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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-9-11 01:51:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 芝士奶盖四季春 于 2025-9-11 01:54 编辑

请问各位老师,我在算羟基自由基氧化罗丹明B分子的过渡态,来分析各个反应可能位点的能垒(反应位点通过计算福井函数结合键级猜测)。下面两个输入文件是我们构建的搜索过渡态初始结构,参考教程将要断的健对应拉长30%以上来用TS关键词搜索过渡态。反应在PH=1左右的水中进行。在计算中遇到如下问题:在搜索过渡态后正常输出文件无报错,但是在检查时发现虚频存在问题,为分子其他和自由基较远部分存在虚频震动,而自由基和分子间几乎无虚频或很小,方向不对。进行IRC也无法得到对应产物。请问如果虚频不对应如何调整结构?在经验不足时有那些方法可以帮助寻找过渡态的初始结构?

屏幕截图 2025-09-11 012819.png (247.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-09-11 012819.png

TS12.gjf

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ts1.gjf

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发表于 Post on 2025-9-11 09:00:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-10 22:36
通常凭弱相互作用方面的常识一眼就能估计出来,大多数情况并不需要非得做能量分解来判断
下文也有不同类 ...

好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2025-9-11 10:14:42 | 只看该作者 Only view this author

各位老师好,
我理解的MECP,前是两个自旋相同的单电子(开壳层,三重态),后是两个自旋相反的两个单电子(开壳层,单重态)。请问这样理解对吗?
请问如果两个自旋相反的单电子(开壳层)偶联,是只需要扫描一下有没有过渡态吗?流程是下面哪个呢?
(1)opt=modred nosymm guess=(mix,always)   (2)先guess=mix stable=opt,后opt=modred nosymm guess=read。
请问图中的闭壳层单重态(CSS)什么时候需要考虑?是只要能量低于开壳层单重态就需要考虑吗?为什么后图中考虑int8-CSS呢?



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4714#
发表于 Post on 2025-9-11 10:44:21 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I have a structure AB that was optimized with 6-311G** for A and 6-311+G** for B fragment. When I calculated the interaction energy between A and B with counterpoise, should I keep the same basis set or use 6-311+G** for all atoms?
Thank you.

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发表于 Post on 2025-9-11 10:59:49 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-9-10 17:30
老师我想问一下计算断键反应的自由能就是,比如说A物质会断键生成B和C,那我计算A结构优化的能量和B、C单 ...


要么按(A+D)-B-(C+D)算,要么按(A+D)-(B+D)-C算,具体按哪种算取决于你的研究目的,往往(但不一定)是D和B、C里哪个结合更紧密就归哪边
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-9-11 13:21:26 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian计算求助


想计算二乙醇锌与草酸二甲酯的过渡态,但一直都存在这样子的报错,实在不会了,请问有佬可以帮忙解决一下吗?

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4717#
发表于 Post on 2025-9-11 14:14:59 | 只看该作者 Only view this author
Convergence failure  L502.exe

以此为关键词在论坛、在思想家公社检索,有惊喜

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发表于 Post on 2025-9-11 14:15:14 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/61的方法一条一条地试,所有方法都无效再来问,并详细列举你试每个方法的结果
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-11 14:47:04 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-9-11 10:14
各位老师好,
我理解的MECP,前是两个自旋相同的单电子(开壳层,三重态),后是两个自旋相反的两个单电 ...

一堆图一堆字的问题建议单独发帖
本帖主要回答不适合发单独主题的简短、初级问题,看1L的说明。作为回帖在本帖里问被其他人看到的几率更低
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-11 14:49:12 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-9-11 10:44
Hi everyone,
I have a structure AB that was optimized with 6-311G** for A and 6-311+G** for B frag ...

The basis sets used for interaction energy calculation and geometry optimization are usually different, the former is larger. I suggest using 6-311+G(2d,p) for all atoms with counterpoise to calculate interaction energy.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-11 14:54:01 | 只看该作者 Only view this author
一生予安 发表于 2025-9-11 13:21
想计算二乙醇锌与草酸二甲酯的过渡态,但一直都存在这样子的报错,实在不会了,请问有佬可以帮忙解决一下 ...

犯了低级错误,连赝势都没定义,仔细看下文
在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法
http://sobereva.com/550http://bbs.keinsci.com/thread-17256-1-1.html

并且以后提问前先把报错提示在论坛首页google框里仔细搜索,找不到答案再问。

输入文件直接上传,不要当图片贴
照片旋转好了再发,别让别人脖子得扭着90度
以后发帖标题不要用“Gaussian计算求助”,认真看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

泛函建议改为PBE0-D3(BJ),Zn建议用SDD

另建议阅读
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

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发表于 Post on 2025-9-11 15:46:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-11 14:54
犯了低级错误,连赝势都没定义,仔细看下文
在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法
http://sobereva.co ...

好的,谢谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-11 15:48:17 | 只看该作者 Only view this author
芝士奶盖四季春 发表于 2025-9-11 01:51
请问各位老师,我在算羟基自由基氧化罗丹明B分子的过渡态,来分析各个反应可能位点的能垒(反应位点通过计 ...

尝试柔性扫描发生反应的原子间的距离帮助确定合适的过渡态初猜
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发表于 Post on 2025-9-11 17:52:57 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师:
在一个g-C3N4材料上负载一个Zn原子。负载Zn后,轨道变了,审稿人问我,为什么负载Zn以后,HOMO,LUMO电子分布变了,HOMO-LUMO的能差变了。这个我应该怎么回答呢?
好像是个很正常的事啊,两个体系结构都不一样了,轨道肯定就变了呀

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发表于 Post on 2025-9-12 10:17:43 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2025-9-11 17:52
请教一下各位老师:
在一个g-C3N4材料上负载一个Zn原子。负载Zn后,轨道变了,审稿人问我,为什么负载Zn以 ...

看HOMO、LUMO是否分布在了Zn上。如果是,结合Zn的电子壳层结构解释;
如果不是,用Zn的电子效应解释
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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