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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-3-1 15:35:07 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-3-1 15:25
想跟大家请教一下,我在用高斯计算反应机理,目前计算的催化剂中心原子是P,温度323.15 K,溶剂CPCM(乙酸乙 ...

要尽量与实验条件一致。当然如果算TS或IRC是基于单点能,指定温度没用。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 15:49:13 | 只看该作者 Only view this author
davi 发表于 2023-3-1 15:32
老师,我想问问如果加了矫正因子,下面算出来的热力学信息是已经矫正过的吗,以及热力学分析之前的频率,是 ...

热力学量是考虑了校正因子的
频率还是原始的
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发表于 Post on 2023-3-1 15:50:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-1 15:49
热力学量是考虑了校正因子的
频率还是原始的

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 15:50:11 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-3-1 15:25
想跟大家请教一下,我在用高斯计算反应机理,目前计算的催化剂中心原子是P,温度323.15 K,溶剂CPCM(乙酸乙 ...

显然得一致,否则没可比性。本来溶剂效应就可能对反应有重要影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 15:51:26 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2023-3-1 15:10
老师好,最近在学习量子化学。
想请教一下理论方法是不是对应哈密顿算符,而基组对应的是波函数?
因为是 ...

不是
基组是数值求解层面才涉及的东西。相当于把物理问题离散化便于计算机求解用到的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 15:53:01 | 只看该作者 Only view this author
learn-GAUSSIAN 发表于 2023-2-28 16:27
请问我在对分子结构进行优化时 ,假如我的输出文件报错,这时我将报错的.log文件在gaussian view中打开,然 ...

那叫GaussView

如果用的关键词合理,初始结构得当,优化完的结构符合化学常识,一般就没问题。这跟你之前出错与否没有任何直接关系。

但凡提到报错,以后必须自觉交代清楚什么报错。
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吴双 发表于 2023-2-27 21:35
各位老师好,想跟大家请教一下在使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(http://sobereva.com/44 ...

使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
此文说了(“3 显示轨道中指定原子贡献的部分”),可以对轨道做屏蔽,只体现某些原子的贡献。得到轨道cub文件后照常用VMD绘制。
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NGC626 发表于 2023-2-27 18:57
另外还想请教一下sob老师,请问博文540中的体系为何银是3层呢?边界需要加氢饱和的情况有哪些呢?

3层是为了节约耗时,这是能忍受的最小层数
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1000ninus7 发表于 2023-2-27 15:46
老师你好,请问计算这个分子的福井函数时,由于分子本身是中性,双重态,那么N+1和N-1的电荷和重态分别是1  ...

仔细看此文末尾部分
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
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吴双 发表于 2023-2-27 20:28
想跟大家请教一下,想看一下Pt原子负载在一个金属氧化物载体上(其中Pt与金属氧化物载体的4个O成键),想确 ...

用Multiwfn做轨道定域化,然后对定域化轨道的成分进行分析,看下文
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-27 11:06
社长,我现在申请到一个64核的服务器,管理员说物理内存是128G,我用free查看了一下,结果如图。①那么我 ...

既然有128GB干嘛只用60GB?明明耦合簇是非常耗内存的任务
看此文
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html
不要把缓存占用的部分当做不可分配的内存部分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 16:00:15 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2023-2-27 10:12
请问各位老师用高斯算自旋耦合的时候,无报错断了之后,如何续算呢?

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
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发表于 Post on 2023-3-1 16:26:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-1 15:49
热力学量是考虑了校正因子的
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社长,我还想问问,看论文经常看到“零点能矫正 ”和“矫正因子”这种说法,它们是一个意思吗,比如在关键词那里加了“scale=”

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发表于 Post on 2023-3-1 16:38:06 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2023-3-1 08:10
老师好,最近在学习量子化学。
想请教一下理论方法是不是对应哈密顿算符,而基组对应的是波函数?
因为是 ...

粗略地讲,理论方法是哈密顿算符,基组是展开波函数所用的基,分子轨道才是波函数
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2023-3-1 16:38:52 | 只看该作者 Only view this author
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想跟大家请教一下,我在用高斯计算反应机理,目前计算的催化剂中心原子是P,温度323.15 K,溶剂CPCM(乙酸乙 ...

当然要一致,否则算出来的影响不知是更换原子导致的还是去除溶剂效应导致的
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