使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-3-21 01:46:57

Kiwgi 发表于 2021-3-19 21:58
社长，我完全按照文章的设置要求，甚至在环境变量两个窗口都加了GAUSS_EXEDIR环境变量，但是按照步骤优化筛 ...

把所有输入输出文件打包发上来看看？

十四时 · 发表于 Post on 2021-3-26 19:50:31

老师您好，近日在做本科毕业论文，molclus带来了极大的便利。然后想咨询老师一下，我用molclus在较小基组下进行初筛得到了一些结构，后把这些结构利用xyz2QC分拆成了一些输入文件在服务器上使用Gaussian进行了计算得到了输出文件。想问一下有没有办法再次利用isostat程序对输出文件进行去重？谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-27 09:53:03

十四时发表于 2021-3-26 19:50
老师您好，近日在做本科毕业论文，molclus带来了极大的便利。然后想咨询老师一下，我用molclus在较小基组下 ...

直接在服务器上跑molclus，或者用论坛里molclus在服务器上的提交脚本就行了

拆分后分别跑需要用QC2xyz，但还没时间写

plml · 发表于 Post on 2021-4-26 15:13:52

老师您好，我在做molclus和高斯计算筛选时，出现这种情况(见下图)是什么原因啊？其他的参数都是按照文章中说明的进行的啊。谢谢哈

snljty · 发表于 Post on 2021-4-26 15:17:55

本帖最后由 snljty 于 2021-4-26 16:06 编辑

plml 发表于 2021-4-26 15:13
老师您好，我在做molclus和高斯计算筛选时，出现这种情况(见下图)是什么原因啊？其他的参数都是按照文章中 ...

熟悉cmd命令就明白那句“找不到”是什么意思。话说要不要麻烦卢老师下次在代码里面调用系统函数的部分标准错误流重定向到NUL之类的，这个问题好多人问过了刚发现你下面写的是g09w.exe，卢老师博文说的很清楚了，改成g09.exe。

plml · 发表于 Post on 2021-4-26 15:44:24

老师，按照您上一步说的等等看，我怎么感觉我这个高斯没跑呢？

光有界面，没看见它跑啊。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-26 16:03:04

plml 发表于 2021-4-26 15:44
老师，按照您上一步说的等等看，我怎么感觉我这个高斯没跑呢？光有界面，没看见它跑啊。

睁大眼睛看里面为数不多的红字
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

plml · 发表于 Post on 2021-4-26 16:55:54

谢谢老师哈，刚刚是路径没有设置对，错误太低级了。设置过后可以跑了，但是好像一个构型没算完就停下来了。不知道咋回事？两个模板我都设置好了的。gau.out文件最后的输出如下：

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-26 23:36:00

plml 发表于 2021-4-26 16:55
谢谢老师哈，刚刚是路径没有设置对，错误太低级了。设置过后可以跑了，但是好像一个构型没算完就停下来了。 ...

具体交代“停下来了”是指什么情况，不要用含糊的描述

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-4-27 00:22:55

plml 发表于 2021-4-26 16:55
谢谢老师哈，刚刚是路径没有设置对，错误太低级了。设置过后可以跑了，但是好像一个构型没算完就停下来了。 ...

可能只是算得太慢了。CPU占用率多少？

danni511 · 发表于 Post on 2021-8-12 16:26:51

请问老师，研究金属团簇可以用molclus吗？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 22:35:34

danni511 发表于 2021-8-12 16:26
请问老师，研究金属团簇可以用molclus吗？谢谢老师

可以

此文提到了molclus结合xtb做Li团簇的搜索
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

很多用molclus已发表的文章都是做金属团簇搜索的，使用molclus发的文章列表见molclus主页

danni511 · 发表于 Post on 2021-8-13 11:11:00

本帖最后由 danni511 于 2021-8-13 22:34 编辑

sobereva 发表于 2021-8-12 22:35
可以

此文提到了molclus结合xtb做Li团簇的搜索

谢谢sob老师，如果不用genmer，用GaussView建模后保存出gjf文件，然后手工改成xyz的格式，用自己改的这个xyz格式的文件作为初始构型结构traj.xyz文件可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-13 22:47:33

danni511 发表于 2021-8-13 11:11
谢谢sob老师，如果不用genmer，用GaussView建模后保存出gjf文件，然后手工改成xyz的格式，用自己改的这个 ...

可以

danni511 · 发表于 Post on 2021-8-17 22:34:29

sobereva 发表于 2021-8-13 22:47
可以

谢谢老师

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