简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-16 21:17:09

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-16 14:05
谢谢老师，①我试了tightNPO好像可以的，out文件在附件，这样就是没问题的吧，可以麻烦您看看嘛？。另外 ...

没问题
可以直接用orca计算单点能。之所以存在读取高斯的波函数的说法，是因为orca以前的SCF收敛做得不好，波函数稳定性分析也做得不好，所以有人建议在高斯里先收敛再传给orca。现在orca有了TRAH方法，收敛到稳定波函数的概率比普通算法高一个数量级（https://aip.scitation.org/doi/10.1063/5.0040798），而且在orca里也可以做波函数稳定性分析，所以之前他们给这种建议所依据的基础已经基本不存在了，从高斯传轨道反倒会因为需要更多人工而浪费计算时间。

吴双 · 发表于 Post on 2023-3-16 21:48:08

想跟大家请教一下，用高斯做柔性扫描时，限制两根键长，需要限制的这两个键长步数一样么。

陈小黑啊啊啊 · 发表于 Post on 2023-3-16 22:28:30

请问使用g16用自定义基组几何优化甜菜碱的指令如下，请问指令是否有错误？
%Nproc=12
%chk=BHC1.chk
%mem=32GB
#  opt/gen

247

0 2
O                1.95210610 -0.86637287 -0.05329635
O                1.12417571 -2.46280327 1.42788802
N                -0.68813052 0.14206312 -0.22319701
C                -0.37783178 -0.60308383 1.00536561
C                -1.19887346 -0.56833227 -1.40446739
C                -2.06508143 0.34704990 0.24887506
C                -0.48768109 1.59756746 -0.27049473
C                0.93924682 -1.37850231 0.81661198
H                -0.27493080 0.08142824 1.82130680
H                -1.16998136 -1.29121666 1.21483204
H                -1.52532979 -1.54649309 -1.11892130
H                -2.02175813 -0.02469478 -1.81946241
H                -0.42130296 -0.65090623 -2.13485490
H                -2.07187517 1.09335445 1.01561200
H                -2.67778490 0.66860055 -0.56727175
H                -2.44786073 -0.57159369 0.64190964
H                -0.36940356 1.97381830 0.72416340
H                0.38951484 1.81841195 -0.84202731
H                -1.33725745 2.05992181 -0.72804375
H                0.24859635 0.00263306 -0.54434294

H    0
S 3 1.00
   34.0613410             0.60251978D-02
   5.1235746             0.45021094D-01
   1.1646626             0.20189726
S 1 1.00
   0.32723041          1.0000000
S 1 1.00
   0.10307241          1.0000000
P 1 1.00
   0.8000000             1.0000000
****
C    0
S 6 1.00
  13575.3496820             0.22245814352D-03
2035.2333680             0.17232738252D-02
463.22562359          0.89255715314D-02
131.20019598          0.35727984502D-01
   42.853015891          0.11076259931
   15.584185766          0.24295627626
S 2 1.00
   6.2067138508          0.41440263448
   2.5764896527          0.23744968655
S 1 1.00
   0.57696339419       1.0000000
S 1 1.00
   0.22972831358       1.0000000
S 1 1.00
   0.95164440028D-01    1.0000000
P 4 1.00
   34.697232244          0.53333657805D-02
   7.9582622826          0.35864109092D-01
   2.3780826883          0.14215873329
   0.81433208183       0.34270471845
P 1 1.00
   0.28887547253          .46445822433
P 1 1.00
   0.10056823671          .24955789874
D 1 1.00
   1.09700000          1.0000000
D 1 1.00
   0.31800000          1.0000000
F 1 1.00
   0.76100000          1.0000000
****
N    0
S 6 1.00
  19730.8006470             0.21887984991D-03
2957.8958745             0.16960708803D-02
673.22133595          0.87954603538D-02
190.68249494          0.35359382605D-01
   62.295441898          0.11095789217
   22.654161182          0.24982972552
S 2 1.00
   8.9791477428          0.40623896148
   3.6863002370          0.24338217176
S 1 1.00
   0.84660076805       1.0000000
S 1 1.00
   0.33647133771       1.0000000
S 1 1.00
   0.13647653675       1.0000000
P 4 1.00
   49.200380510          0.55552416751D-02
   11.346790537          0.38052379723D-01
   3.4273972411          0.14953671029
   1.1785525134          0.34949305230
P 1 1.00
   0.41642204972          .45843153697
P 1 1.00
   0.14260826011          .24428771672
D 1 1.00
   1.65400000          1.0000000
D 1 1.00
   0.46900000          1.0000000
F 1 1.00
   1.09300000          1.0000000
****
O    0
S 6 1.00
  27032.3826310             0.21726302465D-03
4052.3871392             0.16838662199D-02
922.32722710          0.87395616265D-02
261.24070989          0.35239968808D-01
   85.354641351          0.11153519115
   31.035035245          0.25588953961
S 2 1.00
   12.260860728          0.39768730901
   4.9987076005          0.24627849430
S 1 1.00
   1.1703108158          1.0000000
S 1 1.00
   0.46474740994       1.0000000
S 1 1.00
   0.18504536357       1.0000000
P 4 1.00
   63.274954801          0.60685103418D-02
   14.627049379          0.41912575824D-01
   4.4501223456          0.16153841088
   1.5275799647          0.35706951311
P 1 1.00
   0.52935117943          .44794207502
P 1 1.00
   0.17478421270          .24446069663
D 1 1.00
   2.31400000          1.0000000
D 1 1.00
   0.64500000          1.0000000
F 1 1.00
   1.42800000          1.0000000
****

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-16 23:30:31

没写泛函
注意 opt 表示的是计算任务的类型，不是套到“泛函/基组”的泛函那里的

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-17 03:21:00

吴双发表于 2023-3-16 15:37
想跟大家请教一下，在文献中看到可以用VASP计算Bader电荷，看整体中分块（例如整体为ABC,可以人为的划分为3 ...

VASP自身没有算AIM电荷的功能
Gaussian用户算AIM电荷可以用Multiwfn，看
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
不涉及什么分块一说，顶多说片段的原子电荷，把片段内的原子电荷加和就完了。
“考虑物质整体电荷”语义不明。体系的净电荷是自己设的

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-17 03:22:34

吴双发表于 2023-3-16 21:48
想跟大家请教一下，用高斯做柔性扫描时，限制两根键长，需要限制的这两个键长步数一样么。

语义不明
都限制了长度，哪来的步数概念

primashen · 发表于 Post on 2023-3-17 08:52:29

请教各位老师，wb97xd优化基态闭壳结构后，会高估HOMO-LUMO能隙，在其优化结构基础上用b3lyp计算HOMO和LUMO会得到相对合理的能隙。那么：（1）b3lyp计算得到的HOMO、LUMO及其它轨道是否和wb97xd计算得到的对应，或者说HOMO、LUMO等轨道的电子云分布是一致的，只是能级值重新计算了一下；（2）对于开壳单重态OS和T1态，是否也是电子云密度分布相同，只是重新计算能级值呢。谢谢各位老师。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-17 09:21:43

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-17 09:26 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-16 21:17
没问题
可以直接用orca计算单点能。之所以存在读取高斯的波函数的说法，是因为orca以前的SCF收敛做得不 ...

谢谢老师，请问对于“! UHF DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF”类型的单点能计算，T1诊断就再次“! UHF CCSD(T) cc-pVDZ ” 再计算一次？

Yuna@163.com · 发表于 Post on 2023-3-17 10:54:58

本帖最后由 Yuna@163.com 于 2023-3-17 10:56 编辑

新手想问一下，我想计算带电荷分子激发单重态与激发三重态的能隙，输入文件的电荷数及自旋多重度应该怎么设定？需不需要考虑溶剂模型？希望各位大佬赐教

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-17 13:46:30

Yuna@163.com 发表于 2023-3-17 10:54
新手想问一下，我想计算带电荷分子激发单重态与激发三重态的能隙，输入文件的电荷数及自旋多重度应该怎么设 ...

说清楚能隙具体是谁和谁之间的
不要把“单重态激发态”说成“激发单重态”，后者莫名其妙
净电荷你自己自然知道
不说体系没人能告诉你自旋多重度该是多少
溶剂模型的必要性显然看实际外环境是什么

认真把此文看了再问
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-17 13:50:44

primashen 发表于 2023-3-17 08:52
请教各位老师，wb97xd优化基态闭壳结构后，会高估HOMO-LUMO能隙，在其优化结构基础上用b3lyp计算HOMO和LUMO ...

(1)轨道波函数不会完全一致。还有可能顺序都不一样，比如B3LYP的HOMO-1大体对应wB97XD的HOMO，显然都看HOMO的话更是截然不同了
顺带一提，Multiwfn有计算两套波函数文件里轨道对应关系、得到彼此线性变换系数的功能，看Multiwfn手册3.200.6节

(2) 电子密度也不同

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-17 14:03:11

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-17 02:21
谢谢老师，请问对于“! UHF DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF”类型 ...

T1诊断直接读DLPNO-CCSD(T)，没人规定T1诊断必须用cc-pVDZ，也没人规定不能用DLPNO
另外注意T1诊断作为判断CCSD(T)计算是否靠谱的手段，已经越来越不被认可了，因为它严格来说只能说明参考波函数的可靠性，不是特别适合于衡量多参考态特性。应该同时兼看T2

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-17 14:32:07

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-17 14:38 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-17 14:03
T1诊断直接读DLPNO-CCSD(T)，没人规定T1诊断必须用cc-pVDZ，也没人规定不能用DLPNO
另外注意T1诊断作为 ...

谢谢老师，①我在out文件看到DLPNO-CCSD(T)下的T1诊断值了，请问您说的T2诊断值是什么呢？②刚才有一个计算任务（ %pal nprocs 8、 %maxcore 8000）报错“ORCA finished by error termination in SCF”，这种情况是内存不够吗？还是我需要在高斯跑一个cc-pVTZ基组的UHF单点（stable=opt），转换成gbw文件作为DLPNO-CCSD(T)任务的轨道初猜让orca读取再计算吗？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-17 14:46:32

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-17 07:32
谢谢老师，①我在out文件看到DLPNO-CCSD(T)下的T1诊断值了，请问您说的T2诊断值是什么呢？②刚才有一个计 ...

输出文件里给了，自己就能找到
仔细看输出信息，ORCA finished by error termination in SCF，顾名思义是SCF就出问题了，这么小的体系显然不可能SCF就内存不够。自己判断是不是因为SCF不收敛（注意这个报错并不必然意味着SCF不收敛，必须打开输出文件自己判断），如果是的话，检查输入文件有没有写错，如果没有写错，按https://sites.google.com/site/or ... -convergence-issues的方法一个一个试，全试完都不行再来问，问的时候详细说明哪些方法让收敛变好了，哪些让收敛变差了，哪怕少试一种方法我们都会拒绝回答

XiaoZeng · 发表于 Post on 2023-3-17 15:16:04

wzkchem5 发表于 2023-3-16 17:15
但凡懂英文，都能自己从输出文件看懂。

好的老师

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

gaussian g16使用自定义基组几何优化甜菜碱分子指令

计算激发单、三重态能隙问题