几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-5 08:37:06

naoki 发表于 2019-11-4 12:24
感谢Sob老师！我还想请教一下不让acpype几何优化，构建的拓扑文件有什么问题吗，谢谢！

没有问题，只要输入文件里的键的连接关系正确就够了

naoki · 发表于 Post on 2019-11-5 08:57:39

sobereva 发表于 2019-11-5 08:37
没有问题，只要输入文件里的键的连接关系正确就够了

谢谢Sob老师的回复~

Jack_Jun · 发表于 Post on 2020-2-4 10:34:25

sob老师，我想做小分子穿膜的练习，查了很多资料，准备用charmm36力场来做，软件版本是gromacs5.7，所以在小分子的力场获取上，我有一些不明白，我应该用SwissParam来做，还是CGenFF来做呢？我对您的Multiwfn结合Gauss算RESP挺感兴趣，觉得这样的原子电荷更准确，想放到小分子参数里，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-6 02:46:51

Jack_Jun 发表于 2020-2-4 10:34
sob老师，我想做小分子穿膜的练习，查了很多资料，准备用charmm36力场来做，软件版本是gromacs5.7，所以在 ...

gmx根本就没有5.7版

我个人不喜欢charmm力场
建议用GAFF描述小分子（通过acpype产生拓扑信息，结合Multiwfn算的RESP电荷），用slipid描述磷脂（兼容AMBER力场。拓扑文件在这里有现成的http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html）

Jack_Jun · 发表于 Post on 2020-2-6 19:25:26

sobereva 发表于 2020-2-6 02:46
gmx根本就没有5.7版

我个人不喜欢charmm力场

谢谢sob老师

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-3-2 16:15:02

sob老师，我在用pdb2gmx命令生成拓扑文件时，在官网上下载下来蛋白质的PDB文件，和我力场中的PDB文件中氢原子名称不对应，我应该怎么加氢是其对应起来呢。非常感谢sob老师

snljty · 发表于 Post on 2020-3-2 16:46:38

weiyi8061225 发表于 2020-3-2 16:15
sob老师，我在用pdb2gmx命令生成拓扑文件时，在官网上下载下来蛋白质的PDB文件，和我力场中的PDB文件中氢原 ...

替老师回答一下试试，最省事的方法氢删了就行，反正测的氢也很不准，尤其是XRD的，动力学也不需要很准。
参数中国加入-ignh忽略掉所有氢，自动添加。
不然就得用正则表达式替换一点点改，非常麻烦，有些还得交互选择质子化程度。

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-3-2 17:57:15

snljty 发表于 2020-3-2 16:46
替老师回答一下试试，最省事的方法氢删了就行，反正测的氢也很不准，尤其是XRD的，动力学也不需要很准。
...

谢谢回答，但是自动添加的时候，因为质子化的程度不一样，所以填的氢和原结构是有出入的，比如GLY，结构中只有7个原子，自动添加的时候就多填了两个氢原子，明显和原来的结构不一样了，这样我的蛋白质和锌离子形成的配合物就有问题了，这个时候有什么其他办法解决吗？
非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-3 11:00:19

weiyi8061225 发表于 2020-3-2 17:57
谢谢回答，但是自动添加的时候，因为质子化的程度不一样，所以填的氢和原结构是有出入的，比如GLY，结构 ...

不可能多两个氢原子，GLY是标准结构，而且又不涉及质子化态问题（除非是在蛋白质两端），因此除非你用联合原子力场，否则实际是几个原子自动加氢后就必定是几个原子

夏一天 · 发表于 Post on 2020-3-3 12:16:05

sob老师，PRODRG2（http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg）这个网站好像无法打开，不知如何使用这个服务器或者软件？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-5 03:23:54

夏一天发表于 2020-3-3 12:16
sob老师，PRODRG2（http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg）这个网站好像无法打开，不知如何使 ...

地址变了：
http://prodrg1.dyndns.org/

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-3-6 16:17:14

sobereva 发表于 2020-3-3 11:00
不可能多两个氢原子，GLY是标准结构，而且又不涉及质子化态问题（除非是在蛋白质两端），因此除非你用联 ...

sob老师，就是我的体系里是锌指蛋白，锌离子和蛋白质结合的时候，相邻的两个CYS是去氢的，但是自动加上的会多一个氢，导致结构不对应，这个时候应该怎么解决，既能有正确的结构，又能有正确的拓扑文件呀？非常感谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-7 11:05:54

weiyi8061225 发表于 2020-3-6 16:17
sob老师，就是我的体系里是锌指蛋白，锌离子和蛋白质结合的时候，相邻的两个CYS是去氢的，但是自动加上的 ...

你是指CYS之间有二硫键还是什么其它情况？

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-13 08:29:34

请问是不是用gaussview画好分子以后直接保存为pdb就可以用TPPmktop生产拓扑文件了？我画了一个167个原子的分子试了几次都失败了，请问是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-14 19:46:18

王寓于发表于 2020-3-13 08:29
请问是不是用gaussview画好分子以后直接保存为pdb就可以用TPPmktop生产拓扑文件了？我画了一个167个原子的 ...

很久不用TPPmktop了，看返回来的具体提示。不过鉴于已经有了更靠谱的ligpargen了，不如用这个。

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