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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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发表于 Post on 2019-2-27 02:33:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-26 12:40 编辑
sobereva 发表于 2019-2-26 02:33
pdb是否符合要求、是否容易修改得满足pdb2gmx的要求完全看创建pdb的程序

请老师删除此楼。实在对不起,又重发了,下次一定注意。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-27 02:44:07 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-2-27 02:33
老师好,我是用gview画聚合物链然后保存成pdb,觉得格式不是很好。请问能创建满足pdb2gmx的格式要求的pdb ...

不可能有恰好合要求的,免不了得自己改,或者自己写程序处理
你得保证每个单体内的原子名不同,而且和rtp里的匹配
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发表于 Post on 2019-3-22 23:50:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naoki 于 2019-3-23 00:03 编辑
sobereva 发表于 2019-2-27 02:44
不可能有恰好合要求的,免不了得自己改,或者自己写程序处理
你得保证每个单体内的原子名不同,而且和rt ...

Sob老师,我想请教一个问题~我用TPPmktop生成有机小分子的itp拓扑文件,但是文件里没有[ atomtype ],一开始就是[ moleculetype ]。我该如何获取[ atomtype ]呢?谢谢您~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-23 03:35:47 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-3-22 23:50
Sob老师,我想请教一个问题~我用TPPmktop生成有机小分子的itp拓扑文件,但是文件里没有[ atomtype ],一 ...

gmx自己的oplsaa目录下的ffnonbonded.itp里就已经有atomtype了,你把这力场的forcefield.itp引入了,程序自动就会用这些信息
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发表于 Post on 2019-3-23 13:15:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naoki 于 2019-3-23 13:18 编辑
sobereva 发表于 2019-3-23 03:35
gmx自己的oplsaa目录下的ffnonbonded.itp里就已经有atomtype了,你把这力场的forcefield.itp引入了,程序 ...

谢谢Sob老师的解答!老师我还想问一下,就是TPPmktop和LigParGen生成同一个分子的拓扑文件里面有些参数,如原子电荷,差别很大,哪个更可靠呢?而且LigParGen生成的itp里面atomtype感觉不太对,不管换什么分子都是opls_8XX这样子,以至于我用GMX生成tpr的时候提醒“WARNING 1 [file mpd.itp, line 7]:  Overriding atomtype opls_810”。我去看了一下oplsaa的atp文件,里面并没有8开头字段的原子类型,这是为什么呢,好困惑。
下面是间苯二胺分子分别用TPPmktop和LigParGen生成的itp文件截图:

下图是oplsaa的atp文件截图,编号从7XX直接跳到了9XX…

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-23 15:11:09 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-3-23 13:15
谢谢Sob老师的解答!老师我还想问一下,就是TPPmktop和LigParGen生成同一个分子的拓扑文件里面有些参数, ...

OPLS-AA力场本身没有定义标准的计算原子电荷的方法,因此不同程序给的拓扑文件里电荷不同也很正常
合理的做法是使用1.20*CM5电荷,在J. Phys. Chem. B, 121, 3864 (2017)里证明适合结合OPLS-AA使用,计算方式如下



这俩产生拓扑文件的程序我都不怎么用,平时也很少用OPLS-AA,主要原因之一是我很讨厌它对原子类型的名字定义得太混乱。LigParGen是专门搞OPLS-AA的人弄的,所以理应更合理。如果整个拓扑文件里对同一种原子类型定义了多次,会自动用最后一次定义的。如果新产生的小分子的itp文件里自己带了opls_810的atomtype定义,这种提示没有问题。
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发表于 Post on 2019-3-28 15:48:48 | 只看该作者 Only view this author
装好了最新版Ambertools,用acpype.py处理.mol文件获得gmx拓扑文件。发现凡是带苯环的分子都不能运行,报错如下
而其它的分子都能正常运行,几个不能运行的带苯环分子已上传。很费解,难道是程序BUG?

mol2.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 23:12:44 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2019-3-28 15:48
装好了最新版Ambertools,用acpype.py处理.mol文件获得gmx拓扑文件。发现凡是带苯环的分子都不能运行,报错 ...

自行把mol2里的Ar改写为ar
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发表于 Post on 2019-3-31 18:39:36 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva 谢谢卢老师解答,我在用acpype.py处理一个较大的分子时又遇到了问题(与之前不同的是这次若把Ar改成ar,则开始就报错,报错内容同67#, 而用Ar则运算半小时后报错,报错内容如图) ,文件已上传。请问这该怎么解决呢?

file1.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-1 04:11:29 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2019-3-31 18:39
@sobereva 谢谢卢老师解答,我在用acpype.py处理一个较大的分子时又遇到了问题(与之前不同的是这次若把Ar ...

acpype加上-c user代表不自动计算原子电荷。如果你也修改acpype不让它自动优化结构,这个体系瞬间就能搞完。(本身让acpype自动添加AM1-BCC电荷也没什么实际意义,一般都建议用Multiwfn算更好的RESP电荷手动添加到[atoms]里面)
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发表于 Post on 2019-4-1 08:52:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-1 04:11
acpype加上-c user代表不自动计算原子电荷。如果你也修改acpype不让它自动优化结构,这个体系瞬间就能搞 ...

好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2019-10-13 20:34:36 | 只看该作者 Only view this author
prodrg2的在线网址好像一直在维护,http://www.ccl.net/chemistry/res ... 2005/01/17.002-dir/这个是prodrg2.5的页面

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发表于 Post on 2019-11-4 09:47:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-1 04:11
acpype加上-c user代表不自动计算原子电荷。如果你也修改acpype不让它自动优化结构,这个体系瞬间就能搞 ...

sob老师我想请教您一下如何不让acpype自动优化结构,谢谢~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-4 10:03:47 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-11-4 09:47
sob老师我想请教您一下如何不让acpype自动优化结构,谢谢~

用我改过的这个
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发表于 Post on 2019-11-4 12:24:23 | 只看该作者 Only view this author

感谢Sob老师!我还想请教一下不让acpype几何优化,构建的拓扑文件有什么问题吗,谢谢!
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