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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-9-12 11:02:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-9 19:50
ultraedit的16进制模式
我亲测把那个异常的空格改成我自己手动输入的就能正常计算

谢谢老师,我重新跑了一下,好像跑不动,会有l123的报错。
然后加上了LQA关键词以后能正常终止,但是好像还是不对,只有三个点。
是不是说明过渡态找的有问题,还有什么办法才能找到这个分子在由a构型转变为cis构型(4-9-6-15号原子组成的二面角旋转)的正确的过渡态呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-12 13:43:50 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-12 11:02
谢谢老师,我重新跑了一下,好像跑不动,会有l123的报错。
然后加上了LQA关键词以后能正常终止,但是好 ...

看虚频模式判断过渡态是否正确、满足期望判断

柔性扫描确定合适的过渡态初猜,或者用CP2K/ORCA跑CI-NEB
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发表于 Post on 2025-9-12 14:43:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-12 13:43
看虚频模式判断过渡态是否正确、满足期望判断

柔性扫描确定合适的过渡态初猜,或者用CP2K/ORCA跑CI-NE ...

谢谢老师的回复。
我之前做过柔性scan(其实发过,但是帖子太多了可能沉下去了==),每20°扫一次,看起来应该是存在过渡态。所以按照这个来找过渡态初猜。
找到的过渡态的振动方向看起来还可以,但是但是过渡态结构虚频比较小,而且过渡态能垒很高(10 eV左右),irc好像也不合理。
还有其他更好的建议吗?谢谢老师!
scan:

过渡态的文件:
2-t1-recalc-freq-smd.rar (196.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2025-9-12 20:51:54 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我记得之前中级版说单参考方法在计算时只会通过SCF迭代产生出基态的轨道,然后基于基态的轨道做激发态计算。所以激发态任务和基态单点任务输出的轨道是相同的。
那类似于这篇文章中激发态的轨道是怎么计算的嘞,为什么和基态的不一样呢?谢谢老师!.
这篇文章采用的计算方法是M062X/6-311+G**


Angew. Chem. Int. Ed. 2025, e202514295
Figure 2

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发表于 Post on 2025-9-12 21:07:37 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-12 20:51
老师好,我记得之前中级版说单参考方法在计算时只会通过SCF迭代产生出基态的轨道,然后基于基态的轨道做激 ...

用DeltaSCF方法算的激发态,轨道和基态不一样。你提到的说法只适用于TDDFT、EOM-CCSD等方法,不适用于DeltaSCF。
此外,有的文献用NTO讨论激发态,而基态轨道一般用CMO讨论,NTO和CMO也不一样
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2025-9-12 21:53:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-9-12 21:07
用DeltaSCF方法算的激发态,轨道和基态不一样。你提到的说法只适用于TDDFT、EOM-CCSD等方法,不适用于Del ...

谢谢老师答复,想麻烦问一下相关的计算方法,比如说我想算右边这个激发态的轨道,应该怎么来设置输入文件?和普通基态的计算方法有何不同?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-13 01:35:41 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-12 21:53
谢谢老师答复,想麻烦问一下相关的计算方法,比如说我想算右边这个激发态的轨道,应该怎么来设置输入文件 ...

先仔细阅读文中的说明(包括SI),弄清楚那到底是什么轨道,再说怎么计算。倘若文章没说清楚,问作者,或者不效仿
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-13 01:37:30 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-12 14:43
谢谢老师的回复。
我之前做过柔性scan(其实发过,但是帖子太多了可能沉下去了==),每20°扫一次,看起 ...

跑NEB
PS:北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)和北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)分别具体讲了怎么用ORCA和CP2K实现NEB计算
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发表于 Post on 2025-9-14 16:33:39 | 只看该作者 Only view this author
老师我想请问高斯该如何加电场和磁场呀,我看高斯官网上说 field=read,但这个上面上好像必须在笛卡尔坐标进行,并且这个只能再x y z轴添加,那我想问一下可不可以加电场强度随时变化的那种,然后,高斯可不可以加磁场,我看文献上面许多都是分析动力学加磁场,量化这块没搜到

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-14 20:17:06 | 只看该作者 Only view this author
cyh时代 发表于 2025-9-14 16:33
老师我想请问高斯该如何加电场和磁场呀,我看高斯官网上说 field=read,但这个上面上好像必须在笛卡尔坐标 ...

读入的电场矢量是完全自定义的,显然不需要只平行于笛卡尔轴

如果要考察随时间变化的电场下体系能量、电子结构特征的变化,不是Gaussian能做的,需要做real-time TDDFT模拟,北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)从第2届开始,专门有一节讲real-time TDDFT模拟的知识和使用NWChem做real-time TDDFT的详细例子。

加不了磁场
分子动力学加磁场通常都是基于分子力场做的,跟量子化学计算完全是两码事。
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发表于 Post on 2025-9-14 20:53:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-14 20:17
读入的电场矢量是完全自定义的,显然不需要只平行于笛卡尔轴

如果要考察随时间变化的电场下体系能量、 ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2025-9-15 09:53:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-9-12 10:17
看HOMO、LUMO是否分布在了Zn上。如果是,结合Zn的电子壳层结构解释;
如果不是,用Zn的电子效应解释

我这个HOMO和LUMO是没分布在Zn上的。
我下去调研了一下,还不是很清楚怎么分析,有没有博文或者参考文献,十分感谢。

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发表于 Post on 2025-9-15 10:18:26 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2025-9-15 09:53
我这个HOMO和LUMO是没分布在Zn上的。
我下去调研了一下,还不是很清楚怎么分析,有没有博文或者参考文献 ...

分解为两个问题,(1)Zn有什么样的电子效应?(2)电子效应对轨道有什么影响?
两者都是很容易搜或者问AI的问题
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2025-9-15 16:22:27 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,最近在用orca算一个互变异构的能垒,有这方面的文献计算过了,但是是在气相中,如图所示:


因为这是我的反应路径的第一步,整个反应是在液相中进行的,所以我打算用杂化溶剂模型。我想对比在有碱性催化的条件下和无催化的条件下的反应进程。
1. 碱性催化:用一层OH-离子包裹住一个反应物分子R1,加上CPCM溶剂模型。
2. 无催化:用一层R1包裹住一个反应物分子R1,加上CPCM溶剂模型。
这样得到的产物分子R1'再去和第二个反应物分子R2进行反应。请问我这样的思路正确吗?



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发表于 Post on 2025-9-15 16:34:58 | 只看该作者 Only view this author
TinnKuka 发表于 2025-9-15 16:22
老师们好,最近在用orca算一个互变异构的能垒,有这方面的文献计算过了,但是是在气相中,如图所示:

碱性催化的时候,OH-是反应物,而且只有一个OH-参与反应。因此不需要包一层,一个就够了,需要包一层的是溶剂分子。
类似地,除非你是用反应物本身做溶剂,否则计算无催化反应时,应当用溶剂包裹R1,而非用R1包裹R1
Zikuan Wang
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