简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-17 20:39:59

请教老师，“将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法”一文提到：此文件（orca的.inp输入文件）里的结构和上面Gaussian输入文件里的结构精确一致。如果高斯在构造稳定波函数的时候没加nosymm，只要确保orca输入文件的坐标与.chk一致是不是就可以呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-17 22:55:13

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-17 20:39
请教老师，“将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法”一文提到：此文件（orca的.inp输入 ...

如果你不确信Gaussian输入文件里的坐标是不是就已经处在标准朝向下，那就用Multiwfn载入fch文件，主功能100的子功能2保存成xyz或gjf文件，把里面的笛卡尔坐标用作ORCA输入文件的坐标，这样才能保证坐标和波函数对应

ncepu-stt · 发表于 Post on 2023-3-17 23:15:23

本帖最后由 ncepu-stt 于 2023-3-17 23:19 编辑

在计算Mg团簇吸附氢的吸附能时（如模型），计算结构没有能量输出，显示没有核磁共振张量，是优化不收敛还是什么原因呢？这种问题应该怎么解决呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-17 23:33:56

“没有核磁共振张量”只是程序顺便提了一嘴而已，并不是报错的原因。要找报错的原因得再往上看，可能要往上找好几百行才能找到

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-18 00:23:29

ncepu-stt 发表于 2023-3-17 23:15
在计算Mg团簇吸附氢的吸附能时（如模型），计算结构没有能量输出，显示没有核磁共振张量，是优化不收敛还是 ...

opt任务l9999错误99%的可能都是几何优化到了步数上限没收敛，网上看输出信息就能看到原因。仔细看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

奶啵啵 · 发表于 Post on 2023-3-18 12:45:39

俺今天整的虚拟机，刚安装上就没内存了，，，这这是怎么回事，

奶啵啵 · 发表于 Post on 2023-3-18 12:46:24

奶啵啵发表于 2023-3-18 12:45
俺今天整的虚拟机，刚安装上就没内存了，，，这这是怎么回事，

纯linux新手，以前一直忍受win版

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-18 13:39:37

奶啵啵发表于 2023-3-18 12:45
俺今天整的虚拟机，刚安装上就没内存了，，，这这是怎么回事，

跟量子化学没直接关系的问题别在此帖问，去http://bbs.keinsci.com/forum-95-1.html发帖，选[虚拟机]分类

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-18 16:10:47

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-18 16:12 编辑

sobereva 发表于 2023-3-17 22:55
如果你不确信Gaussian输入文件里的坐标是不是就已经处在标准朝向下，那就用Multiwfn载入fch文件，主功能1 ...

谢谢社长，检查了是一致的~但是我转化出来的.gbw和.inp文件放在一个位置（/home/fym/TL/ORCA）计算时，orca却无法读取，输出文件显示“Checking for AutoStart:The File: e-tsQC1OOH5m-O.gbw exists
Trying to determine its content:
... The file could not be opened - skipping AutoStart
[file orca_main/mainfcts.cpp, line 1430]: Cannot open gbw file”，计算的命令就是/home/fym/TL/ORCA/orca xx.inp > xx.out &，请问这是什么原因呢？

KCM@SHU · 发表于 Post on 2023-3-18 16:13:38

本帖最后由 KCM@SHU 于 2023-3-18 21:00 编辑

各位老师我想问一下就是如果在做分子动力学模拟的时候，各个原子之间的力场参数会受化学环境的影响大吗？比如我想模拟一个铀酰离子和一个有机物的相互作用时我没有找到相关的文献写铀酰离子和这个有机物的相互作用，但是我东拼西凑可以找到铀酰和这个组成这个有机物的各个原子作用的力场参数，我用这些参数去做模拟是可以的吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-18 17:21:00

KCM@SHU 发表于 2023-3-18 09:13
各位老师我想问一下就是如果在做分子动力学模拟的时候，各个原子之间的函数参数会受化学环境的影响大吗？比 ...

“函数参数”不是正规化学术语，改成正规化学术语再问，否则有歧义

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-18 17:21:58

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-18 09:10
谢谢社长，检查了是一致的~但是我转化出来的.gbw和.inp文件放在一个位置（/home/fym/TL/ORCA）计算时，or ...

检查gbw文件是否有可读权限，是否已损坏，是否是用和orca同一个版本的orca_2mkl转换出来的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-18 17:38:21

wzkchem5 发表于 2023-3-18 17:21
检查gbw文件是否有可读权限，是否已损坏，是否是用和orca同一个版本的orca_2mkl转换出来的

老师，①图片表示应该是有.gbw的读写权限，附件里是其中一个文件，应该没有损坏？②就在当前目录下运行orca_2mkl xx -gbw，这意味着使用同一版本的orca吧？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-18 18:11:55

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-18 10:38
老师，①图片表示应该是有.gbw的读写权限，附件里是其中一个文件，应该没有损坏？②就在当前目录下运行or ...

“就在当前目录下运行orca_2mkl xx -gbw，这意味着使用同一版本的orca吧？”未必，这个取决于你的PATH变量是怎么设置的

KCM@SHU · 发表于 Post on 2023-3-18 21:01:26

wzkchem5 发表于 2023-3-18 17:21
“函数参数”不是正规化学术语，改成正规化学术语再问，否则有歧义

好的老师

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

计算显示无核磁共振张量，如何解决？