简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-4 17:49:06

本帖最后由 wzkchem5 于 2023-3-4 10:56 编辑

NGC626 发表于 2023-3-3 01:33
各位老师好，我想计算包含C18的Interaction energy，请问应该用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with normalPNO and ...

体系不是特别大（例如少于50个原子）的话，建议tightPNO。此外可以考虑用F12校正基组误差。另外如果你这里C18指的是18碳环的话（下次建议说清楚，C18也可能指18个碳的直链烷烃），体系有一定的多参考态性质，建议用iterative triples。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-4 17:50:11

NGC626 发表于 2023-3-3 00:59
老师好，这是我的计算参数，请问应该把notrah加在哪个位置呢？
! wB97X-V def2-QZVPP def2/J RIJCOSX st ...

第一行的任意位置

慢半拍的小陈 · 发表于 Post on 2023-3-5 15:33:19

用G4热力学组合方法算某过渡态的热力学数据，高斯报错显示L913。报错信息为超过了最大的迭代圈数，请问可以加什么关键词增加迭代的圈数使之收敛呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-5 17:19:50

慢半拍的小陈发表于 2023-3-5 08:33
用G4热力学组合方法算某过渡态的热力学数据，高斯报错显示L913。报错信息为超过了最大的迭代圈数，请问可以 ...

在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里面搜L913

慢半拍的小陈 · 发表于 Post on 2023-3-5 20:32:18

wzkchem5 发表于 2023-3-5 17:19
在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里面搜L913

搜过了老师。贴子里面用CCSD(T)方法算单点能时，高斯报错L913。可以加maxcycle=100这种关键词。但是这个热力学组合方法没有说如何加关键词。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-5 21:05:51

慢半拍的小陈发表于 2023-3-5 13:32
搜过了老师。贴子里面用CCSD(T)方法算单点能时，高斯报错L913。可以加maxcycle=100这种关键词。但是这个 ...

固然G4不等于CCSD(T)，但是G4里包含CCSD(T)计算，我估计你报错就是在CCSD(T)的步骤报错的（这个需要你自己检查一下），如果是的话，应该可以仿照CCSD(T)的做法

慢半拍的小陈 · 发表于 Post on 2023-3-5 22:36:10

wzkchem5 发表于 2023-3-5 21:05
固然G4不等于CCSD(T)，但是G4里包含CCSD(T)计算，我估计你报错就是在CCSD(T)的步骤报错的（这个需要你自 ...

好的，谢谢老师。找高斯手册中找到了相关关键词

AndrewX · 发表于 Post on 2023-3-6 06:00:41

请问老师，当我把.31文件拖进Multiwfn之后输入37就闪退是什么原因？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-7 09:35:38

请教各位老师，附件里是我优化好的反应物的out文件，想要寻找C11上的过氧基OO*和相邻C上的H原子以五元环协同消除HO2自由基形成烯烃的过渡态，按理说这个反应并不复杂，但是一直找不到TS，我自己构建的TS初猜结构也放在附件里，我应该如何寻找想要的过渡态呢？老师们有什么建议吗？谢谢

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-7 14:40:22

请教各位老师，还有另一个反应也一直困扰我。附件里是我优化好的反应物的out文件，想要寻找C11上的氢过氧基HOO*发生β-断裂脱去HO2自由基，与C7形成烯烃的过渡态；自己构建的TS思路就是把对应的键拉长、缩短，如TS-2.gjf，但是一直找不到TS，请问老师我应该如何寻找想要的过渡态呢？老师们有什么建议吗？谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-7 17:47:43

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-7 02:35
请教各位老师，附件里是我优化好的反应物的out文件，想要寻找C11上的过氧基OO*和相邻C上的H原子以五元环协 ...

考虑了这个反应可能是无垒反应的可能性了吗？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-7 20:59:40

wzkchem5 发表于 2023-3-7 17:47
考虑了这个反应可能是无垒反应的可能性了吗？

老师，我就是仿照图中所示的反应路径在尝试，但是对于图中标出的两个路径一直找不到TS。我不知道是自己的TS初猜构建的有问题，还是像您说的无能垒

。怎么判断是不是无能垒呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-7 21:40:45

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-7 13:59
老师，我就是仿照图中所示的反应路径在尝试，但是对于图中标出的两个路径一直找不到TS。我不知道是自己的 ...

做柔性扫描，从单分子的一侧往双分子的一侧扫，一直扫到该断的键的长度大于范德华半径之和，看看能量是不是单调增加

sai77 · 发表于 Post on 2023-3-8 08:21:08

本帖最后由 sai77 于 2023-3-8 08:45 编辑

请问基组写在关键词里和写在自定义处结果不一样
我看了输出文件，写在关键词里的显示Standard basis: 6-31G(d,p) (6D, 7F)
写在自定义基组里的显示General basis read from cards: (5D, 7F)
请教：为什么会有这种差别？谢谢！

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已在论坛找到类似问题和解答。
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=29971

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-8 09:06:10

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-8 09:15 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-7 21:40
做柔性扫描，从单分子的一侧往双分子的一侧扫，一直扫到该断的键的长度大于范德华半径之和，看看能量是不 ...

老师比如这个结构，我就扫描C-OOH的C-O键，从单分子扫描至较远；附件里是我之前在寻找TS做过的键长扫描out文件，我从C-O键长1.45扫描至2.41（0.05埃扫描了20步）；但是如您说的能量一直在上升，目前扫描终点的物质也不是想要的烯烃产物；请问是扫描的距离还不够吗，还是说根本不会产生我所设想的烯烃产物呢？谢谢老师

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖