几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-1 11:50:55

sobereva 发表于 2015-2-1 11:46
不用设-at，用默认即可

直接把RESP电荷写进ATB给出的.itp里即可。不过，ATB某些时候自动确定的力场参 ...

明白了，我再去检查研究，感谢sob老师指点

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-2 21:07:05

本帖最后由 kunkun 于 2015-2-3 01:41 编辑

sobereva 发表于 2015-2-1 11:46
不用设-at，用默认即可

直接把RESP电荷写进ATB给出的.itp里即可。不过，ATB某些时候自动确定的力场参 ...

sob老师，我用高斯09计算ESP 用antechamber拟合resp电荷的过程中，根据网上的说法，在gjf指令文件里面添加了antechamber-ini.esp
antechamber.esp
但是产出的结果却无此两文件（混存文件夹内也无），我有安装ambertools（一开始还以为是学校机子没有安装的缘故）
我使用的参数是opt hf/6-31g* pop=MK iop(6/50=1) 应该是设置了高斯计算静电势的。但是在antechamber中使用gout文件生成mol2文件时，却提示我需要添加iop（6/50=1）的提示，说无ESP参数....

-------------
后来看了老师的帖子发现 iop（3/33)和（6/42）才是关于esp的拟合的，但是为何网上那么多教程推荐高斯09计算esp用的是6/50=1呢...-------------
原来高斯09b1之后6/50取代了3/33..
我后来看了生成的mol2 发现resp拟合后的电荷和ATB拟合出来的差挺多的..(十六碳烷基),ATB的电荷计算出来还是不够准确。也不知道自己算的是不是更准确
grompp之后发现..antechamber经过拟合和优化的resp的均值精确到6位数，最终整体还是带负电的。。尽管我添加了-nc 0
最后只能自己用ultraedit，算均值，然后手动微调

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-3 04:17:26

kunkun 发表于 2015-2-2 21:07
sob老师，我用高斯09计算ESP 用antechamber拟合resp电荷的过程中，根据网上的说法，在gjf指令文件里面添 ...

IOp指令和高斯版本有关，早期高斯09比较恣睢，乱改输出。

ATB直接给出的电荷不算理想，只能说自己懒得算的话可以勉强用。
实际上AM1-BCC也是很好的选择，虽然是对RESP的近似，但实际模拟结果往往更好。而且直接靠antechamber自身就能给出，免得借用Gaussian了，方便很多。

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-3 17:55:17

sobereva 发表于 2015-2-3 04:17
IOp指令和高斯版本有关，早期高斯09比较恣睢，乱改输出。

ATB直接给出的电荷不算理想，只能说自己懒得 ...

感谢sob老师，我两种电荷分布都试试，看看哪个更适合我的体系

之前的ATB模拟出来的跟实验不太相符

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-6 15:00:13

本帖最后由 kunkun 于 2015-2-6 15:01 编辑

sobereva 发表于 2015-2-3 04:17
IOp指令和高斯版本有关，早期高斯09比较恣睢，乱改输出。

ATB直接给出的电荷不算理想，只能说自己懒得 ...

sob老师，我用antchamber计算的resp和bcc电荷，我仔细观察了下，有以下区别，resp电荷的每个charge group电荷有正有负，但总和为0。bcc计算的电荷每个charge group的电荷都为0..这个是正常的么。（ps都是经过手动微微调整的，antchamber计算的总电荷，grompp时不为0）而且antchamber -j 5 和不用-j 5 产出的电荷是不同的..不知老师为何说AM1-BBC的计算更好。是否就在于charge group上的总电荷有关？

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-6 16:12:33

kunkun 发表于 2015-2-6 15:00
sob老师，我用antchamber计算的resp和bcc电荷，我仔细观察了下，有以下区别，resp电荷的每个charge group ...

并非am1-bcc比RESP好，只是说它虽然计算简单，但不一定比RESP差。
charge group没多大意义，其中电荷之和也并不需要非得为整数。只要从直觉上看各个原子电荷都合理就行了。
-j 5和默认的4可能在判断键的类型上有区别，导致处理时用的参数不同。就用默认的就行了。

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-6 19:43:26

sobereva 发表于 2015-2-6 16:12
并非am1-bcc比RESP好，只是说它虽然计算简单，但不一定比RESP差。
charge group没多大意义，其中电荷之 ...

原来如此，感谢sob老师。
老师我还有问题...
1 我在分析轨迹能量的时候，一般就只用到几个判断参数，总能势能温度压力和密度。还有些参数不知道代表的具体作用，G96angle、coulomb(SR)、LJ(SR)、LJ-14的意义何在？感觉文献上很少有提及这部分的参数。（或则说，对于体系平衡的判断），而且总能的波动也是上千个RMSD。。不知以老师的经验来说多少范围以内可以判断是波动比较小的（针对蛋白体系），并且在在他们后面的总流失数值那块的判断不是很到位。我看手册上的流失总数的大小是以比值来计算的，不知流失的比值占总值多少比较合适？

2 老师认为在正式md的时候，控温和空压是使用速度矫正berendsen和berendsen好，还是nose-hoover配合Parrinello-Rahman更稳定？我看手册上是推荐berendsen来迅速平衡，而nose+par-Rahman来MD。但是文献很多人都直接用berendsen就完事了...不知偶联的方式对总流失方面的数值影响如何？

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-6 20:46:17

kunkun 发表于 2015-2-6 19:43
原来如此，感谢sob老师。
老师我还有问题...
1 我在分析轨迹能量的时候，一般就只用到几个判断参数， ...

1 那些都是构成势能的具体能量项，一般不单独分析。我不清楚你说的流失数值是指什么。波动大小无所谓，只要平均值比较平稳，没有明显起伏就行。实际上，对于蛋白体系，靠势能、温度、密度等等这些量衡量不出什么来，因为只要占模拟体系的主体的溶剂平衡了，这些量也就差不多平衡了，反映不出蛋白是否平衡了。蛋白的平衡一般看蛋白的RMSD曲线。

2 虽然原理上是nose-hoover配合Parrinello-Rahman好，但实际上对大体系用berendsen不会有什么问题，用不着过度讲究，一些人把berendsen的问题夸大了

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-6 23:49:15

sobereva 发表于 2015-2-6 20:46
1 那些都是构成势能的具体能量项，一般不单独分析。我不清楚你说的流失数值是指什么。波动大小无所谓， ...

谢谢sob老师，看来我之前的设置还是可行的！

另外我说的流失值就是
Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Temperature                307.814    0.13 2.91965 0.994645  (K)
Pressure                -394.035       57 313.621 319.475  (bar)

此处的Tot-Drift的值..我看手册貌似是这么解释的..流失值
另外不知是否Err.Est是误差值..

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-7 08:56:04

kunkun 发表于 2015-2-6 23:49
谢谢sob老师，看来我之前的设置还是可行的！

另外我说的流失值就是

这些并不重要，平均值基本和期望的一致就行了。

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-7 15:17:57

sobereva 发表于 2015-2-7 08:56
这些并不重要，平均值基本和期望的一致就行了。

谢谢sob老师指导！

我就不继续纠结这些小问题了

shanshan · 发表于 Post on 2015-2-27 10:46:00

@sobereva
Sob老师，我根据回复中的两个ATB生成拓扑文件的例子试了，但是ATB或者PRODRG中生成的itp都把烷基上的氢去掉了

[ atoms ]
; nr    type  resnr resid  atom  cgnr charge    mass
   1    CH3    1  S28    CEZ    1 -0.084  15.0350
   2    CH2    1  S28    CFA    1 0.133  14.0270
   3       OA    1  S28    OFB    1 -0.224  15.9994
   4    CH2    1  S28    CEW    1 0.133  14.0270
   5    CH2    1  S28    CEX    1 0.133  14.0270
   6       OA    1  S28    OEY    1 -0.224  15.9994
   7    CH2    1  S28    CET    1 0.133  14.0270
   8    CH2    1  S28    CEU    2 0.117  14.0270
   9       OA    1  S28    OEV    2 -0.235  15.9994

在计算 grompp -f em.mdp -c system.gro -p system.top -o em.tpr的时候出现这样的错误：
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (system.gro, 827830)
         does not match topology (system.top, 827653)
我试了PRODRG的ADDHYD atomname，但还是不行，纠结了一天都搞不定。求问老师这个要这么解决啊

谢谢

kunkun · 发表于 Post on 2015-2-27 11:24:00

shanshan 发表于 2015-2-27 10:46
@sobereva
Sob老师，我根据回复中的两个ATB生成拓扑文件的例子试了，但是ATB或者PRODRG中生成的itp都把烷 ...

你的top中的分子数和gro文件的分子数不一致，检查一下top和gro，对应修改好top的分子数量就ok了

shanshan · 发表于 Post on 2015-2-28 03:13:03

kunkun 发表于 2015-2-27 11:24
你的top中的分子数和gro文件的分子数不一致，检查一下top和gro，对应修改好top的分子数量就ok了

谢谢。然后还有一个问题，如果是大分子长链的话是不是就不能用这个方法了呀，因为我看PRODRG在线的server不能算大分子。那我是不是就就能自己写残基rtp加到gromacs的database里？小白表示有点小难度。

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-28 05:06:12

shanshan 发表于 2015-2-28 03:13
谢谢。然后还有一个问题，如果是大分子长链的话是不是就不能用这个方法了呀，因为我看PRODRG在线的serv ...

如果长链大分子是由building block有规律地组成的，像是蛋白质、DNA，应该把building block写进rtp，而不是由ATB/prodrg直接生成大分子的拓扑信息。每个bulding block的.itp可以由ATB/prodrg产生，转换为rtp后，需适当处理一下边界。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具