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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 12:01:04 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-9-9 10:05
各位老师好,我有一个简单问题,我看完了帖子《使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点》, ...

MECP是对两个自旋态之间而言的,不存在“直接把单重态当成了MECP”
就是按标准方式通过sobMECP搜索的三重态和对称破缺单重态之间的MECP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-9-9 15:16:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-9 11:58
#p后面第一个空格是个异常字符,重新输入空格

卢老师,谢谢您的指点。
我尝试重新输入空格,也尝试了去掉“p空格”,改为#IRC=(calcfc,maxpoints=20) b3lyp/6-31g(d) em=gd3 scrf=(smd,solvent=toluene) ,都还是不行。
再麻烦问一下老师这个是用什么软件看到我字符异常的呢?为什么会出现这种状况呢?以后我应该如何排查这种字符错误呢?谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-9-9 15:38:51 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下,就是我现在做一个催化计算,我猜测金属离子和我这个有机物配位之后可能会导致我这个目标物裂解产生自由基,我想问一下有没有什么参数可以评判化学键容易断键的程度,比如说我计算这个有机物(A)结构优化,然后在计算一下他和金属离子配位后的构型,比如说我分析键长,或者电荷之类的什么参数可以评估验证我的猜想,就是A和金属离子配位后确实某个键跟容易断了。

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发表于 Post on 2025-9-9 16:15:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2025-9-10 08:11 编辑

各位老师好,请问我想优化一个单重态双自由基的结构,使用# opt=calcfc freq scrf=(solvent=ch3cn) guess=mix def2svp em=gd3 um062x  电荷和自旋多重度0 1,去优化结构,然后使用# stable scrf=(solvent=ch3cn) def2svp em=gd3 um062x guess=read geom=allcheck测试波函数稳定性,得到The wavefunction is stable under the perturbations considered.,是不是就算是结构和波函数都是对的呢?

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发表于 Post on 2025-9-9 17:36:48 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!我在查询opt=tight什么时候用,发现了sob老师的如下描述:对结构精度要求高(比如优化N2二聚体这种相互作用很弱势能面很平缓的体系)可以使用opt=tight,想问一下如何判断势能面很平缓的体系?是二聚体都这样嘛?

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发表于 Post on 2025-9-9 17:56:28 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-9-9 16:15
各位老师好,请问我想优化一个单重态双自由基的结构,使用# opt=calcfc freq scrf=(solvent=ch3cn) guess=m ...

上面那个自由基不对,那个碳都成4根键了,怎么可能上面还有一个自由基
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2025-9-9 17:59:07 | 只看该作者 Only view this author
zbhyyds 发表于 2025-9-9 17:36
各位老师好!我在查询opt=tight什么时候用,发现了sob老师的如下描述:对结构精度要求高(比如优化N2二聚体 ...

严格的判断方式是做一个柔性扫描,看扫描曲线的变化速率,和一般共价键拉伸(比如H-H键拉伸)比较,如果前者变化速率远比后者慢,例如慢3个数量级以上(这个没有固定标准),就说明势能面很平缓。
但一般用更方便、但不那么严格的判断方式:结合能越低,越可能是平缓的。结合能不需要实际去算,从文献类似体系估计即可
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-9-9 17:59:59 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-9-9 15:38
各位老师我想问一下,就是我现在做一个催化计算,我猜测金属离子和我这个有机物配位之后可能会导致我这个目 ...

计算断键反应的自由能垒。其他方法可能快一点,但基本都不如这个方法可靠
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2025-9-9 18:00:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-9-9 17:59
严格的判断方式是做一个柔性扫描,看扫描曲线的变化速率,和一般共价键拉伸(比如H-H键拉伸)比较,如果 ...

谢谢老师的回复!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 19:50:10 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-9 15:16
卢老师,谢谢您的指点。
我尝试重新输入空格,也尝试了去掉“p空格”,改为#IRC=(calcfc,maxpoints=20)  ...

ultraedit的16进制模式
我亲测把那个异常的空格改成我自己手动输入的就能正常计算
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发表于 Post on 2025-9-10 08:12:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-9-9 17:56
上面那个自由基不对,那个碳都成4根键了,怎么可能上面还有一个自由基

老师您好,不好意思结构画错了,我改正了,麻烦您再看一看

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发表于 Post on 2025-9-10 12:59:21 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-9-10 08:12
老师您好,不好意思结构画错了,我改正了,麻烦您再看一看

建议检查一下产物的几何结构和电子结构,判断是否合理,例如产物之所以是闭壳层的,是因为发生了电子转移,还是发生了成键/断键等。然后看看是否和预期相符
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发表于 Post on 2025-9-10 17:30:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-9-9 17:59
计算断键反应的自由能垒。其他方法可能快一点,但基本都不如这个方法可靠

老师我想问一下计算断键反应的自由能就是,比如说A物质会断键生成B和C,那我计算A结构优化的能量和B、C单个片段结构优化的能量进行作差是吗?如果是这样,那我如果考虑金属离子(D)配位影响的时候,我金属离子可能和B、C都有相互作用,我该怎么计算呢?A+D的能量减去B+D和C+D的能量吗?这样是不是多算了一个D的能量?还是说A+D的能量减去单个的B、C、D能量呢?

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发表于 Post on 2025-9-10 21:23:55 | 只看该作者 Only view this author
老师们好!我看到sob老师关于基组选择的帖子中提到“含弱相互作用体系的几何优化的基组建议:
色散主导的弱相互作用:may-cc-pVTZ足够理想,6-311+G**一般够用,6-311G**或def-TZVP也能接受
静电主导的弱相互作用:def-TZVP足够理想,6-31G**或def2-SVP也可以接受”,我想问如何判断色散主导还是静电主导呢?可以用能量分解来看吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-10 22:36:04 | 只看该作者 Only view this author
zbhyyds 发表于 2025-9-10 21:23
老师们好!我看到sob老师关于基组选择的帖子中提到“含弱相互作用体系的几何优化的基组建议:
色散主导的 ...

通常凭弱相互作用方面的常识一眼就能估计出来,大多数情况并不需要非得做能量分解来判断
下文也有不同类型弱相互作用本质的简要介绍
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413

北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)里“弱相互作用的计算与相关问题”一节有极其详尽的讲解
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