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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 08:32:04 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-5-31 07:40
Sob老师您好,那么如果对于有原子被固定的体系可以直接opt+freq吗,还是要分开进行?

可以直接进行
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发表于 Post on 2016-5-31 10:30:03 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!做显式溶剂体系的过渡态搜索时,反应物与生成物的构型差距太大,用MS得到的初猜结构,然后用Gaussian的QST3的时候一直不收敛,请问该怎么处理这种问题

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发表于 Post on 2016-5-31 10:31:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 00:26
没问题

但如果经验不足,猜不出合理过渡态的话,先优化出反应物和产物络合物结构作为参考去猜过渡态 ...

恩,我是觉得现在的这个六分子的优化,找过渡态挺难得,但是之前我已经用DFT找到过四分子的开环过渡态,现在六分子然后再用PM6优化,一直都不知道位置怎么放合适

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发表于 Post on 2016-5-31 10:34:01 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我尝试了一下PWPB95和DSD-BLYP,但是提示输入有问题。
请问这两个泛函在高斯里应该如何书写?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 10:53:47 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-31 10:34
Sob老师,我尝试了一下PWPB95和DSD-BLYP,但是提示输入有问题。
请问这两个泛函在高斯里应该如何书写?
...

高斯不支持,前者orca支持,后者firefly支持。高斯值能凑合用B2PLYP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 10:54:49 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-5-31 10:30
Sob老师,您好!做显式溶剂体系的过渡态搜索时,反应物与生成物的构型差距太大,用MS得到的初猜结构,然 ...

得看具体情况。如果姑且能用隐式溶剂模型先靠隐式溶剂模型找到TS,心里有数后再考虑怎么把显式溶剂加上去
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发表于 Post on 2016-5-31 11:06:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 10:54
得看具体情况。如果姑且能用隐式溶剂模型先靠隐式溶剂模型找到TS,心里有数后再考虑怎么把显式溶剂加上去

谢谢Sob老师。像这种情况,反应物与生成物之间的构型差别比较大的时候,过渡态怎么搜索。反应物与生成物的坐标差别也比较大

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 11:07:18 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-5-31 11:06
谢谢Sob老师。像这种情况,反应物与生成物之间的构型差别比较大的时候,过渡态怎么搜索。反应物与生成物 ...

凭直觉猜,不好猜的话用QST2试试。差异太大也往往说明可能不是基元反应。
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sobereva 发表于 2016-5-31 11:07
凭直觉猜,不好猜的话用QST2试试。差异太大也往往说明可能不是基元反应。

对的,之前使用QST2,出错了说是要猜一个构型使用QST3,然后我用MS猜的。但是Gaussian算的时候一直不收敛

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发表于 Post on 2016-5-31 15:01:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 00:09
一定要去掉可耻的maxcycle=500,这里专门批了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

谢谢老师的回复!请问下老师在什么情况下需要加弥散呢?当体系为阴性的时候是不是就需要加上弥散?

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发表于 Post on 2016-5-31 15:54:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 00:26
没问题

但如果经验不足,猜不出合理过渡态的话,先优化出反应物和产物络合物结构作为参考去猜过渡态 ...

我这个是分子彼此之间通过氢键离得挺近,但是还是出现L1999错误,我现在都不知道咋办了, 我都算了几十个全是L1999错误,怎么回事?我算小分子的过渡态挺准的

2-4-pm6-ts1.1.gjf

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发表于 Post on 2016-5-31 15:56:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-31 00:26
没问题

但如果经验不足,猜不出合理过渡态的话,先优化出反应物和产物络合物结构作为参考去猜过渡态 ...

我在想是不是关键词有问题,每次优化出来的趋势都是前期或者后期络合物,是不是关键词不是算过渡态的?

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发表于 Post on 2016-5-31 17:37:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-5-31 17:40 编辑
sobereva 发表于 2016-5-31 10:53
高斯不支持,前者orca支持,后者firefly支持。高斯值能凑合用B2PLYP

您的意思是说B2PLYP是高斯可以用的最适合做单点的双杂化泛函了吧
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 21:02:06 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-31 17:37
您的意思是说B2PLYP是高斯可以用的最适合做单点的双杂化泛函了吧
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 21:13:03 | 只看该作者 Only view this author
linuxprobe 发表于 2016-5-31 15:01
谢谢老师的回复!请问下老师在什么情况下需要加弥散呢?当体系为阴性的时候是不是就需要加上弥散?

谈谈弥散函数和“月份”基组
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