简单量子化学问题答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-24 06:45:02

吴双发表于 2023-2-23 21:40
在用高斯优化Pd(111)面时，用常规优化的办法发现随着优化的进行，Pd面会逐渐形成小团簇。因为后续想用高斯 ...

必须冻结边缘原子，看此文例子
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-24 08:24:05

sobereva 发表于 2023-2-24 06:45
必须冻结边缘原子，看此文例子
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/ ...

好的谢谢老师

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-2-24 08:39:17

sobereva 发表于 2023-2-24 06:42
说具体什么体系
诸如你跑个液态或固态的周期性体系，根本就没法用Gaussian算那些

老师是全氟化碳笼里加了个原子，用cp2k跑看看原子的运动。然后算光谱这些。

cokie · 发表于 Post on 2023-2-24 11:31:26

本帖最后由 cokie 于 2023-2-24 11:33 编辑

首先先说一下前提，我在优化（freq+opt）罗丹明B的分子（主体是阳离子，有一个氯离子平衡电荷）
为什么我在对分子做完opt freq之后，“.log”文件显示氯和氮没有成键，但是“.fchk”文件里却出现了成键呢？后续我要进行激发态的计算。

想请教一下各位老师：
1. 这种情况是为什么呢？在绘制HOMO以及LUMO等值面时这个键依然存在，应该怎么除掉呢？
2. 可以直接进行后续计算吗？

chands · 发表于 Post on 2023-2-24 11:49:19

cokie 发表于 2023-2-24 11:31
首先先说一下前提，我在优化（freq+opt）罗丹明B的分子（主体是阳离子，有一个氯离子平衡电荷）
为什么我 ...

一般的绘图软件是很粗略的标准（比如原子间距离）判断是否成键，不代表真实的分子结构。另外你的罗丹明B是溶液相里的吗？在溶液里罗丹明B阳离子和氯离子都是溶剂化的，不会挨这么近。

cokie · 发表于 Post on 2023-2-24 12:26:32

本帖最后由 cokie 于 2023-2-24 12:29 编辑

chands 发表于 2023-2-24 11:49
一般的绘图软件是很粗略的标准（比如原子间距离）判断是否成键，不代表真实的分子结构。另外你的罗丹明B ...

谢谢您的回复，我明白了！还想请问您一下，像罗丹明B这样的分子，在液相中Cl离子和阳离子骨架距离很远，在优化中是否可以不考虑Cl的影响，直接用阳离子的部分来优化呢？

chands · 发表于 Post on 2023-2-24 13:41:32

cokie 发表于 2023-2-24 12:26
谢谢您的回复，我明白了！还想请问您一下，像罗丹明B这样的分子，在液相中Cl离子和阳离子骨架距离很远， ...

初步计算可以。当然溶液中的抗衡离子、其他组分等可能对光谱有一定影响，这是后话。

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-24 15:15:39

想跟大家请教一下，我在用G16计算反应机理的过程中会涉及到一些自由基，比如.OH , .OOH, .O2-，计算这些自由基结构时候，可以直接用B3LYP-D3, 6-31G(d,p)，5d，CPCM计算得到的吉布斯自由能数据么,还是这些自由基的数据需要查文献。

chands · 发表于 Post on 2023-2-24 15:36:10

吴双发表于 2023-2-24 15:15
想跟大家请教一下，我在用G16计算反应机理的过程中会涉及到一些自由基，比如.OH , .OOH, .O2-，计算这些自 ...

你要说清楚是优化的级别还是算单点能的级别，O2-是阴离子无论优化还是算单点能都要用带弥散的基组。B3LYP-D3/6-31G(d,p)算单点能根本不能用。你用了CPCM那我猜你是算水溶液中的Gibbs自由能。小离子的溶解自由能不能用隐式溶剂模型算，详见 http://sobereva.com/327

lurensan · 发表于 Post on 2023-2-24 15:54:36

各位老师好，请问gaussian怎样使用CPME环戊基甲醚溶剂模型，这个溶剂的介电常数去哪里查呢？

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-2-24 17:10:05

lurensan 发表于 2023-2-24 15:54
各位老师好，请问gaussian怎样使用CPME环戊基甲醚溶剂模型，这个溶剂的介电常数去哪里查呢？

Dielectric constant（25℃） 4.76，数据能在搜索引擎上查到，https://finechemcanada.com/solvents-cpme/、https://www.zeon.co.jp/en/busine ... ecial/solvent-cpme/、https://chemistry-europe.onlinel ... 1002/cssc.201801768上都有CPME的信息。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-24 17:33:56

cokie 发表于 2023-2-24 05:26
谢谢您的回复，我明白了！还想请问您一下，像罗丹明B这样的分子，在液相中Cl离子和阳离子骨架距离很远， ...

如果已知这个物质在你所用的溶剂里是强电解质，那就不应该考虑Cl的影响，算的时候放了Cl离子反而是错的。
如果是弱电解质，那就应该考虑

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-2-24 17:35:27

各位老师大家好，我刚开始接触周期性结构在cp2k里的计算。目前计算的晶胞参数为24/24/8，扩展成2x2x2的超胞进行了cell_opt层面的优化。得到优化后的超胞之后，我需要进行轨道波函数和激发态的研究，那么此时我可以切换到单胞进行吗？因为2x2x2超胞的molden文件大小可观，加载到Multiwfn之后的处理也比较昂贵，因此想要以单胞计算，会有系统性的影响吗？

xjtu橘子 · 发表于 Post on 2023-2-24 21:50:27

使用B3LYP杂化泛函，跑结构优化和计算基态单点能都成功了，但是计算阴离子单点能的时候SCF就无法收敛，加了SCF=conv=6的关键词还是不行，请问还有什么比较好的办法吗？
看了sob老师的帖子，但是不知道该加什么样的关键词

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -12267.6349854    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.37D-06    -V/T= 2.0039
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7513 S= 0.5006
<L.S>=  0.00000000000
KE= 1.221970608341D+04 PE=-2.043639903019D+05 EE= 9.203716162852D+04
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    0.7513, after    0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /data1/user01/g16/l502.exe at Tue Feb 14 11:23:49 2023.
Job cpu time:    7 days  3 hours 34 minutes 37.2 seconds.
Elapsed time:    0 days 21 hours 28 minutes 38.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  29381 Int=    0 D2E=    0 Chk= 956 Scr=    1

chands · 发表于 Post on 2023-2-24 23:00:30

你的阴离子是阴离子自由基还是去质子的阴离子？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

gaussian计算单点能时SCF不收敛请问有什么好的解决方法吗？