清楚是怎么断键的，有没有水分子等参与催化，再做计算。
需 ...

好的好的谢谢指点我再去学习一下

Roonry · 发表于 Post on 2023-2-2 09:52:16

老师好，我看文献说图1的化合物，1-2和4-5断裂生成图2，想计算反应能垒，但图2的化合物结构优化后就变形了，想问一下是不是哪里出了问题，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-2 15:51:46

本帖最后由 wzkchem5 于 2023-2-2 08:53 编辑

Roonry 发表于 2023-2-2 02:52
老师好，我看文献说图1的化合物，1-2和4-5断裂生成图2，想计算反应能垒，但图2的化合物结构优化后就变形了 ...

文献是实验文献还是计算文献？如果是实验文献，又没有图2结构的表征数据的话，不要信。
很多实验文章推测机理都是糊弄，其中任何没有表征数据的中间体都不要轻易相信。哪怕有自由基捕捉数据都不要信，因为有可能是先生成一个自由基、被捕捉了，再生成另一个自由基、再被捕捉，不能证明形成了双自由基

Roonry · 发表于 Post on 2023-2-2 16:27:31

wzkchem5 发表于 2023-2-2 15:51
文献是实验文献还是计算文献？如果是实验文献，又没有图2结构的表征数据的话，不要信。
很多实验文章推 ...

几年前JHM上的实验文章，那我再去看看有没有其他的计算文献，谢谢老师

黄英 · 发表于 Post on 2023-2-3 11:42:51

大神们，我在使用Gaussian进行并行计算时，out文件报错显示Error: segmentation violation，在查看帖子说让去log文件找报错，但是log文件的报错没有遇到也没有查到相关的（log文件报错如下图），请各位大神指点！

wjc404 · 发表于 Post on 2023-2-3 12:57:01

本帖最后由 wjc404 于 2023-2-3 13:39 编辑

我在本地运行你上传的gjf文件没遇到任何问题。会不会是你的运行目录下同时有他人的任务在跑，然后人家的脚本有bug（或者人家用的chk和你的重名这种）导致你任务的chk/rwf在某一时刻被意外修改了？
（说点题外的，像你这样的任务，初始结构还距离平衡比较远，可以先用小一些的基组如def2-SVP去优化，然后再用大些的基组去算，这样更快；以及一般情况碳原子上不需要弥散函数；opt的那些冷门选项一般都用不着，除非收敛不了）

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-3 15:16:06

黄英发表于 2023-2-3 11:42
大神们，我在使用Gaussian进行并行计算时，out文件报错显示Error: segmentation violation，在查看帖子说让 ...

不许用“报错求助”作为帖子标题，好好看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，下次再用这种标题直接删帖扣分处理

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-3 15:55:32

黄英发表于 2023-2-3 04:42
大神们，我在使用Gaussian进行并行计算时，out文件报错显示Error: segmentation violation，在查看帖子说让 ...

报错信息已经写得很清楚了，这个计算是在读13a.chk这个文件的时候出的错，显然你要上传13a.chk别人才能重复出你的问题，光上传1.gjf是不够的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-3 17:13:03

请教一下各位老师，图片里的ε/R的单位是K^-1，ε=175*R，但是此时ε的单位如何从J/mol/K/K换算成cm^-1呢？谢谢老师

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