计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

1万

帖子

0

威望

7394

eV
积分
18147

Level 6 (一方通行)

721#
发表于 Post on 2023-3-1 16:40:53 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2023-3-1 09:26
社长,我还想问问,看论文经常看到“零点能矫正 ”和“矫正因子”这种说法,它们是一个意思吗,比如在关 ...

零点能矫正一般指的是往电子能上面加零点能的操作
矫正因子指的是对零点能本身(或频率)的矫正
所以如果不做零点能矫正,则结果里没有零点能的贡献;如果不考虑矫正因子,则结果里有零点能的贡献但不太准
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

105

帖子

0

威望

500

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

722#
发表于 Post on 2023-3-1 18:58:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,有个问题困扰很久。就是加了“scale=”的关键词,得到的热力学数据哪些是放缩,哪些又是没放缩的,具体又是怎么放缩的呢。附上图片一张,望赐教

202303011857332570..png (142.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202303011857332570..png

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

723#
发表于 Post on 2023-3-1 19:24:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好  我想问一下 可以用mesmer计算无垒反应的速率常数吗

165

帖子

0

威望

836

eV
积分
1001

Level 4 (黑子)

724#
发表于 Post on 2023-3-1 19:36:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-3-1 19:57 编辑

各位老师好,我在用wB97X-D3/def2-TZVP优化一个包含C18的双分子体系时,在优化了大约9个小时的时候出现了如下报错
社会浮躁

1万

帖子

0

威望

7394

eV
积分
18147

Level 6 (一方通行)

725#
发表于 Post on 2023-3-1 19:49:36 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-3-1 12:36
各位老师好,我在用wB97X-D3/def2-TZVP优化一个包含C18的双分子体系时,在优化了大约9个小时的时候出现了报 ...

输出文件没上传成功
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

977

帖子

0

威望

1929

eV
积分
2906

Level 5 (御坂)

偽語言學家+註冊摸魚師

726#
发表于 Post on 2023-3-1 19:51:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2023-3-1 19:53 编辑
davi 发表于 2023-3-1 18:58
老师,有个问题困扰很久。就是加了“scale=”的关键词,得到的热力学数据哪些是放缩,哪些又是没放缩的,具 ...

这个你要各个热力学量怎样从频率计算出来的,推荐看Shermo的手册。"scale = "就是频率先乘上这个因子,再代入公式算热力学量。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

165

帖子

0

威望

836

eV
积分
1001

Level 4 (黑子)

727#
发表于 Post on 2023-3-1 19:52:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-3-1 19:55 编辑
wzkchem5 发表于 2023-3-1 19:49
输出文件没上传成功

老师您好,out文件有点大了,没传上来,我用ofakeg转换了一下,发现另一个小分子越来越远离C18了,请问是否还有必要继续优化呢?ofakeg修改上传在上一条评论里了
社会浮躁

105

帖子

0

威望

500

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

728#
发表于 Post on 2023-3-1 20:21:43 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2023-3-1 19:51
这个你要各个热力学量怎样从频率计算出来的,推荐看Shermo的手册。"scale = "就是频率先乘上这个因子,再 ...

老师,能分享一下手册吗,感谢

977

帖子

0

威望

1929

eV
积分
2906

Level 5 (御坂)

偽語言學家+註冊摸魚師

729#
发表于 Post on 2023-3-1 20:30:26 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2023-3-1 20:21
老师,能分享一下手册吗,感谢

http://sobereva.com/soft/shermo/
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

730#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-2 05:19:56 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-3-1 19:52
老师您好,out文件有点大了,没传上来,我用ofakeg转换了一下,发现另一个小分子越来越远离C18了,请问是 ...

如置顶的新社员必读贴和论坛的版头所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛空间、节约下载耗时
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

731#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-2 05:20:29 | 只看该作者 Only view this author
DDb 发表于 2023-3-1 19:24
各位老师好  我想问一下 可以用mesmer计算无垒反应的速率常数吗

不是量化问题不要在此贴问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

165

帖子

0

威望

836

eV
积分
1001

Level 4 (黑子)

732#
发表于 Post on 2023-3-2 08:16:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-2 05:19
如置顶的新社员必读贴和论坛的版头所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛 ...

嗯嗯,好的老师
社会浮躁

4

帖子

0

威望

117

eV
积分
121

Level 2 能力者

733#
发表于 Post on 2023-3-2 09:11:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cll 于 2023-3-2 09:19 编辑


请问优化次数,和自洽迭代次数有什么区别嘛,当我比较不同结构键能时,某个结构优化后未收敛,增大优化次数或自洽循环次数会不会导致不同结构间计算出来的能量没有可比性?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

734#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-2 09:14:57 | 只看该作者 Only view this author
cll 发表于 2023-3-2 09:11
请问优化次数,和自洽迭代次数有什么区别嘛,当我比较不同结构键能时,某个结构优化后未收敛,增大优化 ...

看置顶的社员必读贴了解怎么正确上传图片
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

269

帖子

0

威望

2060

eV
积分
2329

Level 5 (御坂)

735#
发表于 Post on 2023-3-2 09:46:24 | 只看该作者 Only view this author
想跟大家请教一下,我在用高斯做一个醇氧化生成醛的反应,在评估某一步反应的过程中,发现会生成HCl(溶剂模型是CPCM 溶剂为甲醇)。在从热力学上评估这一步的过程中是直接计算使用HCl的吉布斯自由能比较好,还是带入H+ 和Cl-的吉布斯自由能比较好呢。对于这一步反应的吉布斯自由能变化值影响会很大么。
努力做计算的小菜鸡

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 12:00 , Processed in 0.217012 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list