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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-3-16 10:01:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-3-16 14:34 编辑

请教各位老师,我在ORCA中利用“%pal nprocs 32
end
! UHF DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF
%maxcore 2000
* xyz 0 2”的设置计算图示体系的电子能量,算了一个多小时结束。对于64核机子,内存如图,应该是有85GB可用;①如果换成tightPNO对于我目前的条件能算的起吗?②我的条件一次只能交一个作业吧?是设置64核,%maxcore 1000,还是8核把内存相应的设置大一点,比如10000更好呢?③orca计算的能量是在图片2蓝色的位置读取吗?谢谢老师

202303160954169228..png (38.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

202303160954169228..png

202303161001291476..png (30.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

图片2

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发表于 Post on 2023-3-16 10:26:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-16 00:39
Gaussian如果根据输入文件里的结构判断出了正确的点群,做振动分析产生的各个振动模式会自动指认出恰当的 ...

老师有操作或者学习的博文可以指条路吗

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发表于 Post on 2023-3-16 15:37:54 | 只看该作者 Only view this author
想跟大家请教一下,在文献中看到可以用VASP计算Bader电荷,看整体中分块(例如整体为ABC,可以人为的划分为3块A B C 考虑单独模块的变化趋势)的电荷变化趋势,如果想用高斯也做这样的描述的话,考虑物质整体电荷的话怎么描述更合理呢?

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发表于 Post on 2023-3-16 16:20:11 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用ORCA在TDA/PBE0/def2-SV(P)计算一个170原子(带两个def2-TZVP(-f)的Cu原子)的体系的激发能,产生了70个G的临时文件后,出现了以下报错(已经大大减小了nprocs,基组也不太好再降低了,只算了最低的10个激发能)
  1. ORCA finished by error termination in MP2
  2. Calling Command: mpiexec -np 6  D:\ORCA\orca_mp2_mpi.exe D:\ORCA\2b\2b-vertical.mp2inp.tmp D:\ORCA\2b\2b-vertical
  3. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  4.   .... aborting the run
复制代码
在论坛里搜索出现这个问题都是在双杂化泛函的单点计算中,请问在TDA计算中碰到这个问题该如何处理呢?可以续算吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-3-16 16:33:10 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,如果反应物和产物都可以优化出来,是否表示一定会有 反应物-TS-产物 的反应路径呢?谢谢

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发表于 Post on 2023-3-16 17:13:32 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-16 09:33
请教各位老师,如果反应物和产物都可以优化出来,是否表示一定会有 反应物-TS-产物 的反应路径呢?谢谢

当反应物和产物的原子数目和种类相同,电荷、自旋多重度也相同,且都没有虚频的时候,一定存在一条反应路径。但是这条路径上的过渡态数目有可能不止一个,可能是 反应物-TS1-中间体-TS2-产物,甚至更多个TS。个别情况下反应物甚至可能会解离开,再从另一个角度重新复合,再得到产物。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2023-3-16 17:14:35 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-3-16 09:20
各位老师好,我用ORCA在TDA/PBE0/def2-SV(P)计算一个170原子(带两个def2-TZVP(-f)的Cu原子)的体系的激发 ...

你是不是按MO-TDDFT写的输入文件?只有MO-TDDFT会调用MP2模块计算分子轨道积分,但是算稍微大一点的体系都应该用AO-TDDFT。按AO-TDDFT的写法来写,再试
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-3-16 17:15:35 | 只看该作者 Only view this author
XiaoZeng 发表于 2023-3-16 03:26
老师有操作或者学习的博文可以指条路吗

但凡懂英文,都能自己从输出文件看懂。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-3-16 17:17:55 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-16 03:01
请教各位老师,我在ORCA中利用“%pal nprocs 32
end
! UHF DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVT ...

可以尝试一下TightPNO,不保证一定能算得动,但是算得动的概率还是比较大的
核数暂时不用动,发现内存不足或算得太慢再调整
是的,一种等价的但更有普适性的方法是从FINAL SINGLE POINT ENERGY处读取。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-3-16 17:32:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:14
你是不是按MO-TDDFT写的输入文件?只有MO-TDDFT会调用MP2模块计算分子轨道积分,但是算稍微大一点的体系 ...

我是用Multiwfn生成输入文件的功能直接生成的,%tddft nroots 10 mode riints_disk,同时用了def2-SVP/C,出现MP2的部分我也很吃惊。我改成普通的TDDFT来试试。另外老师您有MO-TDDFT和AO-TDDFT的相关资料吗?我也是第一次了解到这样的概念,手册里没找到。

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发表于 Post on 2023-3-16 17:35:06 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-3-16 10:32
我是用Multiwfn生成输入文件的功能直接生成的,%tddft nroots 10 mode riints_disk,同时用了def2-SVP/C ...

在orca手册里搜riints就找到了
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发表于 Post on 2023-3-16 19:14:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:35
在orca手册里搜riints就找到了

谢谢老师,看到这是一种more disk-intensive的方法了,了解的真的太少了。我改用不设置riints disk的TDA方法或者TDDFT方法就可以了吧。

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发表于 Post on 2023-3-16 20:27:45 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-3-16 12:14
谢谢老师,看到这是一种more disk-intensive的方法了,了解的真的太少了。我改用不设置riints disk的TDA ...

Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-3-16 21:05:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:17
可以尝试一下TightPNO,不保证一定能算得动,但是算得动的概率还是比较大的
核数暂时不用动,发现内存不 ...

谢谢老师,①我试了tightNPO好像可以的,out文件在附件,这样就是没问题的吧,可以麻烦您看看嘛?。另外再请问一下老师,②普通的自旋多重度为2的自由基和稳定分子,我直接拿高斯优化的结构,通过orca结合上述关键词(加或不加HUF、0 2或0 1 调整)计算单点能就行吧,还是必须要读取高斯的稳定UHF才能计算呢?谢谢老师

e-tsQC1OO-4mHS.out

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发表于 Post on 2023-3-16 21:15:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:13
当反应物和产物的原子数目和种类相同,电荷、自旋多重度也相同,且都没有虚频的时候,一定存在一条反应路 ...

老师,比如图示的反应路径,我按照之前您教的方法,看产物的p轨道,应该都在双键C=C的两个锥面的角角上,有一定夹角,产物和反应物可以优化出来。然而我却找不到反应的TS,想要再请您看看是压根不能发生该反应还是单纯我没找到呢?谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

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