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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-22 04:18:02 | 只看该作者 Only view this author
静静子 发表于 2023-2-21 09:10
最近计算一个分子的S1结构优化,两次计算都是突然中止且无报错代码,第二次调节收敛又再次计算终止,想要在 ...

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
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发表于 Post on 2023-2-22 11:29:27 | 只看该作者 Only view this author
有的文献中给出这种优化好的供体受体之间的角度,这种情况能不做构象搜索直接用这个角度作为初始结构去优化吗?

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发表于 Post on 2023-2-22 14:20:24 | 只看该作者 Only view this author
11111111m 发表于 2023-2-22 11:29
有的文献中给出这种优化好的供体受体之间的角度,这种情况能不做构象搜索直接用这个角度作为初始结构去优化 ...

这种分子大概率有多个构象,不过如果你只研究某个特定构象,当然可以直接用文献的初始结构去优化。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2023-2-22 14:53:46 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2023-2-22 14:20
这种分子大概率有多个构象,不过如果你只研究某个特定构象,当然可以直接用文献的初始结构去优化。

但文章中没有给太精确的结构,个别可旋转的键的角度还是不知道的

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发表于 Post on 2023-2-22 15:43:41 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,看到一篇11年的文献,使用MPW1PW91/6-311+G**j计算氧杂环丁烷的开环反应(结构优化和单点计算都用的此方法),这个泛函是什么水平呢?如果我想说他算的不如CASPT2/cc-pVTZ//um062x/6-311G**不准确,怎么描述比较合适呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2023-2-22 15:51:41 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-22 08:43
请教各位老师,看到一篇11年的文献,使用MPW1PW91/6-311+G**j计算氧杂环丁烷的开环反应(结构优化和单点计 ...

过时了,这个泛函之所以被发展出来,是因为它可以在一定程度上描述色散作用(看这篇泛函的原文献就知道),但是随着M06-2X以及更之后的DFT-D3的推出,这个泛函已经没有任何优势了。
准确度问题,只要说你算的体系有多参考态性质,DFT没有直接描述静态相关,因此描述这种体系不如CASPT2描述得好,就行了(但也不要把DFT贬得太低,否则无法解释你为什么结构优化仍然可以用DFT)
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发表于 Post on 2023-2-22 15:58:18 | 只看该作者 Only view this author
11111111m 发表于 2023-2-22 07:53
但文章中没有给太精确的结构,个别可旋转的键的角度还是不知道的

SI里没给分子坐标吗
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发表于 Post on 2023-2-22 16:05:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-2-22 15:58
SI里没给分子坐标吗

没有的

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发表于 Post on 2023-2-22 16:45:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-2-22 15:58
SI里没给分子坐标吗

这种情况,我用文献给出的角度自己画出结构后,用xtb预优化一下,就直接DFT计算可行吗

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发表于 Post on 2023-2-22 17:18:33 | 只看该作者 Only view this author

各位老师好,我有个简单问题想请教一下。一般来说是直接计算金属的不同自旋多重度比较能量,把能量低的直接用来计算后续步骤,还是按照这篇文章写的,把所有单重态和三重态都计算出来,进行比较?
感谢各位老师

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发表于 Post on 2023-2-22 17:19:48 | 只看该作者 Only view this author
11111111m 发表于 2023-2-22 09:45
这种情况,我用文献给出的角度自己画出结构后,用xtb预优化一下,就直接DFT计算可行吗

文献的结构是构象搜索搜出来的吗?如果是的话,那应该可以,否则最好还是做一下构象搜索
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发表于 Post on 2023-2-22 17:25:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-2-22 15:51
过时了,这个泛函之所以被发展出来,是因为它可以在一定程度上描述色散作用(看这篇泛函的原文献就知道) ...

谢谢老师~

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发表于 Post on 2023-2-22 17:31:52 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-2-22 10:18
各位老师好,我有个简单问题想请教一下。一般来说是直接计算金属的不同自旋多重度比较能量,把能量低的直 ...

必须对每个物种都计算所有可能的自旋多重度,不能仅因为反应物复合物是单重态最稳定,之后反应就都算单重态。原因是“能量最低的自旋多重度是对的”这个规则只对同一个物种成立,不能以一个物种的不同自旋多重度哪个能量最低来判断另一个物种的哪个自旋多重度是对的,即便两个物种在同一个反应途径下也不行。
例外是假如不经计算、靠化学常识即可判断一个自旋多重度绝对不可能是当前物种最低能量的自旋多重度,那么这个自旋多重度就不用算。
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发表于 Post on 2023-2-22 18:28:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-2-22 17:19
文献的结构是构象搜索搜出来的吗?如果是的话,那应该可以,否则最好还是做一下构象搜索

文献就是DFT优化出来的结构,没提做没做构象搜索
老师那按您的意思,在文献没做构象搜索的情况下,如果我想要精确度更高的结构,即使文献给出了优化好的分子坐标,我也应该是先构象搜索之后再计算更好吗?
如果我就想用它文献中的这个构象的话是不是就直接预优化做DFT就行?
谢谢老师~

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发表于 Post on 2023-2-22 20:14:54 | 只看该作者 Only view this author
11111111m 发表于 2023-2-22 11:28
文献就是DFT优化出来的结构,没提做没做构象搜索
老师那按您的意思,在文献没做构象搜索的情况下,如果 ...

假如文献没做构象搜索的话,说明文献做得不够严格。所以这个问题就相当于,已知一种做法不严格但是可以发表,问能否按这种做法做?我的观点是尽量按严格的做法做,但是不完全强制,视具体情况权衡一下严格性和方便性
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