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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-4 03:23:43 | 只看该作者 Only view this author
五支折断的箭 发表于 2020-9-3 22:44
老师,您好,我想请教一下在VMD中如何利用位置选择功能把一半的水去掉呢?我已经在VMD中(graphic>repres ...

保存文件时选择另外一部分即可
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发表于 Post on 2020-10-28 13:35:49 | 只看该作者 Only view this author
请问为什么LigParGen在生成阴离子的时候会出错,比如SO42- 三氟甲基磺酸根SO3CF3-

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-29 10:20:27 | 只看该作者 Only view this author
更新了此文,主要是对MKTOP的离线perl脚本使用方法加入了说明
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发表于 Post on 2020-12-8 20:46:48 | 只看该作者 Only view this author
请问,为啥gaff官方没有完整的gromacs格式立场包呢?既然提供了acpype……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-8 23:15:06 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2020-12-8 20:46
请问,为啥gaff官方没有完整的gromacs格式立场包呢?既然提供了acpype……

GAFF本身是AMBER那些人搞的,从感情上也不会提供gmx的力场包
而且就算有其他人提供了也没实际用处,毕竟acpype都会给出相应的atomtypes定义。而且GAFF的特征也不像gmx自带的其它力场那样,比如也没有定义生物分子残基的rtp等文件,因此弄个目录显得也怪怪的
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发表于 Post on 2020-12-9 14:17:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-8 23:15
GAFF本身是AMBER那些人搞的,从感情上也不会提供gmx的力场包
而且就算有其他人提供了也没实际用处,毕竟 ...

Soga,谢谢老师,这算是小小的情怀问题。感觉charmm的开发者就稍微open一些

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发表于 Post on 2020-12-23 22:13:56 | 只看该作者 Only view this author
obgmx在线版也凉了-_-

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发表于 Post on 2021-1-6 16:15:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-19 18:58
给你两个完整的基于ATB产生的拓扑文件做小分子+水模拟的例子。对照对照估计就明白了。对应的是gmx 4.6.7 ...

老师,你好。我想请问一下,ATB网站能够生成“ GROMACS G54A7FF All-Atom (ITP file)”和“GROMACS G54A7FF United-Atom (ITP file)”两种的itp文件,您举的例子都是选用的United atom的。两者有什么区别吗?选用all-atom的可不可以?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 00:23:18 | 只看该作者 Only view this author
黑择明 发表于 2021-1-6 16:15
老师,你好。我想请问一下,ATB网站能够生成“ GROMACS G54A7FF All-Atom (ITP file)”和“GROMACS G54A7 ...

标准GROMOS96力场是联合原子力场,all-atom下载下来如果发现确实是全原子的,那是利用了ATB作者自己的修改版GROMOS里的原子类型,合理性可靠性被检验得没那么充分
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发表于 Post on 2021-2-3 14:44:53 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好。我想请问下,输入高斯优化后的结构,再用LigParGen工具产生OPLS力场的top文件时,键长、键角的值都会和我的初始结构不一致,这时我应该相信哪一个呢?

另外中性小分子+阴阳离子+水体系中,中性分子原子电荷采用CM5*1.2,离子采用RESP电荷,水模型直接引入力场自带的itp文件,这样模拟可行么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-4 03:20:01 | 只看该作者 Only view this author
rice 发表于 2021-2-3 14:44
老师,您好。我想请问下,输入高斯优化后的结构,再用LigParGen工具产生OPLS力场的top文件时,键长、键角的 ...

键长键角的平衡值是由力场参数决定的,和你输入结构无关

可以
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发表于 Post on 2021-2-4 11:33:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-4 03:20
键长键角的平衡值是由力场参数决定的,和你输入结构无关

可以

好的,谢谢卢老师

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发表于 Post on 2021-5-8 20:12:26 | 只看该作者 Only view this author
老师,对于镍卟啉用ATB计算显示目前该程序不支持该原子,但是我还想应用GROMOS96力场,想请问老师,还有没有其它方法可以获得镍卟啉的top与itp文件?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-9 03:35:46 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-8 20:12
老师,对于镍卟啉用ATB计算显示目前该程序不支持该原子,但是我还想应用GROMOS96力场,想请问老师,还有没 ...

google搜看有没有人基于gromos系列力场模拟过,有相应文章的话里面可能会提及用的参数
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发表于 Post on 2021-5-12 21:33:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师SwissParam生成的itp文件然后自己计算电荷修改,是不是就是真正的基于charmm力场的。
还有通过CGenFF生成的力场时CGenFF+CHARMM是什么意思,两者混合的吗。

本版积分规则 Credits rule

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