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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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发表于 Post on 2015-10-29 05:25:50 | 只看该作者 Only view this author
太感谢了,找到转换成CHARMM文件格式的地方

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发表于 Post on 2015-11-20 16:50:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 diaok 于 2015-11-20 16:58 编辑

我可以补充一个工具吗?

对于新手可能会有所帮助
主要是oplsaa力场的
opls力场的好处是电荷参数完全指定,只要确定了原子类型,剩余参数都可以查表找到
对比文献就能知道结构是否正确

gromacs的Other software页面上还提供了一个topolbuild
http://www.gromacs.org/Downloads ... ions/Other_software

和mktop类似,也需要自己添加电荷
支持 tripos, gaff, glycam,amber,gmx,oplsaa力场(尝试glycam未成功,不同力场路径设置不一致,其他力场对比报错的路径很容易使用)
遇到不识别的键会直接报错退出,这点比不上mktop
运行后会生成*.gro  ff*.itp  *.log  *.top  posre*.itp文件
参数保存在*.top中,其中键、键角都带有连接信息注释,便于检查
我尝试的纤维素结果中原子类型定义比mktop稍准点,不过依然需要检查手动修改

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-25 05:34:31 | 只看该作者 Only view this author
更新:添加了用CGenFF做gromacs拓扑文件的说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-29 18:19:13 | 只看该作者 Only view this author
更新:增加了LigParGen(http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/)的介绍
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发表于 Post on 2017-12-27 14:17:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-19 18:58
给你两个完整的基于ATB产生的拓扑文件做小分子+水模拟的例子。对照对照估计就明白了。对应的是gmx 4.6.7 ...

太赞啦!Sob老师总是能够深入浅出地传授技能!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-9 01:02:42 | 只看该作者 Only view this author
更新:在文中加入了一张不同程序对比图
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发表于 Post on 2018-8-28 21:47:14 | 只看该作者 Only view this author
请问acpype.py产生的gaff 力场中 CHARRMM格式的文件 (lig.cHARRMM.inp, lig.CHARMM.prm, lig.CHARMM.rtf) 能否用于NAMD?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-28 23:03:10 | 只看该作者 Only view this author
xpyp 发表于 2018-8-28 21:47
请问acpype.py产生的gaff 力场中 CHARRMM格式的文件 (lig.cHARRMM.inp, lig.CHARMM.prm, lig.CHARMM.rtf)  ...
够呛,我没试过。
NAMD、charmm的用户,建议考虑用和charmm兼容的CGenFF力场,用CGenFF工具
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发表于 Post on 2018-11-17 11:49:39 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我用MS构建了一个分子,想要生成其itp文件,用MS导出pdb格式后PRODRG报错如下:
PRODRG> Starting up PRODRG version AA100323.0717
PRODRG> Parameter set 'pd/gromos96' (fftype=2).
PRODRG> PDB mode detected.
PRODRG> WARNING: deleted hydrogen(s) from your input.
PRODRG> WARNING: duplicate atom name C   .
PRODRG> WARNING: duplicate atom name N   .
PRODRG> WARNING: duplicate atom name O   .
PRODRG> WARNING: atoms with same name found. Auto-renaming.
PRODRG> WARNING: more than one fragment.
ERRDRG> PRODRG does not deal with mono/di-atomic molecules.
PRODRG> Program terminated unsuccessfully, sorry!

由于MS导出的pdb文件原子名称全是按原子符号显示的,所以有大量重复。但是我不知道该怎么修改,把文件通过gromacs的editconf重新导出pdb后原子名称也不变,请问一下有什么解决的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-17 15:54:05 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2018-11-17 11:49
sob老师您好,我用MS构建了一个分子,想要生成其itp文件,用MS导出pdb格式后PRODRG报错如下:
PRODRG> Sta ...

prodrg早过时了,甭用。而且也被证明电荷组划分不合理,现在都用ATB
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发表于 Post on 2018-11-19 00:11:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-17 15:54
prodrg早过时了,甭用。而且也被证明电荷组划分不合理,现在都用ATB

感谢您的回复,ATB功能还挺多的~谢谢指教~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-28 05:59:10 | 只看该作者 Only view this author
在文中开头增加了对原子电荷生成方式的说明
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发表于 Post on 2019-2-26 15:43:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-18 05:09
自己找的小分子不要用pdb2gmx来产生拓扑文件,用我文中的途径产生.itp文件然后include到主.top文件是最好的 ...

sob老师好,如果为聚合物用pdb2gmx的话,是需要自己编辑冗长且不容易修改的pdb文件吗?怎样能让这个过程变得简洁呢?谢谢。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-26 16:33:46 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-2-26 15:43
sob老师好,如果为聚合物用pdb2gmx的话,是需要自己编辑冗长且不容易修改的pdb文件吗?怎样能让这个过程 ...

pdb是否符合要求、是否容易修改得满足pdb2gmx的要求完全看创建pdb的程序
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发表于 Post on 2019-2-27 02:33:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-26 02:33
pdb是否符合要求、是否容易修改得满足pdb2gmx的要求完全看创建pdb的程序

老师好,我是用gview画聚合物链然后保存成pdb,觉得格式不是很好。请问能创建满足pdb2gmx的格式要求的pdb的程序有什么呢?谢谢。
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