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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-7-11 09:27:21 | 只看该作者 Only view this author
Shishishi_ 发表于 2025-7-11 09:11
感谢sob老师解答,材料的主要成分是Na-Ta-Cl-S,没有周期性晶体结构,我们用AIMD建立了非晶模型,调取了 ...

必须考虑晶体环境(例如用QM/MM或ONIOM等方法),不能只抠出一个离子来算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-7-11 12:01:32 | 只看该作者 Only view this author
老师 我用高斯计算,找到了两类中心杂原子不同的多酸(PMo12O40和SiMo12o40)催化同一反应的过渡态,能垒具有差异性。想跟您请教下,可以用使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用(http://sobereva.com/166),分析过渡态能垒高低的原因么。

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发表于 Post on 2025-7-11 13:12:22 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-7-11 12:01
老师 我用高斯计算,找到了两类中心杂原子不同的多酸(PMo12O40和SiMo12o40)催化同一反应的过渡态,能垒具 ...

这个取决于催化过程中,多酸扮演的是酸的角色,还是单电子氧化剂的角色,还是氢原子攫取试剂的角色;涉及的是基态还是激发态

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吴双 + 3 明白了 谢谢老师

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Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-11 23:00:30 | 只看该作者 Only view this author
Shishishi_ 发表于 2025-7-11 09:11
感谢sob老师解答,材料的主要成分是Na-Ta-Cl-S,没有周期性晶体结构,我们用AIMD建立了非晶模型,调取了 ...

没有晶体结构,即便用簇模型模拟晶体环境也难以实现,难以令人信服

相对最合理的方法是CP2K跑DFT的从头算动力学,结合TRAVIS程序后处理得到拉曼光谱。只不过耗时非常高。但鉴于你已经跑了AIMD,这个方式或许对你并不困难
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-11 23:06:44 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-7-11 12:01
老师 我用高斯计算,找到了两类中心杂原子不同的多酸(PMo12O40和SiMo12o40)催化同一反应的过渡态,能垒具 ...

得先弄清楚反应机理,极小点、中间体、过渡态都跑出来,结合机理判断什么方式的分析能说明差异。比如有的情况适合用原子电荷讨论,有的情况适合键级、ETS-NOCV、CDA讨论,有的情况可以做IRI、AIM分析,等等

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吴双 + 3 嗯嗯 我明白啦 老师

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发表于 Post on 2025-7-13 12:20:20 | 只看该作者 Only view this author

求助orca输入报错如下

d:\Users\administrater\Desktop\new>D:\ORCA\orca 1.inp

                                 *****************
                                 * O   R   C   A *
                                 *****************

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                                            ###
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                  #                        -***-                        #
                  #          Department of theory and spectroscopy      #
                  #    Directorship and core code : Frank Neese         #
                  #        Max Planck Institute fuer Kohlenforschung    #
                  #                Kaiser Wilhelm Platz 1               #
                  #                 D-45470 Muelheim/Ruhr               #
                  #                      Germany                        #
                  #                                                     #
                  #                  All rights reserved                #
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                         Program Version 5.0.4 -  RELEASE  -

With contributions from (in alphabetic order):
   Daniel Aravena         : Magnetic Suceptibility
   Michael Atanasov       : Ab Initio Ligand Field Theory (pilot matlab implementation)
   Alexander A. Auer      : GIAO ZORA, VPT2 properties, NMR spectrum
   Ute Becker             : Parallelization
   Giovanni Bistoni       : ED, misc. LED, open-shell LED, HFLD
   Martin Brehm           : Molecular dynamics
   Dmytro Bykov           : SCF Hessian
   Vijay G. Chilkuri      : MRCI spin determinant printing, contributions to CSF-ICE
   Dipayan Datta          : RHF DLPNO-CCSD density
   Achintya Kumar Dutta   : EOM-CC, STEOM-CC
   Dmitry Ganyushin       : Spin-Orbit,Spin-Spin,Magnetic field MRCI
   Miquel Garcia          : C-PCM and meta-GGA Hessian, CC/C-PCM, Gaussian charge scheme
   Yang Guo               : DLPNO-NEVPT2, F12-NEVPT2, CIM, IAO-localization
   Andreas Hansen         : Spin unrestricted coupled pair/coupled cluster methods
   Benjamin Helmich-Paris : MC-RPA, TRAH-SCF, COSX integrals
   Lee Huntington         : MR-EOM, pCC
   Robert Izsak           : Overlap fitted RIJCOSX, COSX-SCS-MP3, EOM
   Marcus Kettner         : VPT2
   Christian Kollmar      : KDIIS, OOCD, Brueckner-CCSD(T), CCSD density, CASPT2, CASPT2-K
   Simone Kossmann        : Meta GGA functionals, TD-DFT gradient, OOMP2, MP2 Hessian
   Martin Krupicka        : Initial AUTO-CI
   Lucas Lang             : DCDCAS
   Marvin Lechner         : AUTO-CI (C++ implementation), FIC-MRCC
   Dagmar Lenk            : GEPOL surface, SMD
   Dimitrios Liakos       : Extrapolation schemes; Compound Job, initial MDCI parallelization
   Dimitrios Manganas     : Further ROCIS development; embedding schemes
   Dimitrios Pantazis     : SARC Basis sets
   Anastasios Papadopoulos: AUTO-CI, single reference methods and gradients
   Taras Petrenko         : DFT Hessian,TD-DFT gradient, ASA, ECA, R-Raman, ABS, FL, XAS/XES, NRVS
   Peter Pinski           : DLPNO-MP2, DLPNO-MP2 Gradient
   Christoph Reimann      : Effective Core Potentials
   Marius Retegan         : Local ZFS, SOC
   Christoph Riplinger    : Optimizer, TS searches, QM/MM, DLPNO-CCSD(T), (RO)-DLPNO pert. Triples
   Tobias Risthaus        : Range-separated hybrids, TD-DFT gradient, RPA, STAB
   Michael Roemelt        : Original ROCIS implementation
   Masaaki Saitow         : Open-shell DLPNO-CCSD energy and density
   Barbara Sandhoefer     : DKH picture change effects
   Avijit Sen             : IP-ROCIS
   Kantharuban Sivalingam : CASSCF convergence, NEVPT2, FIC-MRCI
   Bernardo de Souza      : ESD, SOC TD-DFT
   Georgi Stoychev        : AutoAux, RI-MP2 NMR, DLPNO-MP2 response
   Willem Van den Heuvel  : Paramagnetic NMR
   Boris Wezisla          : Elementary symmetry handling
   Frank Wennmohs         : Technical directorship


We gratefully acknowledge several colleagues who have allowed us to
interface, adapt or use parts of their codes:
   Stefan Grimme, W. Hujo, H. Kruse, P. Pracht,  : VdW corrections, initial TS optimization,
                  C. Bannwarth, S. Ehlert          DFT functionals, gCP, sTDA/sTD-DF
   Ed Valeev, F. Pavosevic, A. Kumar             : LibInt (2-el integral package), F12 methods
   Garnet Chan, S. Sharma, J. Yang, R. Olivares  : DMRG
   Ulf Ekstrom                                   : XCFun DFT Library
   Mihaly Kallay                                 : mrcc  (arbitrary order and MRCC methods)
   Jiri Pittner, Ondrej Demel                    : Mk-CCSD
   Frank Weinhold                                : gennbo (NPA and NBO analysis)
   Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar   : smd solvation model
   Lars Goerigk                                  : TD-DFT with DH, B97 family of functionals
   V. Asgeirsson, H. Jonsson                     : NEB implementation
   FAccTs GmbH                                   : IRC, NEB, NEB-TS, DLPNO-Multilevel, CI-OPT
                                                   MM, QMMM, 2- and 3-layer-ONIOM, Crystal-QMMM,
                                                   LR-CPCM, SF, NACMEs, symmetry and pop. for TD-DFT,
                                                   nearIR, NL-DFT gradient (VV10), updates on ESD,
                                                   ML-optimized integration grids
   S Lehtola, MJT Oliveira, MAL Marques          : LibXC Library
   Liviu Ungur et al                             : ANISO software


Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
For citations please refer to: http://libint.valeyev.net

Your ORCA version has been built with support for libXC version: 5.1.0
For citations please refer to: https://tddft.org/programs/libxc/

This ORCA versions uses:
   CBLAS   interface :  Fast vector & matrix operations
   LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines
   Shared memory     :  Shared parallel matrices


================================================================================

----- Orbital basis set information -----
Your calculation utilizes the basis: def2-SVP
   F. Weigend and R. Ahlrichs, Phys. Chem. Chem. Phys. 7, 3297 (2005).

----- AuxJ basis set information -----
Your calculation utilizes the auxiliary basis: def2/J
   F. Weigend, Phys. Chem. Chem. Phys. 8, 1057 (2006).

================================================================================
                                        WARNINGS
                       Please study these warnings very carefully!
================================================================================


INFO   : the flag for use of the SHARK integral package has been found!

================================================================================
                                       INPUT FILE
================================================================================
NAME = 1.inp
|  1> ! BLYP def2-SVP pal4
|  2> * xyz 0 1
|  3>  C                  0.00000000    0.00000000   -0.56221066
|  4>  H                  0.00000000   -0.92444767   -1.10110537
|  5>  H                 -0.00000000    0.92444767   -1.10110537
|  6>  O                  0.00000000    0.00000000    0.69618930
|  7> **                         ****END OF INPUT****
================================================================================

                       ****************************
                       * Single Point Calculation *
                       ****************************

---------------------------------
CARTESIAN COORDINATES (ANGSTROEM)
---------------------------------
  C      0.000000    0.000000   -0.562211
  H      0.000000   -0.924448   -1.101105
  H     -0.000000    0.924448   -1.101105
  O      0.000000    0.000000    0.696189

----------------------------
CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
----------------------------
  NO LB      ZA    FRAG     MASS         X           Y           Z
   0 C     6.0000    0    12.011    0.000000    0.000000   -1.062424
   1 H     1.0000    0     1.008    0.000000   -1.746953   -2.080788
   2 H     1.0000    0     1.008   -0.000000    1.746953   -2.080788
   3 O     8.0000    0    15.999    0.000000    0.000000    1.315607

--------------------------------
INTERNAL COORDINATES (ANGSTROEM)
--------------------------------
C      0   0   0     0.000000000000     0.00000000     0.00000000
H      1   0   0     1.070051869320     0.00000000     0.00000000
H      1   2   0     1.070051869320   119.52102120     0.00000000
O      1   2   3     1.258399960000   120.23948940   180.00000000

---------------------------
INTERNAL COORDINATES (A.U.)
---------------------------
C      0   0   0     0.000000000000     0.00000000     0.00000000
H      1   0   0     2.022104982105     0.00000000     0.00000000
H      1   2   0     2.022104982105   119.52102120     0.00000000
O      1   2   3     2.378031291337   120.23948940   180.00000000

---------------------
BASIS SET INFORMATION
---------------------
There are 3 groups of distinct atoms

Group   1 Type C   : 7s4p1d contracted to 3s2p1d pattern {511/31/1}
Group   2 Type H   : 4s1p contracted to 2s1p pattern {31/1}
Group   3 Type O   : 7s4p1d contracted to 3s2p1d pattern {511/31/1}

Atom   0C    basis set group =>   1
Atom   1H    basis set group =>   2
Atom   2H    basis set group =>   2
Atom   3O    basis set group =>   3
---------------------------------
AUXILIARY/J BASIS SET INFORMATION
---------------------------------
There are 3 groups of distinct atoms

Group   1 Type C   : 12s5p4d2f1g contracted to 6s4p3d1f1g pattern {711111/2111/211/2/1}
Group   2 Type H   : 5s2p1d contracted to 3s1p1d pattern {311/2/1}
Group   3 Type O   : 12s5p4d2f1g contracted to 6s4p3d1f1g pattern {711111/2111/211/2/1}

Atom   0C    basis set group =>   1
Atom   1H    basis set group =>   2
Atom   2H    basis set group =>   2
Atom   3O    basis set group =>   3

Checking for AutoStart:
The File: 1.gbw exists
Trying to determine its content:
     ... Fine, the file contains calculation information
     ... Fine, the calculation information was read
     ... Fine, the file contains a basis set
     ... Fine, the basis set was read
     ... Fine, the file contains a geometry
     ... Fine, the geometry was read
     ... The file does not contain orbitals - skipping AutoStart
'mpiexec' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
或批处理文件。

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpiexec -np 4  D:\ORCA\orca_gtoint_mpi.exe 1.int.tmp 1
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run



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4552#
发表于 Post on 2025-7-13 12:27:45 | 只看该作者 Only view this author
'mpiexec' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
或批处理文件。

MPI没有安装好

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4553#
发表于 Post on 2025-7-13 15:58:17 | 只看该作者 Only view this author
楼主,还在用ORCA5.0.4,最新的ORCA6.1.0版本出来了!
ORCA 6.1.0开放下载(无需**上网) http://bbs.keinsci.com/thread-54176-1-1.html

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4554#
发表于 Post on 2025-7-14 23:51:37 | 只看该作者 Only view this author

阴离子弥散函数计算报错

带有两个负离子土霉素阴离子在计算时机组选用的6-31g+(d)报cuo,是因为加弥散函数的原因吗,有没有大佬解答一下

fe0d2a0af87e03bd1cdcba316fdfaa9.png (41.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

fe0d2a0af87e03bd1cdcba316fdfaa9.png

28ad1b4bd85b6ea1e12a30144f0a562.png (133.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

28ad1b4bd85b6ea1e12a30144f0a562.png

06dd0624e4e52e7dc0f9c95bc3a7416.png (132.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

06dd0624e4e52e7dc0f9c95bc3a7416.png

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鸩羽

4555#
发表于 Post on 2025-7-14 23:55:29 | 只看该作者 Only view this author
没看见报错
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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4556#
发表于 Post on 2025-7-15 04:55:50 | 只看该作者 Only view this author
这是正常运行,报错的话可以直接把输出文件传上来

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-15 06:00:10 | 只看该作者 Only view this author
曲梦雨 发表于 2025-7-14 23:51
带有两个负离子土霉素阴离子在计算时机组选用的6-31g+(d)报cuo,是因为加弥散函数的原因吗,有没有大佬解答 ...

窗口明明写着is processing...
不要有报错妄想症
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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迷茫的本科生一枚

4558#
发表于 Post on 2025-7-16 23:28:26 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我计算两个有机物之间的SET(single-electron transfer)光催化,实验已通过开关光实验发现该反应仅在光照下进行,在光照,A分子往B分子上转移电子,生成基态下的A+自由基和B-自由基,这两个自由基再在激发态下继续反应。请问老师,从A和B普通分子光照下转化为A+自由基和B-自由基的过程如何用计算来描述呢?仅了解到可以用空穴-电子来简单考察下。
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4559#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-17 04:01:43 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-7-16 23:28
各位老师,我计算两个有机物之间的SET(single-electron transfer)光催化,实验已通过开关光实验发现该反 ...

我不知道你想描述什么。本来电子激发导致电荷转移就是fs级别的事情,总不至于想跑昂贵复杂的RT-TDDFT来描述这个过程
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-7-17 16:19:10 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,目前需要算锕系离子和各种气体的反应,研究反应路径,了解到静态相关强,但本人目前技术十分有限,就Gaussian和ORCA比较熟,不太想折腾其他软件用CASPT2优化。想的是先用Gaussian优化,然后算能量的时候用ORCA进行多参考计算以及考虑旋轨耦合,请教老师这种体系优化时纯泛函(TPSS、PBE等)能保证定性正确吗?

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