几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

sun666 · 发表于 Post on 2021-9-10 14:10:56

"另外也会输出_OPLS后缀的基于OPLS力场的文件，但属于实验性质不建议用"
请教老师是OPLS力场不如GAFF精确吗。我看很多文献做离子液体都是用的opls而不是GAFF

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-10 21:31:18

sun666 发表于 2021-9-10 14:10
"另外也会输出_OPLS后缀的基于OPLS力场的文件，但属于实验性质不建议用"
请教老师是OPLS力场不如GAFF精确 ...

这句话的意思是，acpype得到的_OPLS文件，属于acpype这个脚本的实验性质结果，不建议用。

如果要使用opls力场，当然首选Ligpargen来得到itp文件。

一条君 · 发表于 Post on 2021-12-18 15:31:57

请问acpype生成的原子上限是多少啊，谢谢~~

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-18 22:00:17

一条君发表于 2021-12-18 15:31
请问acpype生成的原子上限是多少啊，谢谢~~

没明确限制
只要让acpype不自动优化、不产生原子电荷，几百个原子没问题

18231865105 · 发表于 Post on 2022-4-25 18:53:41

yaochuang 发表于 2014-12-20 16:01
谢谢sob老师！

GOOD

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-5-19 18:55:05

其实最好用的是charmm-GUI，蛋白/膜/小分子复合物各种乱七八糟的可以一次性生成，还有Amber(包括19SB和各种相关力场，GAFF/GAFF2，lipid17等)，charmm36m/charmm36(同样包括CGenFF等)，OPLS-AA可选

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:46:52

喵星大佬发表于 2022-5-19 18:55
其实最好用的是charmm-GUI，蛋白/膜/小分子复合物各种乱七八糟的可以一次性生成，还有Amber(包括19SB和各种 ...

没有edu邮箱不给注册，是我甚不喜欢这东西的原因

boqiang · 发表于 Post on 2022-9-16 08:23:10

使用sobtop(linux版本)的几点意见:
系统: Centos 7.9
1. sobtop需要输入绝对路径,如/home/xxx/xxxx,如果装的位置路径很长,挺麻烦的,(尝试将sobtop添加至环境变量可以解决这问题)
2. sobtop添加到环境变量后,不能在任意环境下使用,提示缺乏sobtop文件夹中的其他几个文件;
3. 输入问题,按Tab键不能补全,按向上箭头不能返回历史输入;

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-16 23:35:12

boqiang 发表于 2022-9-16 08:23
使用sobtop(linux版本)的几点意见:
系统: Centos 7.9
1. sobtop需要输入绝对路径,如/home/xxx/xxxx,如果 ...

2 网页里明确说了，当前版本必须在sobtop目录下运行
3 补全是shell提供的特性，不是Fortran提供得了的

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-24 13:33:06

@sobereva 老师好，请问用Sobtop处理得到gro、top、itp文件后，怎么去选择力场和水模型并建立盒子呀

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-25 01:58:33

深爱小李发表于 2022-9-24 13:33
@sobereva 老师好，请问用Sobtop处理得到gro、top、itp文件后，怎么去选择力场和水模型并建立盒子呀

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ1

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-9-27 11:59:05

各位老师好，想请问如何生成opls-ua力场的小分子拓扑结构用于gromacs？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 09:00:14

高处裹棉被发表于 2022-9-27 11:59
各位老师好，想请问如何生成opls-ua力场的小分子拓扑结构用于gromacs？

OPLS-UA已经过时了，干嘛用这个

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-9-28 10:10:16

sobereva 发表于 2022-9-28 09:00
OPLS-UA已经过时了，干嘛用这个

谢谢老师解答，

因为做的是超临界体系下模拟（比如超临界甲醇），搜到的文献有用OPLS-UA力场下模型的，

如果没有专门软件的话是不是得自己按照文献内容扣，然后主top文件规则用opls力场下的？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 10:46:05

高处裹棉被发表于 2022-9-28 10:10
谢谢老师解答，

因为做的是超临界体系下模拟（比如超临界甲醇），搜到的文献有用OPLS-UA力场下模型的 ...

联合原子力场模型下的甲醇结构极其简单，自己手写itp也不费事

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