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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 11:05:54 | 只看该作者 Only view this author
weiyi8061225 发表于 2020-3-6 16:17
sob老师,就是我的体系里是锌指蛋白,锌离子和蛋白质结合的时候,相邻的两个CYS是去氢的,但是自动加上的 ...

你是指CYS之间有二硫键还是什么其它情况?
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发表于 Post on 2020-3-13 08:29:34 | 只看该作者 Only view this author
请问是不是用gaussview画好分子以后直接保存为pdb就可以用TPPmktop生产拓扑文件了?我画了一个167个原子的分子试了几次都失败了,请问是什么原因?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-14 19:46:18 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-13 08:29
请问是不是用gaussview画好分子以后直接保存为pdb就可以用TPPmktop生产拓扑文件了?我画了一个167个原子的 ...

很久不用TPPmktop了,看返回来的具体提示。不过鉴于已经有了更靠谱的ligpargen了,不如用这个。
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发表于 Post on 2020-3-21 06:50:42 | 只看该作者 Only view this author
gromacs新手求教一下sob老师,有在OPLS-AA力场下的CO2的itp文件么?ATB给出的如下,在grompp时,提示Atomtype CPos not found。也尝试过其他类型的itp文件,总是报错误,如NO default U-B types。

我是通过packmol建了CO2,水,表面活性剂的盒子后,grommpp时出错的,请问有相近的例子可以参考么?

[ moleculetype ]
; Name   nrexcl
F9IT     3
[ atoms ]
;  nr  type  resnr  resid  atom  cgnr  charge    mass
    1    OM    1    F9IT     O2    1   -0.376  15.9994
    2  CPos    1    F9IT     C1    2    0.752  12.0110
    3    OM    1    F9IT     O1    3   -0.376  15.9994
; total charge of the molecule:   0.000
[ bonds ]
;  ai   aj  funct   c0         c1
    1    2    2   0.1170   3.2508e+07
    2    3    2   0.1170   3.2508e+07
[ pairs ]
;  ai   aj  funct  ;  all 1-4 pairs but the ones excluded in GROMOS itp
[ angles ]
;  ai   aj   ak  funct   angle     fc
    1    2    3    2    180.00   500.00
[ dihedrals ]
; GROMOS improper dihedrals
;  ai   aj   ak   al  funct   angle     fc
[ dihedrals ]
;  ai   aj   ak   al  funct    ph0      cp     mult
[ exclusions ]
;  ai   aj  funct  ;  GROMOS 1-4 exclusions

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 15:25:26 | 只看该作者 Only view this author
张一手大哥 发表于 2020-3-21 06:50
gromacs新手求教一下sob老师,有在OPLS-AA力场下的CO2的itp文件么?ATB给出的如下,在grompp时,提示Atomty ...

对CO2不建议用OPLS-AA,因为有很多成熟、流行的描述CO2的力场可以用


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发表于 Post on 2020-3-22 19:01:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-22 15:25
对CO2不建议用OPLS-AA,因为有很多成熟、流行的描述CO2的力场可以用

感谢sob老师指导!我去学习一下!

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发表于 Post on 2020-3-25 16:47:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 张一手大哥 于 2020-3-25 16:52 编辑
sobereva 发表于 2020-3-22 15:25
对CO2不建议用OPLS-AA,因为有很多成熟、流行的描述CO2的力场可以用

请问 sob老师, 我在以epm2写CO2的itp时,有几个参数没搞明白,请您指教。
1. [bonds]里面的kb参数是多少呢?键的力常数, 单位kJ/mol/nm2。影响了能量最小化em和cg过程么?2. 我在ffnonbonded.itp中添加了C和O的参数,是不是也需要在ffbonded里面添加键的参数呢?
3. 构建EMP2的CO2模型,在gromacs中是这么操作么?4. 对构建CO2和水的体系,[bonds]和[constraints]有区别么
辛苦sob老师



某文献参数.jpg (81.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 70)

J. Chem. Inf. Model., Vol. 45, No. 6, 2005

J. Chem. Inf. Model., Vol. 45, No. 6, 2005

kb0.jpg (172.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 74)

kb0.jpg

CO2.itp.jpg (96.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 80)

CO2.itp.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 21:11:47 | 只看该作者 Only view this author
我写的

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发表于 Post on 2020-3-26 00:56:20 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-4-16 22:41:37 | 只看该作者 Only view this author
拓扑生成好全啊,收藏一下,备用。

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发表于 Post on 2020-5-19 16:01:18 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-7-13 17:40:59 | 只看该作者 Only view this author
请问用LigParGen产生的力场参数里电荷不守恒该怎么办?我的分子是中性分子。(电荷加起来是0.0001)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-14 07:44:11 | 只看该作者 Only view this author
wasngsimin 发表于 2020-7-13 17:40
请问用LigParGen产生的力场参数里电荷不守恒该怎么办?我的分子是中性分子。(电荷加起来是0.0001)

你的贴图方式不正确,仔细看指定的新社员必读贴了解怎么贴图

另一个帖子里我刚回复完
http://bbs.keinsci.com/thread-18451-1-1.html

用Multiwfn算1.2*CM5电荷
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发表于 Post on 2020-8-26 20:09:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吃西瓜的佩奇 于 2020-8-27 11:35 编辑

请问sob老师,我在打开TPPmktop网页上传pdb以后出现了图片中的情况,是什么原因呢?而在打开Ligpargen网页时出现了无法加载的情况,pdb文件无法提交。

微信图片_20200826200405.png (14.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 85)

微信图片_20200826200405.png

微信图片_20200826200423.png (15.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 83)

微信图片_20200826200423.png

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发表于 Post on 2020-9-3 22:44:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-21 23:24
top文件自己写就行了,不管有多少个分子,只要include一次那个分子的.itp文件就行了,很简单。

你的做 ...

老师,您好,我想请教一下在VMD中如何利用位置选择功能把一半的水去掉呢?我已经在VMD中(graphic>represation>create rep>Selected Atoms(same residue as { water z 40 to 80} )选中了一半的水.

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