简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-24 23:34:37

先说一下你已经尝试过sob老师帖子里的哪些方法，效果分别如何

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-25 02:51:52

xjtu橘子发表于 2023-2-24 21:50
使用B3LYP杂化泛函，跑结构优化和计算基态单点能都成功了，但是计算阴离子单点能的时候SCF就无法收敛，加了 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-25 03:45:04

KSeGaSn 发表于 2023-2-24 17:35
各位老师大家好，我刚开始接触周期性结构在cp2k里的计算。目前计算的晶胞参数为24/24/8，扩展成2x2x2的超胞 ...

CP2K不是量化程序
发到第一性原理版问

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-25 03:52:51

Lyy1 发表于 2023-2-24 08:39
老师是全氟化碳笼里加了个原子，用cp2k跑看看原子的运动。然后算光谱这些。

“把里面的点提出来用高斯算一下他的红外光谱”没意义。Gaussian通常先经过优化再做振动分析然后再用Multiwfn绘制红外光谱。
如果你是想通过动力学偶极自相关函数产生红外光谱，直接用CP2K产生的各帧的偶极矩结合https://github.com/EfremBraun/calc-ir-spectra-from-lammps就能得到。北京科音CP2K培训班里有完整的这种例子。

每个点的UV-Vis用CP2K直接就能算，未必比Gaussian算每帧慢，尤其是簇很大的时候大概率还更快。

VDE/IP也同样可以直接用CP2K算，Gaussian能用的泛函、基组在CP2K里基本都能用。

不存在“每个温度下几个驻点”这种概念。本来驻点就是势能面上定义的，前提是BO近似，此时根本没有核运动的概念，也自然没有核运动对应的温度。MD根本得不到驻点结构。如果你要得到特定温度下动力学平均的（超）极化率，应当对相应温度的轨迹均匀提出一些帧计算完了取平均。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 09:30:26

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-25 09:31 编辑

sobereva 发表于 2023-2-15 12:53
机子像样的话可以

社长再打扰您一下，还是图片里两个环丁烷通过C-C键连接结构的氢提取反应过渡态单点能计算，我在集群利用CCSD(T)算了1000+小时还没有计算结束。可能是不太行，①对这个结构氢提取反应体系的单点能计算您有推荐的方法吗？②如果我想计算这个结构的裂解反应，会有双自由基，用非限制性DFT优化结构后，单点能您推荐用什么方法计算呢？谢谢社长

chands · 发表于 Post on 2023-2-25 10:49:17

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 09:30
社长再打扰您一下，还是图片里两个环丁烷通过C-C键连接结构的氢提取反应过渡态单点能计算，我在集群利用C ...

用ORCA，上DLPNO-CCSD(T)
http://sobereva.com/490

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 11:08:54

chands 发表于 2023-2-25 10:49
用ORCA，上DLPNO-CCSD(T)
http://sobereva.com/490

老师您好，由于C-C裂解反应产生双自由基，我处理双自由基体系的方式都是先构造对称破缺初猜波函数，然后再读取稳定初猜波函数进一步优化/单点能等计算。请问您建议的方法和ORCA也支持构造波函数、读取波函数的计算的这种操作吗？

chands · 发表于 Post on 2023-2-25 12:14:52

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 11:08
老师您好，由于C-C裂解反应产生双自由基，我处理双自由基体系的方式都是先构造对称破缺初猜波函数，然后 ...

http://sobereva.com/517

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-2-25 12:45:55

老师好，请问考察图一结构在水溶液中络合稀土铕离子，磷酸会发生去质子化吗？图二是我在xtb的gfn2/gbsa-h2o，做动力型搜索并初优化了一次，得到的结构发现两侧磷酸都有一个羟基的氢脱去了，请问这个结构是否合理？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-25 14:44:40

护卫天使发表于 2023-2-25 05:45
老师好，请问考察图一结构在水溶液中络合稀土铕离子，磷酸会发生去质子化吗？图二是我在xtb的gfn2/gbsa-h2o ...

会。查一下文献看有机磷酸和稀土的络合物结构是什么样的，就知道了

chands · 发表于 Post on 2023-2-25 15:26:07

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 11:08
老师您好，由于C-C裂解反应产生双自由基，我处理双自由基体系的方式都是先构造对称破缺初猜波函数，然后 ...

DLPNO-CCSD(T)算开壳层单重态有一定风险。
http://bbs.keinsci.com/thread-34226-1-1.html

我猜你原先是用Gaussian算CCSD(T)的，可以试一下用ORCA算CCSD(T)，速度快很多

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-25 15:50:36

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 04:08
老师您好，由于C-C裂解反应产生双自由基，我处理双自由基体系的方式都是先构造对称破缺初猜波函数，然后 ...

此外也可以考虑用ORCA做NEVPT2计算

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 15:59:23

chands 发表于 2023-2-25 12:14
http://sobereva.com/517

谢谢老师，我要学习一下，争取能够使用orca的CCSD(T)计算单点能

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 16:09:25

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-25 16:12 编辑

wzkchem5 发表于 2023-2-25 15:50
此外也可以考虑用ORCA做NEVPT2计算

老师，没用过orca，我再多嘴问一下，对于这个联环丁烷结构，氢提取、裂解路径都涉及20-30个原子，在集群安装orca计算的话，8个核（集群最大16核）会跑很久吗？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 16:27:28

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-25 16:40 编辑

请教各位老师，如果想用ORCA的CCSD(T)/cc-pVTZ水平计算双自由基体系的单点能，先用高斯UHF cc-pVTZ guess=mix stable=opt nosymm构造对称破缺初猜波函数。看到“有一点要提及的是ORCA是基于球谐型高斯函数做的计算，因此用Multiwfn实现这个目的，其它程序计算时也应当用球谐型高斯函数。”等提示，修改成UHF cc-pVTZ guess=mix stable=opt nosymm int=NoBasisTransform 5d的输入正确吗？谢谢老师

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