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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-3-8 15:56:40 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-8 02:06
老师比如这个结构,我就扫描C-OOH的C-O键,从单分子扫描至较远;附件里是我之前在寻找TS做过的键长扫描ou ...

你这个都不叫烯烃,你看看这两个碳的p轨道角度能形成pi键吗?
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发表于 Post on 2023-3-8 16:02:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-8 15:56
你这个都不叫烯烃,你看看这两个碳的p轨道角度能形成pi键吗?

老师您说的这个我可能就不太了解。请问两个C的p轨道是离去的OO和H 的角度吗?如果是的话因为他们重叠成都小,所以不可以形成pi键?

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发表于 Post on 2023-3-8 16:05:51 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-8 09:02
老师您说的这个我可能就不太了解。请问两个C的p轨道是离去的OO和H 的角度吗?如果是的话因为他们重叠成都 ...

两个p轨道的方向成90度,没法重叠,因此没法形成pi键。所以即使OOH完全离去,你这个C-C键也是单键,不能叫烯烃。
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发表于 Post on 2023-3-8 16:07:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-3-8 16:25 编辑
wzkchem5 发表于 2023-3-8 16:05
两个p轨道的方向成90度,没法重叠,因此没法形成pi键。所以即使OOH完全离去,你这个C-C键也是单键,不能 ...

谢谢老师,请问您这个90°的结论是如何得出的那?是看OOH基团与C-C之间的夹角吗?我也学着在计算之前先判断一下。附件里是文献的QOOH和ROO反应物,人家的p轨道夹角小,所以可以有效重叠,而我的反应物结构不行呀?

文献ROO.gjf

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文献QOOH.gjf

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发表于 Post on 2023-3-8 16:21:09 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-8 09:07
谢谢老师,请问您这个90°的结论是如何得出的那?我也学着在计算之前先判断一下。附件里是文献相似反应途 ...

自己搜一下研究乙烯二面角扭转的文献
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发表于 Post on 2023-3-8 16:52:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-3-16 21:14 编辑
wzkchem5 发表于 2023-3-8 16:21
自己搜一下研究乙烯二面角扭转的文献

抱歉老师,再打扰您一下。图片里左边的结构OOH与C自由基的p轨道夹角为90-68=22°,所以是可以脱去HO2,相应的p轨道形成pi键;右边的结构OOH与C自由基的p轨道夹角为现实的-62°,夹角太大重叠成都太小所以不能形成pi键,是这样理解的吧?谢谢老师,我再去检索一下您说的文献。

pi轨道夹角.png (89.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

pi轨道夹角.png

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发表于 Post on 2023-3-8 17:14:29 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-8 09:52
抱歉老师,再打扰您一下。图片里左边的结构OOH与C自由基的p轨道夹角为90-68=22°,所以是可以脱去HO2,相 ...

看这个夹角不如看产物的p轨道之间的夹角。虽然图上不会给你直接画出p轨道,你也没办法精确测量p轨道之间的夹角,但是只要有一点空间想象能力,就可以知道左侧分子形成pi键以后两个p轨道之间的夹角很接近0度,而右侧分子则是90度(这个90度是精确的,原因是分子对称性)
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发表于 Post on 2023-3-8 19:48:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-8 17:14
看这个夹角不如看产物的p轨道之间的夹角。虽然图上不会给你直接画出p轨道,你也没办法精确测量p轨道之间 ...

谢谢老师,按照您说的我又看了一下,就像图片①的烯烃产物p轨道角度一致;图片②我设想的“烯烃”产物,其实p轨道在互相垂直的平面,所以不能形成pi键,也找不到相应的TS。老师这样理解正确了吧?

202303081946327622..png (33.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

②

202303081946158238..png (32.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

①

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发表于 Post on 2023-3-8 20:20:53 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-8 12:48
谢谢老师,按照您说的我又看了一下,就像图片①的烯烃产物p轨道角度一致;图片②我设想的“烯烃”产物, ...

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发表于 Post on 2023-3-8 20:27:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-3-8 21:12 编辑

请教各位老师,想要通过扫描寻找图示结构的过氧基OO*提取相邻C上H原子的TS,扫描的out文件在附件中。如扫描曲线所示,产物一侧并非理想的氢迁移产物,那么这说明不可能发生氢迁移反应吗?谢谢老师

202303082112083983..png (205.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

OO-H键长扫描曲线

OO-H键长扫描曲线

scan.zip

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发表于 Post on 2023-3-8 20:34:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-3-8 20:44 编辑

非常感谢老师解释,如果我把OO/OOH更换到图片所示的位点,这时候两个C的p轨道仍然有夹角,不是平行的位置,是不是依然不利于形成pi键但比之前的位置要好呢?

202303082044478357..png (33.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202303082044478357..png

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发表于 Post on 2023-3-8 21:59:17 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-8 13:34
非常感谢老师解释,如果我把OO/OOH更换到图片所示的位点,这时候两个C的p轨道仍然有夹角,不是平行的位置 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-8 22:47:19 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2023-3-6 06:00
请问老师,当我把.31文件拖进Multiwfn之后输入37就闪退是什么原因?

本帖1L明确说了波函数分析和Multiwfn的简单问题该在哪里问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

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发表于 Post on 2023-3-9 08:47:27 | 只看该作者 Only view this author

求助 高斯优化收敛

我用gauss优化冠醚与锶离子的配合物,已经优化十天了将近,还没有收敛的迹象,想问问这个大概还要优化多久

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发表于 Post on 2023-3-9 09:17:25 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,在寻找图示反应物ROO抽取H(蓝色)的TS时,直接构建没找到;便想到可以通过扫描O-H键长寻找,扫描曲线出现了拐点,但是扫描曲线趋于O、H靠近的一侧结构不是想要的H迁移产物结构,这个结构和直接优化TS得到的一致;①这是否表示扫描曲线的拐点也没必要作为TS初猜优化?②扫描曲线能否证明这种氢迁移途径收到空间结构的限制,无法进行呢?谢谢老师

202303090913388150..png (59.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

反应物

反应物

202303090914005305..png (57.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

扫描一侧结构

扫描一侧结构

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