使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-19 15:46:08

社长，这个是否可以适用于A分子和B分子组成的混合体系的团簇搜索，目前正在GROMACS中跑模拟，想要看团簇效果。感谢社长。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-20 06:40:09

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-8-19 15:46
社长，这个是否可以适用于A分子和B分子组成的混合体系的团簇搜索，目前正在GROMACS中跑模拟，想要看团簇效 ...

可以，团簇里有几个A几个B可以自由决定。用gromacs或xtb等程序跑动力学产生traj.xyz里的初始构型也可以，用genmer产生也可以，后者更方便
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

danni511 · 发表于 Post on 2021-8-20 12:32:50

Sob老师，您好！gaussian_path和GAUSS_EXEDIR我按要求设置好了，用genmer和molclus计算了examples中的Li6，运行molclus时Gaussian09的图形界面没有出现，但是能够产生.out，.chk和isomer.xyz文件，请问这是什么问题呀，这样算正常运行吗？谢谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-20 16:26:52

danni511 发表于 2021-8-20 05:32
Sob老师，您好！gaussian_path和GAUSS_EXEDIR我按要求设置好了，用genmer和molclus计算了examples中的Li6， ...

因为molclus根本没调用图形界面版的高斯，调用的是命令行版的高斯
高斯的图形界面只是一个壳子，不要把高斯的图形界面和高斯用来做实际计算的程序混淆，即使用图形界面调用高斯，这个图形界面也是通过在后台调用命令行版本来计算的，那个命令行版本的程序才是最核心的程序

danni511 · 发表于 Post on 2021-8-21 21:09:53

wzkchem5 发表于 2021-8-20 16:26
因为molclus根本没调用图形界面版的高斯，调用的是命令行版的高斯
高斯的图形界面只是一个壳子，不要把 ...

明白了，谢谢您的回复。

snljty · 发表于 Post on 2021-8-27 15:47:37

比较期待的一个2.0版本的功能，是molclus能不能内部和Shermo梦幻联动，那就真方便太多了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-28 11:30:27

snljty 发表于 2021-8-27 15:47
比较期待的一个2.0版本的功能，是molclus能不能内部和Shermo梦幻联动，那就真方便太多了。

我会考虑的

danni511 · 发表于 Post on 2021-9-2 10:09:13

请问sob老师，如果用molclus计算阴离子团簇，是在template.gjf中改一下电荷和自旋多重度吗，还有其他文件中的参数需要改吗？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-2 21:35:57

danni511 发表于 2021-9-2 10:09
请问sob老师，如果用molclus计算阴离子团簇，是在template.gjf中改一下电荷和自旋多重度吗，还有其他文件中 ...

是

danni511 · 发表于 Post on 2021-9-3 10:19:44

sobereva 发表于 2021-9-2 21:35
是

谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-4 04:12:13

snljty 发表于 2021-8-27 15:47
比较期待的一个2.0版本的功能，是molclus能不能内部和Shermo梦幻联动，那就真方便太多了。

Molclus 1.9.9.6版已经支持了此功能
http://bbs.keinsci.com/thread-25005-1-1.html

snljty · 发表于 Post on 2021-9-4 07:15:58

sobereva 发表于 2021-9-4 04:12
Molclus 1.9.9.6版已经支持了此功能
http://bbs.keinsci.com/thread-25005-1-1.html

谢谢卢老师！这么晚您辛苦了

scf · 发表于 Post on 2021-11-17 12:10:42

本帖最后由 scf 于 2021-11-17 12:30 编辑

问下isostat计算DGmin的过程。比如有一个结构的距离矩阵M0,和除了它以外的Mi，i=1,2,... n_isomer-1, 假设矩阵的大小是一样的。
是先引进一个n_isomer-1个元素的数组DG
DG = 0
loop i #isomers
  loop m # row in distance matrix
   loop n # column in distance matrix
      DG = DG + |Mi[m,n]-M0[m,n]| #竖线代表绝对值 #不考虑分子取向 # 不考虑loop次序对计算效率的影响 #DG应该有I,不知道为什么编辑不出来

然后对DG进行排序，DGmin是其中的最小的（不包括M0和M0)吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-18 05:41:03

scf 发表于 2021-11-17 12:10
问下isostat计算DGmin的过程。比如有一个结构的距离矩阵M0,和除了它以外的Mi，i=1,2,... n_isomer-1, 假设 ...

isostat里先用这个代码计算每一对簇之间的结构偏差
do iclus=1,nclus
do jclus=1,nclus
geomdiffmat(iclus,jclus)=maxval(abs(clusdist(iclus,:)-clusdist(jclus,:)))
end do
end do
其中clustdist(iclus,:)是下三角形式的距离矩阵转化成矢量形式的一维数组。geomdiffmat(iclus,jclus)体现的是两个簇的距离矩阵间的最大偏差

之后iclus的DGmin就是geomdiffmat(iclus,:)里面除geomdiffmat(iclus,iclus)外最小的值

scf · 发表于 Post on 2021-11-18 08:18:48

谢谢

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