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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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喵星人

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发表于 Post on 2021-8-9 15:06:01 | 只看该作者 Only view this author
CGenFF生成的拓扑文件中原子电荷是怎么指定的呢?是否需要调整为其他形式的原子电荷

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-9 18:39:14 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-8-9 15:06
CGenFF生成的拓扑文件中原子电荷是怎么指定的呢?是否需要调整为其他形式的原子电荷

CGenFF在线程序中,原子电荷是根据Automation of the CHARMM General Force Field (CGenFF) II-Assignment of Bonded Parameters and Partial Atomic Charges文中提出的类似MMFF94的extended bond-charge increment方法瞬间产生的。校正参数依赖于成键方式,是向CGenFF力场原文中参数化过的分子(昂贵的重现分子与水相互作用能)的原子电荷尽可能贴近来优化的。这种做法可以接受,但不如力场原文中重现分子与水相互作用能的那种方式理想,对于一些体系我看大概率不如替换成RESP2(0.5)电荷理想。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-9 18:40:19 | 只看该作者 Only view this author
liushu 发表于 2021-8-9 14:56
请问社长,LigParGen网站用.mol文件生成葫芦脲分子(原子数126个)的参数一直加载超时(尝试了不同的浏览器 ...

问作者,或者用其它产生拓扑文件的工具,或者干脆别用OPLS-AA力场,用acpype产生GAFF力场的
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发表于 Post on 2021-9-10 14:10:56 | 只看该作者 Only view this author
"另外也会输出_OPLS后缀的基于OPLS力场的文件,但属于实验性质不建议用"
请教老师是OPLS力场不如GAFF精确吗。我看很多文献做离子液体都是用的opls而不是GAFF

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发表于 Post on 2021-9-10 21:31:18 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-9-10 14:10
"另外也会输出_OPLS后缀的基于OPLS力场的文件,但属于实验性质不建议用"
请教老师是OPLS力场不如GAFF精确 ...

这句话的意思是,acpype得到的_OPLS文件,属于acpype这个脚本的实验性质结果,不建议用。

如果要使用opls力场,当然首选Ligpargen来得到itp文件。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2021-12-18 15:31:57 | 只看该作者 Only view this author
请问acpype生成的原子上限是多少啊,谢谢~~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-18 22:00:17 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2021-12-18 15:31
请问acpype生成的原子上限是多少啊,谢谢~~

没明确限制
只要让acpype不自动优化、不产生原子电荷,几百个原子没问题
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发表于 Post on 2022-4-25 18:53:41 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2022-5-19 18:55:05 | 只看该作者 Only view this author
其实最好用的是charmm-GUI,蛋白/膜/小分子复合物各种乱七八糟的可以一次性生成,还有Amber(包括19SB和各种相关力场,GAFF/GAFF2,lipid17等),charmm36m/charmm36(同样包括CGenFF等),OPLS-AA可选

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-19 22:46:52 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2022-5-19 18:55
其实最好用的是charmm-GUI,蛋白/膜/小分子复合物各种乱七八糟的可以一次性生成,还有Amber(包括19SB和各种 ...

没有edu邮箱不给注册,是我甚不喜欢这东西的原因
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发表于 Post on 2022-9-16 08:23:10 | 只看该作者 Only view this author
使用sobtop(linux版本)的几点意见:
系统: Centos 7.9
1. sobtop需要输入绝对路径,如/home/xxx/xxxx,如果装的位置路径很长,挺麻烦的,(尝试将sobtop添加至环境变量可以解决这问题)
2. sobtop添加到环境变量后,不能在任意环境下使用,提示缺乏sobtop文件夹中的其他几个文件;
3. 输入问题,按Tab键不能补全,按向上箭头不能返回历史输入;

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boqiang 发表于 2022-9-16 08:23
使用sobtop(linux版本)的几点意见:
系统: Centos 7.9
1. sobtop需要输入绝对路径,如/home/xxx/xxxx,如果 ...

2 网页里明确说了,当前版本必须在sobtop目录下运行
3 补全是shell提供的特性,不是Fortran提供得了的
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发表于 Post on 2022-9-24 13:33:06 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva 老师好,请问用Sobtop处理得到gro、top、itp文件后,怎么去选择力场和水模型并建立盒子呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 01:58:33 | 只看该作者 Only view this author
深爱小李 发表于 2022-9-24 13:33
@sobereva 老师好,请问用Sobtop处理得到gro、top、itp文件后,怎么去选择力场和水模型并建立盒子呀

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ1
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发表于 Post on 2022-9-27 11:59:05 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想请问如何生成opls-ua力场的小分子拓扑结构用于gromacs?

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