计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

138

帖子

0

威望

1323

eV
积分
1461

Level 4 (黑子)

4741#
发表于 Post on 2025-9-15 16:42:27 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问我计算了一个[4+2]过渡态(不考虑催化,直接进行环化),在 opt=(calcfc,ts,noeigen) freq scrf=(solvent=ch3cn) def2svp em=gd3 m062x;  0 1下进行,能垒只有36kcal/mol,按理说这种反应在室温下无催化作用下不能发生吧?是我算错了吗?





6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4742#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-16 03:58:00 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-9-15 16:42
各位老师好,请问我计算了一个[4+2]过渡态(不考虑催化,直接进行环化),在 opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ...

下文该说的都说了
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html

def2-SVP只适合opt freq目的,算电子能量应当用def2-TZVP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

329

eV
积分
371

Level 3 能力者

4743#
发表于 Post on 2025-9-16 13:36:30 | 只看该作者 Only view this author
在服务器上分别进行结构优化和单点能计算,请问如何处理也得到 molclus 程序的 isomers.xyz文件?

205

帖子

0

威望

1135

eV
积分
1340

Level 4 (黑子)

4744#
发表于 Post on 2025-9-16 17:35:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-13 01:35
先仔细阅读文中的说明(包括SI),弄清楚那到底是什么轨道,再说怎么计算。倘若文章没说清楚,问作者,或 ...

我发邮件问作者:
文中Figure 2(a)和(b)展示了Rh-B和S-Rh-In在开环和闭环状态下的前线分子轨道分布,尤其是激发态下的电荷转移特性。请问这些激发态轨道的计算是采用什么方法进行的(如TD-DFT等)?与基态DFT计算(M06-2X/6–311+G(d,p))在方法上有何不同?激发能和轨道贡献等数据是什么样呢?如果方便的话,可以提供一下的激发态计算方法或者其中一个分子文件以供参考吗?

作者的答复:
关于理论计算,M06-2X /6-311+G (d, p)和M06-2X /6-31G (d, p)对这个体系计算结果差异不大,因为我们更关注ICT的趋势。关于激发态的计算细节,需要注意在计算基态和激发态的时候修改一下指令,如TD或者TD-OPT等。其实在这篇工作中,我们还尝试了其它几种计算方法,如B3LYP和CAM-B3LYP, 但是计算结果跟实验结果差异太大了,都不太适合,所以我们最终选择了M06-2X 。如果你对计算感兴趣的话,还可以看看我们之前的一篇工作Adv. Sci. 2022, 9, 2104609。


按照他们这个说法,他还是用TDDFT这种单参考态的方法算的激发态轨道,这种方法可取吗?结果有意义吗?

1

帖子

0

威望

205

eV
积分
206

Level 3 能力者

4745#
发表于 Post on 2025-9-16 18:22:26 | 只看该作者 Only view this author

SCF不收敛

刚开始做计算,只有本科结构化学的知识。因为服务器要用来搜结构所以用自己的破笔记本电脑计算。前几天在优化自己搭建的团簇体系的时候SCF每次都报错"Convergence failure-- run terminated".看了公社里的帖子,尝试了一些方法,最后用noDISS和的时候,G09 D0.1计算时还是经常出现DISS这个字符,也不知道什么情况。今天也试了好久,一直没有优化成功。用来初猜的STO-3G也不收敛。希望老师们帮忙指点一下,是搭建的结构太不合理了还是什么其他原因。

B8S4_c2.zip

247.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4746#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-16 20:43:07 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2025-9-16 13:36
在服务器上分别进行结构优化和单点能计算,请问如何处理也得到 molclus 程序的 isomers.xyz文件?

“请问如何处理也得到 molclus 程序的 isomers.xyz文件?” 病句
非要自己手动做那些任务的话,根据isomer.xyz的格式自己写脚本提取数据整理成那种形式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4747#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-16 20:43:54 | 只看该作者 Only view this author
18257553618 发表于 2025-9-16 18:22
刚开始做计算,只有本科结构化学的知识。因为服务器要用来搜结构所以用自己的破笔记本电脑计算。前几天在优 ...

认真看此文,该说的都说了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
甭用PBE,用PBE0
DIIS不叫DISS

并且很建议仔细看此文
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4748#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-16 20:47:20 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-16 17:35
我发邮件问作者:
文中Figure 2(a)和(b)展示了Rh-B和S-Rh-In在开环和闭环状态下的前线分子轨道分布,尤 ...

TDDFT根本没法算激发态的轨道(除非是NTO,但那是描述跃迁过程的轨道,而不是某个激发态的轨道)
没必要效仿
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

241

帖子

0

威望

1065

eV
积分
1306

Level 4 (黑子)

4749#
发表于 Post on 2025-9-17 12:05:08 | 只看该作者 Only view this author
老师 我在测一个体系,整体带1个负电,作者文章里说实验确定了只有一个未成对电子,多重度=2
但UKS算sp会有自旋污染,无法收敛到和实验一致的电子态
这种情况用ROKS是合适的吗
(我会多参考计算,我想测试单参考方法的表现)
Fe,硫链,一氧化氮

wt.png (49.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

wt.png

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

4750#
发表于 Post on 2025-9-17 16:32:00 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-9-17 12:05
老师 我在测一个体系,整体带1个负电,作者文章里说实验确定了只有一个未成对电子,多重度=2
但UKS算sp会 ...

有自旋污染没问题,自旋污染不太大就行了
如果UKS的精度不够,应当用NEVPT2等多参考态方法。自旋污染严重的体系往往有强相关,ROKS只解决自旋污染而不解决强相关。
此外UKS的自旋污染未必代表着有误差,因为UKS的自旋污染是Kohn-Sham的non-interacting system的自旋污染,不是精确的多电子波函数的自旋污染,只有后者不应该有
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4751#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-17 18:55:31 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-9-17 12:05
老师 我在测一个体系,整体带1个负电,作者文章里说实验确定了只有一个未成对电子,多重度=2
但UKS算sp会 ...

ROKS不是什么好东西,无法充分展现本应该有的自旋极化,Pople还专门批判过ROKS
UKS的自旋污染不像基于波函数的理论方法那样自旋污染有确切的物理意义。算开壳层体系完全没自旋污染反倒不合理,事实存在的自旋极化势必多多少少带来自旋污染
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1

帖子

0

威望

17

eV
积分
18

Level 1 能力者

4752#
发表于 Post on 2025-9-17 19:55:03 | 只看该作者 Only view this author

报错结果: Error termination request processed by link 9999.

基组/方法是: #p opt=maxcycle=200 freq b3lyp/6-31g(d,p)
结构式是两个分子,C、H、O、N,没有别的特殊原子。
之前用的这个也没有跑成功:#p opt freq b3lyp/6-31g(d,p)
附件里上传了报错的out文件。请麻烦帮忙看一下是什么原因呢?谢谢
报错结果:
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in F:\gaosi\G09W\l9999.exe at Wed Sep 17 15:54:37 2025.


10

帖子

0

威望

524

eV
积分
534

Level 4 (黑子)

4753#
发表于 Post on 2025-9-17 20:09:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cpplh 于 2025-9-17 20:20 编辑

我这里并不能看到上传的文件,可能没传好。但是link9999报错基本上都跟几何优化出问题有关,可以详见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
如果具体原因是由于未收敛,可以去看http://sobereva.com/164
并且看你之前是opt,之后将步数上限改为200依旧报错,我猜很可能是优化到后面发生震荡了,解决方法也是见上面帖子

217

帖子

2

威望

2001

eV
积分
2258

Level 5 (御坂)

4754#
发表于 Post on 2025-9-18 01:51:40 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-9-15 16:42
各位老师好,请问我计算了一个[4+2]过渡态(不考虑催化,直接进行环化),在 opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ...

36kcal/mol的能垒意味着室温下反应速率非常低,和你说的没有矛盾

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4755#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-18 02:18:01 | 只看该作者 Only view this author
Qmw 发表于 2025-9-17 19:55
基组/方法是: #p opt=maxcycle=200 freq b3lyp/6-31g(d,p)
结构式是两个分子,C、H、O、N,没有别的特殊 ...

仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确上传文件

几何优化到200步还没收敛,>99.9的情况都是后期发生了震荡,仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 07:44 , Processed in 0.350377 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list